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- PDB-6kqx: Crystal structure of Yijc from B. subtilis in complex with UDP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kqx
タイトルCrystal structure of Yijc from B. subtilis in complex with UDP
要素Uncharacterized UDP-glucosyltransferase YjiC
キーワードTRANSFERASE / prenyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


NDP-glycosyltransferase / UDP-glycosyltransferase activity / hexosyltransferase activity / antibiotic biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
UDP-glycosyltransferase, MGT-like / : / Erythromycin biosynthesis protein CIII-like, central / Erythromycin biosynthesis protein CIII-like, C-terminal domain / UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / NDP-glycosyltransferase YjiC
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.44 Å
データ登録者Hu, Y.M. / Dai, L.H. / Huang, J.W. / Liu, W.D. / Chen, C.C. / Guo, R.T.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2021
タイトル: Structural dissection of unnatural ginsenoside-biosynthetic UDP-glycosyltransferase Bs-YjiC from Bacillus subtilis for substrate promiscuity.
著者: Dai, L.H. / Qin, L. / Hu, Y.M. / Huang, J.W. / Hu, Z. / Min, J. / Sun, Y. / Guo, R.T.
履歴
登録2019年8月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized UDP-glucosyltransferase YjiC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4382
ポリマ－44,0331
非ポリマー4041
水34219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area710 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area15410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.152, 116.722, 185.226
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized UDP-glucosyltransferase YjiC


分子量: 44033.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: yjiC, BSU12220 / プラスミド: pET-46EK/LIC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O34539, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: UDP*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.57 % / Mosaicity: 1.602 °
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.2 M tri-Sodium Citrate dehydrate, 0.1 M Bis-Tris Propane

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2018年12月11日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.44→25 Å / Num. obs: 21112 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 56.83 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.058 / Χ2: 1.46 / Net I/σ(I): 15 / Num. measured all: 83151
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.44-2.533.70.52518190.820.2950.6051.26487.5
2.53-2.633.70.4420600.880.2540.5111.24296.8
2.63-2.753.80.34621290.9080.2020.4031.27299.7
2.75-2.893.90.26420990.9570.1530.3071.277100
2.89-3.073.90.16521200.9790.0960.1911.33399.9
3.07-3.313.90.11421260.9890.0650.1311.605100
3.31-3.644.10.07121390.9950.0390.0811.716100
3.64-4.174.30.04121630.9980.0220.0471.529100
4.17-5.244.10.03421720.9980.0190.0391.91799.9
5.24-2540.02522850.9990.0140.0281.31499.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX(1.13_2998: ???)精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3IAA

3iaa


解像度: 2.44→24.688 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.25
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 1056 5.01 %
Rwork0.23 --
obs0.2316 21098 98.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 167.79 Å2 / Biso mean: 82.0275 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.44→24.688 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2546 0 25 19 2590
Biso mean--63.07 54.68 -
残基数----327
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042708
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7553674
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.441639
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048422
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005475
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4401-2.55110.30311130.28362153226687
2.5511-2.68540.33781310.27962475260698
2.6854-2.85350.32231320.267125192651100
2.8535-3.07340.31021340.249225322666100
3.0734-3.3820.27571330.243325312664100
3.382-3.86980.23191350.218325642699100
3.8698-4.86930.22581360.202625762712100
4.8693-24.68880.26091420.230426922834100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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