+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6kmm | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of HEPES bound Dye Decolorizing peroxidase from Bacillus subtilis | ||||||
![]() | Deferrochelatase/peroxidase EfeB | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Dye-decolorizing peroxidase / ferredoxin like fold / HEPES | ||||||
機能・相同性 | ![]() protoporphyrin ferrochelatase / iron import into cell / ferrochelatase activity / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / peroxidase activity / heme binding / extracellular region / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Dhankhar, P. / Dalal, V. / Mahto, J.K. / Kumar, P. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Characterization of dye-decolorizing peroxidase from Bacillus subtilis. 著者: Dhankhar, P. / Dalal, V. / Mahto, J.K. / Gurjar, B.R. / Tomar, S. / Sharma, A.K. / Kumar, P. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 904.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 752.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
3 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
-タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF
#1: タンパク質 | 分子量: 40235.324 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
---|
-非ポリマー , 9種, 2126分子 ![](data/chem/img/HEM.gif)
![](data/chem/img/OXY.gif)
![](data/chem/img/EPE.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/MPD.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/OXY.gif)
![](data/chem/img/EPE.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/MPD.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-HEM / #3: 化合物 | ChemComp-OXY / #4: 化合物 | ChemComp-EPE / #5: 化合物 | ChemComp-GOL / #6: 化合物 | ChemComp-NA / | #7: 化合物 | #8: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #9: 化合物 | #10: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.44 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 26% MPD, 0.05 M HEPES |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER R 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月28日 |
放射 | モノクロメーター: C(110) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9677 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.93→69.91 Å / Num. obs: 223932 / % possible obs: 92.8 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 9.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.93→1.96 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 10799 / CC1/2: 0.95 / % possible all: 89.4 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4GRC 解像度: 1.93→69.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.973 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 8.32 / SU ML: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.123 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 142.16 Å2 / Biso mean: 45.601 Å2 / Biso min: 22.92 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.93→69.91 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.93→1.98 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLSグループ |
|