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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6kjm | ||||||
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タイトル | Structural basis for domain rotation during adenylation of active site K123 and fragment library screening against NAD+ -dependent DNA ligase from Mycobacterium tuberculosis | ||||||
![]() | DNA ligase A | ||||||
![]() | LIGASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() DNA ligase (NAD+) / DNA ligase (NAD+) activity / base-excision repair, DNA ligation / DNA ligation / peptidoglycan-based cell wall / DNA replication / magnesium ion binding / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ramachandran, R. / Shukla, A. / Afsar, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure based identification of first-in-class fragment inhibitors that target the NMN pocket of M. tuberculosis NAD + -dependent DNA ligase A. 著者: Shukla, A. / Afsar, M. / Kumar, N. / Kumar, S. / Ramachandran, R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 133.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 102.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.5 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6kkvC ![]() 6lw8C ![]() 1zauS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37607.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: H37Rv / 遺伝子: ligA / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-NMN / | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-AMP / | ||||
#4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.5 % |
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結晶化 | 温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6 詳細: 0.1M HEPES Na pH=7.6 0.1M NaCl 1.5M Ammonium Sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: cryo condition / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年1月24日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.2→46.57 Å / Num. obs: 28579 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.119 / Net I/σ(I): 15.9 / Num. measured all: 227755 / Scaling rejects: 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1ZAU 解像度: 2.2→43.227 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.4 詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 137.48 Å2 / Biso mean: 38.9705 Å2 / Biso min: 8.99 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.2→43.227 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %
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