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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6kqo | ||||||
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タイトル | 328 K cryoEM structure of Sso-KARI in complex with Mg2+, NADH and CPD | ||||||
要素 | Ketol-acid reductoisomerase | ||||||
キーワード | ISOMERASE / Complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ketol-acid reductoisomerase (NADP+) / ketol-acid reductoisomerase activity / L-valine biosynthetic process / isoleucine biosynthetic process / isomerase activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharolobus solfataricus (古細菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.52 Å | ||||||
データ登録者 | Chen, C.Y. / Chang, Y.C. / Lin, B.L. / Huang, C.H. / Tsai, M.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: J Am Chem Soc / 年: 2019 タイトル: Temperature-Resolved Cryo-EM Uncovers Structural Bases of Temperature-Dependent Enzyme Functions. 著者: Chin-Yu Chen / Yuan-Chih Chang / Bo-Lin Lin / Chun-Hsiang Huang / Ming-Daw Tsai / 要旨: Protein functions are temperature-dependent, but protein structures are usually solved at a single (often low) temperature because of limitations on the conditions of crystal growth or protein ...Protein functions are temperature-dependent, but protein structures are usually solved at a single (often low) temperature because of limitations on the conditions of crystal growth or protein vitrification. Here we demonstrate the feasibility of solving cryo-EM structures of proteins vitrified at high temperatures, solve 12 structures of an archaeal ketol-acid reductoisomerase (KARI) vitrified at 4-70 °C, and show that structures of both the Mg form (KARI:2Mg) and its ternary complex (KARI:2Mg:NADH:inhibitor) are temperature-dependent in correlation with the temperature dependence of enzyme activity. Furthermore, structural analyses led to dissection of the induced-fit mechanism into ligand-induced and temperature-induced effects and to capture of temperature-resolved intermediates of the temperature-induced conformational change. The results also suggest that it is preferable to solve cryo-EM structures of protein complexes at functional temperatures. These studies should greatly expand the landscapes of protein structure-function relationships and enhance the mechanistic analysis of enzymatic functions. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6kqo.cif.gz | 1.4 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6kqo.ent.gz | 1.2 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6kqo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6kqo_validation.pdf.gz | 2.9 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6kqo_full_validation.pdf.gz | 3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6kqo_validation.xml.gz | 130 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6kqo_validation.cif.gz | 162.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kq/6kqo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kq/6kqo | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 0754MC 0740C 0742C 0743C 0746C 0747C 0748C 0749C 0750C 0751C 0752C 0753C 6kouC 6kpaC 6kpeC 6kphC 6kpiC 6kpjC 6kpkC 6kq4C 6kq8C 6kqjC 6kqkC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37229.855 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharolobus solfataricus (古細菌) 遺伝子: SSOP1_1436 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A157T175, UniProt: Q97YJ9*PLUS #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | ChemComp-NAI / #4: 化合物 | ChemComp-9TY / 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: KARI-Mg2+/NADH/CPD complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Saccharolobus solfataricus (古細菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 20 mM Tris-Cl, pH 7.5, 50 mM NaCl and 5 mM MgCl2 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY |
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3次元再構成 | 解像度: 2.52 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 135584 / 対称性のタイプ: POINT |