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- PDB-6khn: Crystal structure of Oryza sativa TDC with PLP and SEROTONIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6khn
タイトルCrystal structure of Oryza sativa TDC with PLP and SEROTONIN
要素Tryptophan decarboxylase 1
キーワードLYASE / amino acid decarboxylase / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


serotonin biosynthetic process from tryptophan / L-tryptophan decarboxylase activity / 5-hydroxy-L-tryptophan decarboxylase activity / aromatic-L-amino-acid decarboxylase / carboxy-lyase activity / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aromatic-L-amino-acid decarboxylase / Pyridoxal-phosphate binding site / DDC / GAD / HDC / TyrDC pyridoxal-phosphate attachment site. / Pyridoxal phosphate-dependent decarboxylase / Pyridoxal-dependent decarboxylase conserved domain / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase ...Aromatic-L-amino-acid decarboxylase / Pyridoxal-phosphate binding site / DDC / GAD / HDC / TyrDC pyridoxal-phosphate attachment site. / Pyridoxal phosphate-dependent decarboxylase / Pyridoxal-dependent decarboxylase conserved domain / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / SEROTONIN / Tryptophan decarboxylase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa subsp. japonica (イネ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.293 Å
データ登録者Zhou, Y.Z. / Liao, L.J. / Liu, X.K. / Guo, Y. / Zhao, Y.C. / Zeng, Z.X.
引用ジャーナル: J Adv Res / 年: 2020
タイトル: Crystal structure ofOryza sativaTDC reveals the substrate specificity for TDC-mediated melatonin biosynthesis.
著者: Zhou, Y. / Liao, L. / Liu, X. / Liu, B. / Chen, X. / Guo, Y. / Huang, C. / Zhao, Y. / Zeng, Z.
履歴
登録2019年7月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tryptophan decarboxylase 1
B: Tryptophan decarboxylase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,68713
ポリマ－111,5262
非ポリマー1,16111
水6,017334
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology, gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15530 Å2
ΔGint-128 kcal/mol
Surface area31030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)156.274, 156.274, 102.392
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Tryptophan decarboxylase 1 / TDC


分子量: 55762.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Oryza sativa subsp. japonica (イネ)
遺伝子: TDC1, Os08g0140300, LOC_Os08g04540, OJ1368_G08.14, OsJ_25993
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q6ZJK7, 付加脱離酵素（リアーゼ）; C-Cリアーゼ; カルボキシル基の付加脱離

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非ポリマー , 6種, 345分子

#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SRO / SEROTONIN / 3-(2-AMINOETHYL)-1H-INDOL-5-OL / セロトニン


分子量: 176.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N2O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 神経伝達物質*YM
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 334 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.82 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: PEG 1000, Imidazole/Hydrochloric acid, Calcium acetate
PH範囲: 7.2-8.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97846 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 R CdTe 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月30日
回折測定詳細: 0.50 degrees, 0.20 sec, detector distance 300.00 mm / 手法: \w scans
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97846 Å / 相対比: 1
ReflectionAv R equivalents: 0.102 / 数: 518804
反射解像度: 2.293→50 Å / Num. obs: 64622 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 36.49 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.109 / Χ2: 1.857 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.3-2.387.50.71264120.8910.2780.7660.621100
2.38-2.487.10.54663810.9250.2190.590.68999.9
2.48-2.597.10.42563980.9470.1720.4590.75799.8
2.59-2.738.10.33964080.9730.1280.3630.85999.9
2.73-2.98.10.25264480.9810.0950.2691.094100
2.9-3.128.20.18264530.9880.0680.1951.49899.9
3.12-3.448.20.12864270.9930.0480.1372.0799.9
3.44-3.9380.08764660.9970.0330.0933.07999.8
3.93-4.9590.06665200.9970.0230.073.65499.9
4.95-508.80.05267090.9980.0180.0553.34999.9
Cell measurementReflection used: 518804

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.13_2998精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.293→47.884 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.25
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2018 3161 4.89 %
Rwork0.1628 --
obs0.1646 64580 99.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 91.93 Å2 / Biso mean: 39.3799 Å2 / Biso min: 23 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.293→47.884 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7372 0 69 334 7775
Biso mean--49.87 41.53 -
残基数----966
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.2932-2.32740.27131380.2036256796
2.3274-2.36380.25181160.2042673100
2.3638-2.40250.24291430.2022621100
2.4025-2.4440.28521520.20012639100
2.444-2.48840.23491500.20092644100
2.4884-2.53630.23131470.19822624100
2.5363-2.5880.27121300.19352651100
2.588-2.64430.2761250.1932660100
2.6443-2.70580.21451490.18582662100
2.7058-2.77350.2361340.18212630100
2.7735-2.84840.24071400.18252684100
2.8484-2.93230.24221480.18372639100
2.9323-3.02690.21631410.18222664100
3.0269-3.1350.22941170.182683100
3.135-3.26050.22541560.17552653100
3.2605-3.40890.21641500.17732674100
3.4089-3.58860.2081320.17412663100
3.5886-3.81330.17461270.14842709100
3.8133-4.10760.1861290.14262679100
4.1076-4.52070.16731100.12972726100
4.5207-5.17420.15051450.13272710100
5.1742-6.51630.18841740.16452693100
6.5163-47.8840.14061080.13692871100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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