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- PDB-6kmk: Crystal structure of hydrogen peroxide bound bovine lactoperoxida... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kmk
タイトルCrystal structure of hydrogen peroxide bound bovine lactoperoxidase at 2.3 A resolution
要素Lactoperoxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Lactoperoxidase / Hydrogen peroxide
機能・相同性
機能・相同性情報


Events associated with phagocytolytic activity of PMN cells / thiocyanate peroxidase activity / peroxidase / lactoperoxidase activity / hydrogen peroxide catabolic process / peroxidase activity / antibacterial humoral response / response to oxidative stress / defense response to bacterium / heme binding ...Events associated with phagocytolytic activity of PMN cells / thiocyanate peroxidase activity / peroxidase / lactoperoxidase activity / hydrogen peroxide catabolic process / peroxidase activity / antibacterial humoral response / response to oxidative stress / defense response to bacterium / heme binding / calcium ion binding / extracellular space / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Myeloperoxidase, subunit C / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Haem peroxidase, animal-type / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Animal haem peroxidase / Animal heme peroxidase superfamily profile. / Haem peroxidase superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / IODIDE ION / HYDROGEN PEROXIDE / Lactoperoxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Singh, P.K. / Sirohi, H.V. / Bhusan, A. / Kaur, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of hydrogen peroxide bound bovine lactoperoxidase at 2.3 A resolution
著者: Singh, P.K. / Sirohi, H.V. / Bhushan, A. / Kaur, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.
履歴
登録2019年7月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lactoperoxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,36624
ポリマ－67,8531
非ポリマー3,51323
水4,522251
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2280 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area24770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.828, 80.420, 75.823
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.577, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 5分子 A

#1: タンパク質 Lactoperoxidase / LPO


分子量: 67853.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P80025, peroxidase
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 270分子

#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#6: 化合物 ChemComp-PEO / HYDROGEN PEROXIDE


分子量: 34.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 251 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.63 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 0.2M AMMONIUM IODIDE, 20% PEG3350, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, 298K.
PH範囲: 6-8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2019年7月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→54.515 Å / Num. obs: 27946 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.96 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.495 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 2737 / CC1/2: 1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
AUTOMARデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4NT3

4nt3
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.3→54.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.852 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.82 / SU B: 10.255 / SU ML: 0.251 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.542 / ESU R Free: 0.306 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2951 1401 5.04 %
Rwork0.2454 --
all0.248 --
obs-27800 98.725 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 40.537 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.617 Å2-0 Å2-1.481 Å2
2---1.246 Å2-0 Å2
3---1.174 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→54.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4774 0 119 251 5144
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0135029
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0174558
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.511.686836
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2061.59810590
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8635594
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.96221.841277
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.74115824
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.0931538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2625
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025608
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021099
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2210.21254
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1970.24804
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1660.22366
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0780.22167
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2060.2273
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.1230.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2690.225
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2990.258
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.270.27
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0750.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.7360.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.9984.312382
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.9934.3072381
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.76.4552972
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.76.4582973
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7634.4742647
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.7614.4742647
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3286.6523864
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.3286.6523865
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it7.09949.2265894
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other7.10149.2255893
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.360.3171010.191999X-RAY DIFFRACTION100
2.36-2.4240.292960.191883X-RAY DIFFRACTION100
2.424-2.4950.285950.191875X-RAY DIFFRACTION100
2.495-2.5710.3151090.191792X-RAY DIFFRACTION99.9474
2.571-2.6550.249920.191738X-RAY DIFFRACTION99.9454
2.655-2.7480.334900.191714X-RAY DIFFRACTION99.7788
2.748-2.8520.305800.191649X-RAY DIFFRACTION99.9422
2.852-2.9680.304730.191591X-RAY DIFFRACTION100
2.968-3.10.2731020.191478X-RAY DIFFRACTION99.9367
3.1-3.2510.26860.191440X-RAY DIFFRACTION99.9345
3.251-3.4270.346620.191350X-RAY DIFFRACTION96.4481
3.427-3.6340.424590.191269X-RAY DIFFRACTION96.6521
3.634-3.8840.27540.191118X-RAY DIFFRACTION90.8527
3.884-4.1950.231580.191037X-RAY DIFFRACTION89.3878
4.195-4.5930.193570.1591048X-RAY DIFFRACTION100
4.593-5.1330.202660.152941X-RAY DIFFRACTION100
5.133-5.9220.336440.191860X-RAY DIFFRACTION100
5.922-7.2420.219380.19711X-RAY DIFFRACTION100
7.242-100.225290.168573X-RAY DIFFRACTION100
8-100.219100.19333X-RAY DIFFRACTION99.1329

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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