PDB-6kl8: Crystal structure of Piptidyl t-RNA hydrolase from Acinetobacter ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6kl8

タイトル

Crystal structure of Piptidyl t-RNA hydrolase from Acinetobacter baumannii with bound NaCl at the substrate binding site

要素

Peptidyl-tRNA hydrolase

キーワード

HYDROLASE

機能・相同性

機能・相同性情報

peptidyl-tRNA hydrolase / peptidyl-tRNA hydrolase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / rescue of stalled ribosome / tRNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Acinetobacter baumannii (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.94 Å

データ登録者

Viswanathan, V. / Sharma, P. / Singh, P.K. / Sharma, S. / Singh, T.P.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Piptidyl t-RNA hydrolase from Acinetobacter baumannii with bound NaCl at the substrate binding site
著者: Viswanathan, V. / Sharma, P. / Singh, P.K. / Sharma, S. / Singh, T.P.

履歴

登録	2019年7月29日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年8月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6kl8.cif.gz	58.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6kl8.ent.gz	38.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6kl8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6kl8_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6kl8_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	6kl8_validation.xml.gz	11.5 KB	表示
CIF形式データ	6kl8_validation.cif.gz	16.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kl/6kl8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kl/6kl8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6j93S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5no9-4 6j93-d 4fno-1 6e3j-d 6jgu-d 6dol-d 6dn7-2 3eti-1 5y9a-d 6ix6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Peptidyl-tRNA hydrolase

ヘテロ分子

21.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	33.961, 66.099, 75.825
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Peptidyl-tRNA hydrolase / PTH 分子量: 21250.232 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (strain ATCC 19606 / DSM 30007 / CIP 70.34 / JCM 6841 / NBRC 109757 / NCIMB 12457 / NCTC 12156 / 81) (バクテリア) 株: ATCC 19606 / DSM 30007 / CIP 70.34 / JCM 6841 / NBRC 109757 / NCIMB 12457 / NCTC 12156 / 81 遺伝子: pth, HMPREF0010_01329 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D0C9L6, peptidyl-tRNA hydrolase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.58 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 12% PEG 1500, 0.1M HEPES, pH 7.5, 15% Glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年7月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.94→31.01 Å / Num. obs: 12479 / % possible obs: 94.03 % / 冗長度: 2.89 % / CC_1/2: 0.996 / R_rim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 26.18
反射シェル	解像度: 1.94→2.05 Å / 冗長度: 2.72 % / Mean I/σ(I) obs: 21.11 / Num. unique obs: 3616 / CC_1/2: 0.996 / R_rim(I) all: 0.049 / % possible all: 91.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6J93

6j93

解像度: 1.94→31.01 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 2.269 / SU ML: 0.068 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.13 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1638	1261	10.105 %
R_work	0.1268	-	-
all	0.131	-	-
obs	-	11218	94.025 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.263 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.037 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.024 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.013 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.94→31.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1496	0	6	187	1689

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	1537
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1423
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.661	1.633	2075
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.457	1.575	3311
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.623	5	195
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.05	22.308	78
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.009	15	255
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.24	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	190
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	1747
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	308
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	330
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.201	0.2	1388
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.161	0.2	750
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	632
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.193	0.2	116
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.214	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.213	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.283	0.2	73
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.187	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.513	1.158	783
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.502	1.156	782
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.437	1.726	977
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.438	1.727	978
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.319	1.471	754
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.318	1.473	755
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.678	2.068	1098
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.676	2.07	1099
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.136	15.275	1750
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.134	15.288	1751

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.94-1.987	0.172	99	0.107	828	X-RAY DIFFRACTION	96.2617
1.987-2.042	0.164	90	0.11	801	X-RAY DIFFRACTION	96.533
2.042-2.101	0.176	79	0.108	803	X-RAY DIFFRACTION	96.4989
2.101-2.165	0.164	87	0.106	773	X-RAY DIFFRACTION	96.0894
2.165-2.236	0.171	82	0.112	739	X-RAY DIFFRACTION	95.7993
2.236-2.314	0.152	85	0.11	709	X-RAY DIFFRACTION	95.0898
2.314-2.402	0.158	87	0.114	671	X-RAY DIFFRACTION	95.1067
2.402-2.499	0.159	80	0.114	647	X-RAY DIFFRACTION	94.4156
2.499-2.61	0.184	59	0.115	661	X-RAY DIFFRACTION	94.9868
2.61-2.737	0.139	65	0.122	592	X-RAY DIFFRACTION	92.7966
2.737-2.885	0.164	63	0.128	589	X-RAY DIFFRACTION	93.813
2.885-3.059	0.193	73	0.129	529	X-RAY DIFFRACTION	93.1889
3.059-3.27	0.187	66	0.14	492	X-RAY DIFFRACTION	92.2314
3.27-3.53	0.154	50	0.128	493	X-RAY DIFFRACTION	92.9795
3.53-3.865	0.171	43	0.125	440	X-RAY DIFFRACTION	91.1321
3.865-4.318	0.1	51	0.121	399	X-RAY DIFFRACTION	91.6497
4.318-4.98	0.178	36	0.137	351	X-RAY DIFFRACTION	89.7912
4.98-6.084	0.229	24	0.168	314	X-RAY DIFFRACTION	90.3743
6.084-8.541	0.207	28	0.205	245	X-RAY DIFFRACTION	88.6364
8.54-31.01	0.11	14	0.261	142	X-RAY DIFFRACTION	83.4225

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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