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万見
- PDB-6khr: Structure of glycinamide-RNase-transformylase T from Mycobacteriu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6khr
タイトルStructure of glycinamide-RNase-transformylase T from Mycobacterium tuberculosis
要素Formate-dependent phosphoribosylglycinamide formyltransferase
キーワードTRANSFERASE / purine salvag pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


purine ribonucleotide biosynthetic process / phosphoribosylglycinamide formyltransferase activity / magnesium ion binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Formate-dependent phosphoribosylglycinamide formyltransferase / ATP-grasp fold, ATP-dependent carboxylate-amine ligase-type / ATP-grasp domain / ATP-grasp fold, subdomain 1 / Pre-ATP-grasp domain superfamily / ATP-grasp fold / ATP-grasp fold profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2 PurT (GART 2) (Gar transformylase 2) (5'-phosphoribosylglycinamide transformylase 2) (Formate-dependent gar transformylase)
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.786 Å
データ登録者Chen, C. / Wang, J.
引用ジャーナル: Emerg Microbes Infect / 年: 2020
タイトル: Structural characterization of glycinamide-RNase-transformylase T fromMycobacterium tuberculosis.
著者: Chen, C. / Liu, Z. / Liu, L. / Wang, J. / Jin, Q.
履歴
登録2019年7月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月15日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / reflns / reflns_shell
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns.pdbx_Rpim_I_all / _reflns_shell.Rmerge_I_obs / _reflns_shell.meanI_over_sigI_obs / _reflns_shell.pdbx_Rpim_I_all / _reflns_shell.pdbx_redundancy / _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Formate-dependent phosphoribosylglycinamide formyltransferase
B: Formate-dependent phosphoribosylglycinamide formyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,6312
ポリマ－87,6312
非ポリマー00
水61334
1
A: Formate-dependent phosphoribosylglycinamide formyltransferase

B: Formate-dependent phosphoribosylglycinamide formyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,6312
ポリマ－87,6312
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_655y+1,x,-z1
Buried area3040 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area27490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.132, 103.132, 148.692
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Formate-dependent phosphoribosylglycinamide formyltransferase


分子量: 43815.633 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: purT, Rv0389 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P95197
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.78 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.06 M sodium acetate, pH4.6, 6.0% PEG4000, 32% glycerol.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.786→48.719 Å / Num. obs: 23300 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 0.266 / Rpim(I) all: 0.098 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.79→2.94 Å / 冗長度: 8.4 % / Rmerge(I) obs: 0.874 / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique obs: 27385 / Rpim(I) all: 0.32 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14rc3_3206精密化
XDSデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1EYZ

1eyz


解像度: 2.786→48.719 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.22
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2422 1137 4.89 %
Rwork0.2167 --
obs0.2179 23243 99.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 207.35 Å2 / Biso mean: 63.7125 Å2 / Biso min: 22.93 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.786→48.719 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4886 0 0 34 4920
Biso mean---62.24 -
残基数----669
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.786-2.91260.33441470.2518259696
2.9126-3.06610.25191310.24832758100
3.0661-3.25820.30651650.22312703100
3.2582-3.50960.24791380.22032770100
3.5096-3.86270.25751150.21092783100
3.8627-4.42130.23091550.19772768100
4.4213-5.56910.19751470.1948278799
5.5691-48.7190.23881390.2346294199
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 44.3701 Å / Origin y: -14.0443 Å / Origin z: -8.2524 Å
111213212223313233
T0.2639 Å2-0.0512 Å2-0.0096 Å2-0.3314 Å20.0067 Å2--0.2882 Å2
L0.1569 °2-0.4512 °2-0.1291 °2-1.6491 °20.7046 °2--0.6547 °2
S0.0223 Å °0.0518 Å °0.0059 Å °-0.0945 Å °-0.1155 Å °0.1 Å °-0.0693 Å °-0.0177 Å °0.0763 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA27 - 413
2X-RAY DIFFRACTION1allB27 - 413
3X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 34

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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