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- PDB-6ksv: Crystal structure of SurE with D-Leu -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ksv
タイトルCrystal structure of SurE with D-Leu
要素Alpha/beta hydrolase
キーワードHYDROLASE / NRPS / cyclase / PBP-binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome b5, heme-binding site / Cytochrome b5 family, heme-binding domain signature. / : / Beta-lactamase-related / Beta-lactamase / Beta-lactamase/transpeptidase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
D-LEUCINE / Chem-E7L / YTTRIUM (III) ION / : / Serine hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces albidoflavus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.42 Å
データ登録者Zhai, R. / Mori, T. / Abe, I.
引用ジャーナル: Nat Catal / 年: 2020
タイトル: Heterochiral coupling in non-ribosomal peptide macrolactamization
著者: Matsuda, K. / Zhai, R. / Mori, T. / Kobayashi, M. / Sano, A. / Abe, I. / Wakimoto, T.
履歴
登録2019年8月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha/beta hydrolase
B: Alpha/beta hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,39612
ポリマ－99,2852
非ポリマー1,11110
水1,946108
1
A: Alpha/beta hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,2407
ポリマ－49,6431
非ポリマー5976
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area230 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area17720 Å2
手法PISA
2
B: Alpha/beta hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,1565
ポリマ－49,6431
非ポリマー5134
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area17520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.370, 152.060, 64.540
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.080, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Alpha/beta hydrolase / SurE


分子量: 49642.664 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces albidoflavus (バクテリア)
プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4Q6RSJ1, UniProt: A0A679G4U8*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 118分子

#2: 化合物 ChemComp-DLE / D-LEUCINE / D-ロイシン


タイプ: D-peptide linking / 分子量: 131.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-YT3 / YTTRIUM (III) ION


分子量: 88.906 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Y
#5: 化合物 ChemComp-E7L / S-(2-acetamidoethyl) (2R)-2-azanyl-4-methyl-pentanethioate


分子量: 232.343 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H20N2O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 108 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.07 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: ammonium sulfate, Yttrium Chloride, TCEP

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データ収集

回折平均測定温度: 277 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4197→50 Å / Num. obs: 32476 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 44.23 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 11.41
反射 シェル解像度: 2.4197→2.57 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.507 / Mean I/σ(I) obs: 2.44 / Num. unique obs: 5134 / CC1/2: 0.839 / % possible all: 97.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6KSU

6ksu


解像度: 2.42→45.086 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 30.23
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2788 1622 5 %
Rwork0.2001 --
obs0.2039 32449 99.38 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 92.27 Å2 / Biso mean: 43.9924 Å2 / Biso min: 17.47 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.42→45.086 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6330 0 51 108 6489
Biso mean--59.37 40.4 -
残基数----853
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.42-2.49090.35721290.2813246796
2.4909-2.57130.3431360.2653257699
2.5713-2.66320.32481350.25782564100
2.6632-2.76980.31681350.23512563100
2.7698-2.89590.31871360.22992585100
2.8959-3.04850.3491360.22172577100
3.0485-3.23940.26831360.2232583100
3.2394-3.48950.27621330.19852539100
3.4895-3.84050.27251350.179257699
3.8405-4.39580.24741360.1692588100
4.3958-5.53660.24581360.17632584100
5.5366-45.0860.26451390.19222625100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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