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- PDB-6khq: bacterial cystathionine gamma-lyase MccB of Staphylococcus aureus... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6khq
タイトルbacterial cystathionine gamma-lyase MccB of Staphylococcus aureus with cofactor PLP
要素Cystathionine gamma lyase
キーワードLYASE / Cystathionine gamma lyase / CGL / MccB / yhrB / PLP / Pyridoxal Phosphate / Cysteine synthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


transsulfuration / catalytic activity / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
Cys/Met metabolism enzymes pyridoxal-phosphate attachment site. / Cys/Met metabolism, pyridoxal phosphate-dependent enzyme / Cys/Met metabolism PLP-dependent enzyme / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase ...Cys/Met metabolism enzymes pyridoxal-phosphate attachment site. / Cys/Met metabolism, pyridoxal phosphate-dependent enzyme / Cys/Met metabolism PLP-dependent enzyme / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cystathionine gamma-synthase homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Ha, N.-C. / Lee, D.
引用ジャーナル: Crystals / 年: 2019
タイトル: Crystal Structure of Bacterial Cystathionine Gamma-Lyase in The Cysteine Biosynthesis Pathway of Staphylococcus aureus
著者: Lee, D. / Jeong, S. / Ahn, J. / Ha, N.-C. / Kwon, A.-R.
履歴
登録2019年7月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cystathionine gamma lyase
B: Cystathionine gamma lyase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,1302
ポリマ－87,1302
非ポリマー00
水2,504139
1
A: Cystathionine gamma lyase
B: Cystathionine gamma lyase

A: Cystathionine gamma lyase
B: Cystathionine gamma lyase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,2604
ポリマ－174,2604
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area20200 Å2
ΔGint-107 kcal/mol
Surface area43040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.281, 132.281, 97.954
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Space group name HallP4n2n
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/2
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/2
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#6: -x,-y,z
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-449-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Cystathionine gamma lyase


分子量: 43565.016 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 (黄色ブドウ球菌)
株: Mu50 / 遺伝子: yrhB, SAV0460 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0H3JQ19, cystathionine gamma-lyase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.55 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: PEG 400, Sodium Acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1.00003 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 39074 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 14.1 % / Biso Wilson estimate: 26.43 Å2 / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 28.11
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 7.5 % / Mean I/σ(I) obs: 3.92 / Num. unique obs: 1914 / CC1/2: 0.701 / Rpim(I) all: 0.126 / Rrim(I) all: 0.373 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472モデル構築
PHENIX1.15.2_3472精密化
MxDCデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6KGZ

6kgz


解像度: 2.3→42.2 Å / SU ML: 0.2616 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.53 / 位相誤差: 21.8161
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2492 2000 5.19 %
Rwork0.2029 --
obs0.2052 38561 98.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 30.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→42.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5687 0 0 139 5826
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00225782
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.49077855
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0433942
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0033998
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.77613464
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.360.29351300.25582389X-RAY DIFFRACTION91.43
2.36-2.420.27491390.24352512X-RAY DIFFRACTION96.68
2.42-2.50.27761400.24172567X-RAY DIFFRACTION98.15
2.5-2.580.29131390.23272565X-RAY DIFFRACTION98.72
2.58-2.670.30641410.2252572X-RAY DIFFRACTION99.12
2.67-2.770.28961420.23462593X-RAY DIFFRACTION99.56
2.77-2.90.27981430.23312611X-RAY DIFFRACTION99.82
2.9-3.050.26651430.22552627X-RAY DIFFRACTION99.86
3.05-3.250.28331440.22532625X-RAY DIFFRACTION99.86
3.25-3.50.27581450.22022636X-RAY DIFFRACTION99.89
3.5-3.850.25371450.18932647X-RAY DIFFRACTION99.89
3.85-4.40.19981450.1652661X-RAY DIFFRACTION99.61
4.4-5.550.20091480.15592706X-RAY DIFFRACTION99.83
5.55-42.20.20391560.17832850X-RAY DIFFRACTION99.9

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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