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万見
- PDB-6ki8: Pyrophosphatase mutant K149R from Acinetobacter baumannii -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ki8
タイトルPyrophosphatase mutant K149R from Acinetobacter baumannii
要素Inorganic pyrophosphatase
キーワードHYDROLASE / Pyrophosphatase / mutant K149R
機能・相同性
機能・相同性情報


inorganic diphosphatase / inorganic diphosphate phosphatase activity / phosphate-containing compound metabolic process / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Inorganic Pyrophosphatase / Inorganic pyrophosphatase / Inorganic pyrophosphatase signature. / Inorganic pyrophosphatase / Inorganic pyrophosphatase superfamily / Inorganic pyrophosphatase / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DIPHOSPHATE / Inorganic pyrophosphatase / Inorganic pyrophosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.79 Å
データ登録者Su, J.
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2019
タイトル: Crystal Structures of Pyrophosphatase from Acinetobacter baumannii: Snapshots of Pyrophosphate Binding and Identification of a Phosphorylated Enzyme Intermediate.
著者: Si, Y. / Wang, X. / Yang, G. / Yang, T. / Li, Y. / Ayala, G.J. / Li, X. / Wang, H. / Su, J.
履歴
登録2019年7月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inorganic pyrophosphatase
B: Inorganic pyrophosphatase
C: Inorganic pyrophosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,33415
ポリマ－58,5933
非ポリマー74112
水10,953608
1
A: Inorganic pyrophosphatase
B: Inorganic pyrophosphatase
C: Inorganic pyrophosphatase
ヘテロ分子

A: Inorganic pyrophosphatase
B: Inorganic pyrophosphatase
C: Inorganic pyrophosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,66830
ポリマ－117,1876
非ポリマー1,48124
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area16720 Å2
ΔGint-279 kcal/mol
Surface area37930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.755, 116.755, 109.704
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-478-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Inorganic pyrophosphatase / Pyrophosphate phospho-hydrolase / PPase


分子量: 19531.154 Da / 分子数: 3 / 変異: A139S/K149R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: ppa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: N9S5K0, UniProt: A0A333SMX2*PLUS, inorganic diphosphatase
#2: 化合物 ChemComp-DPO / DIPHOSPHATE / ジホスファ-ト


分子量: 173.943 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: O7P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 608 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
由来についての詳細The protein was from a strain of Acinetobacter baumannii from a hospital. The sequence reference ...The protein was from a strain of Acinetobacter baumannii from a hospital. The sequence reference used is from a different species Acinetobacter ursingii NIPH 706.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.45 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: salt

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→19.99 Å / Num. obs: 71750 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.7 % / Net I/σ(I): 29.2
反射 シェル解像度: 1.79→1.83 Å / Num. unique obs: 4208

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.12_2829 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.79→19.987 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.77
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1823 1988 2.77 %
Rwork0.1585 --
obs0.1592 71672 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 67.59 Å2 / Biso mean: 26.8095 Å2 / Biso min: 14.33 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.79→19.987 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4032 0 36 608 4676
Biso mean--24.16 35.61 -
残基数----519
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064185
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8525715
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059624
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006744
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.2532529
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
1.79-1.83470.2641290.20794923
1.8347-1.88430.19631410.17614924
1.8843-1.93970.17611400.16924877
1.9397-2.00230.1731450.16484914
2.0023-2.07380.18191350.15954920
2.0738-2.15670.22691420.16364930
2.1567-2.25470.19951440.15564941
2.2547-2.37340.18011490.16384933
2.3734-2.52190.2191360.17384948
2.5219-2.71610.20561460.1795000
2.7161-2.98870.18691420.17114970
2.9887-3.41930.1821460.15285027
3.4193-4.30080.13861430.13485088
4.3008-19.9870.18111500.15225289

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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