PDB-6ksl: Staphylococcus aureus lipase - S116A inactive mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ksl

タイトル

Staphylococcus aureus lipase - S116A inactive mutant

要素

Lipase 2

キーワード

HYDROLASE / fatty acid binding

機能・相同性

機能・相同性情報

triacylglycerol lipase / triacylglycerol lipase activity / lipid catabolic process / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.59 Å

データ登録者

Kitadokoro, K. / Tanaka, M. / Kamitani, S.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of pathogenic Staphylococcus aureus lipase complex with the anti-obesity drug orlistat.
著者: Kitadokoro, K. / Tanaka, M. / Hikima, T. / Okuno, Y. / Yamamoto, M. / Kamitani, S.

履歴

登録	2019年8月24日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年4月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ksl.cif.gz	246.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ksl.ent.gz	188.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ksl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ksl_validation.pdf.gz	3.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ksl_full_validation.pdf.gz	3.3 MB	表示
XML形式データ	6ksl_validation.xml.gz	30.6 KB	表示
CIF形式データ	6ksl_validation.cif.gz	41.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ks/6ksl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ks/6ksl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ksiSC 6ksmC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2e3z-d 4l77-d 5y5m-d 2hay-d 2yk0-d 4iq9-3 1s26-2 5mv0-2 5nw9-d 2cd8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Lipase 2

B: Lipase 2

ヘテロ分子

92.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	164.209, 164.209, 233.053
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Lipase 2 分子量: 45781.391 Da / 分子数: 2 / 変異: S116A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: lip, BN1321_80040 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0U1MWF9, triacylglycerol lipase

-
非ポリマー , 5種, 21分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-DAO / LAURIC ACID / ラウリン酸分子量: 200.318 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₄O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-BUA / butanoic acid / 酪酸分子量: 88.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₈O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
配列の詳細	E68Q was genetic variant.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 76.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 1.0M Ammonium phosphate dibasic, 0.1M Tris pH8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.59→50 Å / Num. obs: 109044 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10.6 % / B_iso Wilson estimate: 65 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.083 / Net I/σ(I): 16.8
反射シェル	解像度: 2.59→2.75 Å / Num. unique obs: 17409 / CC_1/2: 0.523 / R_rim(I) all: 2.138

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6KSI

6ksi

解像度: 2.59→48.81 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.933 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.902 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.294 / ESU R Free: 0.235 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2675	2901	5 %	RANDOM
R_work	0.2493	55105	-	-
obs	0.2503	58006	99.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 142.39 Å² / B_iso mean: 65.5405 Å² / B_iso min: 30 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.6 Å²	-0.3 Å²	0 Å²
2-	-	-0.6 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.94 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.59→48.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6046	0	58	12	6116

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.019	6259
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	5603
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.122	1.936	8471
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	3.93	3	13022
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.474	5	762
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.799	24.183	306
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	22.649	15	994
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.951	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.175	0.2	876
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	7052
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.01	0.02	1326
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.314	6.393	3054
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.312	6.392	3053
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.2	9.585	3814

LS精密化シェル

解像度: 2.591→2.658 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.366	206	-
R_work	0.409	3902	-
all	-	4108	-
obs	-	-	97.69 %

精密化 TLS

L11: 0 °² / L12: 0 °² / L13: 0 °² / L22: 0 °² / L23: 0 °² / L33: 0 °² / S11: 0 Å ° / S12: 0 Å ° / S13: 0 Å ° / S21: 0 Å ° / S22: 0 Å ° / S23: 0 Å ° / S31: 0 Å ° / S32: 0 Å ° / S33: 0 Å ° / T11: 0 Å² / T12: 0 Å² / T13: 0 Å² / T22: 0 Å² / T23: 0 Å² / T33: 0 Å² / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	-58.002	51.691	-1.969
2	-64.445	63.904	-7.812
3	-61.984	34.139	5.925
4	-25.542	83.759	-11.925
5	-24.197	88.328	2.31
6	-15.816	74.959	-26.64
7	-47.343	71.284	-4.324
8	-29.122	66.105	-8.884
9	-45.521	62.935	-8.569

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 385
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	401
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	402
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	4 - 385
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	401
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	402
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	501 - 507
8	X-RAY DIFFRACTION	7	B	501 - 505
9	X-RAY DIFFRACTION	8	A	403
10	X-RAY DIFFRACTION	8	B	403 - 404
11	X-RAY DIFFRACTION	9	A	404
12	X-RAY DIFFRACTION	9	B	405

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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