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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6kl8 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Piptidyl t-RNA hydrolase from Acinetobacter baumannii with bound NaCl at the substrate binding site | ||||||
要素 | Peptidyl-tRNA hydrolaseAlternative ribosome-rescue factor B | ||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Acinetobacter baumannii (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å | ||||||
データ登録者 | Viswanathan, V. / Sharma, P. / Singh, P.K. / Sharma, S. / Singh, T.P. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of Piptidyl t-RNA hydrolase from Acinetobacter baumannii with bound NaCl at the substrate binding site 著者: Viswanathan, V. / Sharma, P. / Singh, P.K. / Sharma, S. / Singh, T.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6kl8.cif.gz | 58.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6kl8.ent.gz | 38.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6kl8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kl/6kl8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kl/6kl8 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6j93S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21250.232 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (strain ATCC 19606 / DSM 30007 / CIP 70.34 / JCM 6841 / NBRC 109757 / NCIMB 12457 / NCTC 12156 / 81) (バクテリア) 株: ATCC 19606 / DSM 30007 / CIP 70.34 / JCM 6841 / NBRC 109757 / NCIMB 12457 / NCTC 12156 / 81 遺伝子: pth, HMPREF0010_01329 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D0C9L6, peptidyl-tRNA hydrolase |
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#2: 化合物 | ChemComp-CL / |
#3: 化合物 | ChemComp-NA / |
#4: 化合物 | ChemComp-EDO / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.58 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 12% PEG 1500, 0.1M HEPES, pH 7.5, 15% Glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年7月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.94→31.01 Å / Num. obs: 12479 / % possible obs: 94.03 % / 冗長度: 2.89 % / CC1/2: 0.996 / Rrim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 26.18 |
反射 シェル | 解像度: 1.94→2.05 Å / 冗長度: 2.72 % / Mean I/σ(I) obs: 21.11 / Num. unique obs: 3616 / CC1/2: 0.996 / Rrim(I) all: 0.049 / % possible all: 91.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6J93 解像度: 1.94→31.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 2.269 / SU ML: 0.068 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.13 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 13.263 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.94→31.01 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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