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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6kjy | ||||||
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タイトル | Galectin-13 variant C136S/C138S | ||||||
要素 | Galactoside-binding soluble lectin 13 | ||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / Galectin-13 variant C136S/C138S | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 lysophospholipase activity / phospholipid metabolic process / nuclear matrix / carbohydrate binding / nuclear body / apoptotic process / 核質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Su, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: Glycobiology / 年: 2020 タイトル: Galectin-13/placental protein 13: redox-active disulfides as switches for regulating structure, function and cellular distribution. 著者: Yang, T. / Yao, Y. / Wang, X. / Li, Y. / Si, Y. / Li, X. / Ayala, G.J. / Wang, Y. / Mayo, K.H. / Tai, G. / Zhou, Y. / Su, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6kjy.cif.gz | 67.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6kjy.ent.gz | 49.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6kjy.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kj/6kjy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kj/6kjy | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16385.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: variant C136S/C138S / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LGALS13, PLAC8 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UHV8 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.5 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Bis-Tris |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→19.5 Å / Num. obs: 27251 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 11.6 % / Net I/σ(I): 35.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.53 Å / Num. unique obs: 1260 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.12_2829 / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→19.499 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.61
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 96.02 Å2 / Biso mean: 24.4846 Å2 / Biso min: 10.03 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.5→19.499 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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