PDB-6kmy: Structure of single disulfide peptide Czon1107-P5A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6kmy

タイトル

Structure of single disulfide peptide Czon1107-P5A

要素

Czon1107-P5A

キーワード

NEUROPEPTIDE / nAChR anatgonist NMR

生物種

Conus zonatus (無脊椎動物)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Sarma, S.P. / Madhan Kumar, M.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Structure and allosteric activity of a single-disulfide conopeptide fromConus zonatusat human alpha 3 beta 4 and alpha 7 nicotinic acetylcholine receptors.
著者: Mohan, M.K. / Abraham, N. / R P, R. / Jayaseelan, B.F. / Ragnarsson, L. / Lewis, R.J. / Sarma, S.P.

履歴

登録	2019年8月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年4月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年4月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2020年5月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.3	2023年6月14日	Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.4	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6kmy.cif.gz	71.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6kmy.ent.gz	49.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6kmy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6kmy_validation.pdf.gz	419.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6kmy_full_validation.pdf.gz	619.2 KB	表示
XML形式データ	6kmy_validation.xml.gz	30.4 KB	表示
CIF形式データ	6kmy_validation.cif.gz	27.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/km/6kmy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/km/6kmy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6kn2C 6kn3C 6knoC 6knpC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3iet-4 2n0d-d 6f3v-d 1gm2-d 2htt-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)
その他のデータベース	BMRB: 36274Structure of single disulfide peptide Czon1107-P5A

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Czon1107-P5A

1.08 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: mass spectrometry

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	28 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	Czon1107-P5A 分子量: 1083.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Conus zonatus (無脊椎動物)
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	2D DQF-COSY
1	2	1	isotropic	1	2D 1H-1H TOCSY
1	3	1	isotropic	1	2D 1H-1H NOESY
1	4	1	isotropic	1	2D 1H-13C HSQC

-
試料調製

詳細	タイプ: solution / 内容: 3.0 mM Czon1107-P5A, 90% H2O/10% D2O / Label: 1 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 3.0 mM / 構成要素: Czon1107-P5A / Isotopic labeling: natural abundance
試料状態	イオン強度: 0 Not defined / Ionic strength err: 0 / Label: 1 / pH: 7 / PH err: 0.05 / 圧: 1 atm / Pressure err: 0.01 / 温度: 298 K / Temperature err: 0.2

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
CYANA	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	structure calculation
CcpNmr Analysis	CCPN	chemical shift assignment
NMRPipe	Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax	データ解析
CcpNmr Analysis	CCPN	peak picking
X-PLOR NIH	Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 5

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 28

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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