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- PDB-6kga: Structure of Ovalbumin from Emu (Dromaius novaehollandiae) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kga
タイトルStructure of Ovalbumin from Emu (Dromaius novaehollandiae)
要素Ovalbumin
キーワードHYDROLASE INHIBITOR / SERPIN / EGG WHITE / EMU / Dromaius novaehollandiae
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type endopeptidase inhibitor activity / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Dromaius novaehollandiae (エミュー)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Yasutake, Y. / Maehashi, K. / Matano, M. / Takeuchi, J.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of Emu (Dromaius novaehollandiae) ovalbumin revealed alpha-1-antitrypsin-like domain-swapped trimer.
著者: Yasutake, Y. / Maehashi, K. / Matano, M. / Takeuchi, J.
履歴
登録2019年7月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2019年7月24日ID: 3VVJ
改定 1.02019年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ovalbumin
B: Ovalbumin
C: Ovalbumin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,8473
ポリマ－131,8473
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16870 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area44380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)152.690, 171.820, 175.200
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Ovalbumin / OVA / Egg albumin


分子量: 43948.973 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dromaius novaehollandiae (エミュー)
遺伝子: SERPINB14 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E2RVI8
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.29 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M NA CITRATE PH 5.0, 3% MPD, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.97886 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97886 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→50 Å / Num. obs: 34971 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / Rrim(I) all: 0.186 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 3.3→3.48 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 5020 / Rrim(I) all: 0.996

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1OVA

1ova


解像度: 3.3→48.876 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2336 1751 5.01 %
Rwork0.1998 --
obs0.2015 34964 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 240.42 Å2 / Biso mean: 85.6439 Å2 / Biso min: 32.73 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.3→48.876 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9075 0 0 0 9075
残基数----1161
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
3.3001-3.38930.40031420.35172489
3.3893-3.4890.32111480.32527
3.489-3.60160.26531260.27852525
3.6016-3.73020.32581100.2442556
3.7302-3.87950.24141260.22872540
3.8795-4.0560.25811430.20612499
4.056-4.26970.22371410.18312565
4.2697-4.53710.18731410.162533
4.5371-4.88710.19721470.14782539
4.8871-5.37830.20191240.16342561
5.3783-6.15530.25111350.1892567
6.1553-7.750.2291350.20672602
7.75-48.8760.19921330.17732710
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7217-0.69280.29162.55380.59872.5636-0.0149-0.2552-0.1645-0.2230.15920.1654-0.0798-0.046-0.13050.4225-0.00790.00230.50320.08010.3459-20.7621-57.327-26.2668
22.5413-0.10880.93722.1766-0.08622.53120.1951-0.01270.177-0.1969-0.1440.10750.2606-0.1057-0.05290.47250.02860.02150.3834-0.00650.3862-50.5178-54.8087-65.0164
31.41820.29560.12112.88280.88382.35150.0265-0.16580.03170.4105-0.1265-0.0180.15810.15970.09790.3778-0.0229-0.0060.4291-0.01770.5448-50.5005-17.6182-33.9752
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 2 through 350 or chain 'C' and resid 356 through 388)A0
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 2 through 350 or chain 'A' and resid 356 through 388)B0
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 2 through 350 or chain 'B' and resid 356 through 388)C0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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