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- PDB-6kac: Cryo-EM structure of the C2S2-type PSII-LHCII supercomplex from C... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 6kac
タイトルCryo-EM structure of the C2S2-type PSII-LHCII supercomplex from Chlamydomonas reihardtii
要素
  • (Chlorophyll a-b binding protein, ...) x 4
  • (Cytochrome b559 subunit ...) x 2
  • (Oxygen-evolving enhancer protein ...) x 3
  • (Photosystem II ...) x 14
  • 10 kDa photosystem II polypeptide PsbR (potential)
  • 4.1 kDa photosystem II subunit
  • Chlorophyll a-b binding protein CP29
  • Predicted protein
  • Unindentified Stromal Protein (USP)
キーワードPHOTOSYNTHESIS / PhotosystemII / supercomplex
機能・相同性
機能・相同性情報


thylakoid light-harvesting complex / photosystem II repair / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosynthesis, light harvesting / chloroplast thylakoid lumen / photosystem II oxygen evolving complex / photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II reaction center ...thylakoid light-harvesting complex / photosystem II repair / photosynthesis, light harvesting in photosystem I / photosynthesis, light harvesting / chloroplast thylakoid lumen / photosystem II oxygen evolving complex / photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / photosystem II reaction center / photosystem II / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / photosynthetic electron transport chain / photosystem I / photosystem II / response to herbicide / extrinsic component of membrane / chlorophyll binding / photosynthetic electron transport in photosystem II / photosynthesis, light reaction / chloroplast thylakoid membrane / phosphate ion binding / : / response to light stimulus / photosynthesis / electron transfer activity / protein stabilization / iron ion binding / heme binding / calcium ion binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Photosystem II Pbs27 / Photosystem II Pbs27 superfamily / Photosystem II Pbs27 / PsbP, C-terminal / PsbP / Mog1/PsbP, alpha/beta/alpha sandwich / : / Mog1/PsbP, alpha/beta/alpha sandwich / Protein Transport Mog1p; Chain A / Photosystem II PsbW, class 2 ...Photosystem II Pbs27 / Photosystem II Pbs27 superfamily / Photosystem II Pbs27 / PsbP, C-terminal / PsbP / Mog1/PsbP, alpha/beta/alpha sandwich / : / Mog1/PsbP, alpha/beta/alpha sandwich / Protein Transport Mog1p; Chain A / Photosystem II PsbW, class 2 / Photosystem II reaction centre W protein (PsbW) / Photosystem II reaction center protein H / photosystem ii from thermosynechococcus elongatus / Oxygen-evolving enhancer protein 3 / Oxygen evolving enhancer protein 3 / Photosystem II PsbZ, reaction centre / PsbQ-like domain superfamily / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II PsbJ / Photosystem II PsbJ superfamily / PsbJ / Photosystem II PsbO, manganese-stabilising / Manganese-stabilising protein / photosystem II polypeptide / Photosystem II reaction centre protein Ycf12 / Photosystem II complex subunit Ycf12 / Photosystem II reaction centre M protein (PsbM) / Photosystem II PsbM superfamily / Photosystem II PsbM / Photosystem II PsbZ, reaction centre / Photosystem II PsbZ superfamily / YCF9 / Photosystem II PsbX / Photosystem II reaction centre X protein (PsbX) / Photosystem II PsbT / Photosystem II PsbL / Photosystem II PsbL superfamily / Photosystem II PsbT superfamily / Photosystem II reaction centre T protein / PsbL protein / Photosystem II PsbK / Photosystem II CP43 reaction centre protein / Photosystem II PsbK superfamily / Photosystem II CP43 reaction centre protein superfamily / Photosystem II 4 kDa reaction centre component / Photosystem II PsbI / Photosystem II CP47 reaction centre protein / Photosystem II PsbI superfamily / Photosystem II reaction centre I protein (PSII 4.8 kDa protein) / Photosystem II reaction centre protein H / Photosystem II reaction centre protein H superfamily / Photosystem II 10 kDa phosphoprotein / Photosystem II protein D1 / Photosystem II D2 protein / Photosystem II cytochrome b559, conserved site / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit / Photosystem II cytochrome b559, beta subunit / Photosystem II cytochrome b559, N-terminal / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit, lumenal region / Photosystem II cytochrome b559, alpha subunit superfamily / Cytochrome b559, alpha (gene psbE) and beta (gene psbF)subunits / Lumenal portion of Cytochrome b559, alpha (gene psbE) subunit / Cytochrome b559 subunits heme-binding site signature. / : / Photosystem antenna protein-like / Photosystem antenna protein-like superfamily / Photosystem II protein / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / : / Photosynthetic reaction centre, L/M / Photosystem II protein D1/D2 superfamily / Photosynthetic reaction centre protein / Photosynthetic reaction center proteins signature. / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix Hairpins / Arc Repressor Mutant, subunit A / Roll / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BETA-CAROTENE / BICARBONATE ION / CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Chem-LUT ...BETA-CAROTENE / BICARBONATE ION / CHLOROPHYLL B / CHLOROPHYLL A / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / : / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / Chem-LUT / Chem-NEX / CA-MN4-O5 CLUSTER / PHEOPHYTIN A / Chem-PL9 / Chem-SQD / Chem-XAT / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Photosystem II reaction center protein J / Photosystem II D2 protein / Photosystem II protein D1 / Photosystem II CP43 reaction center protein / Oxygen-evolving enhancer protein 2, chloroplastic / Oxygen-evolving enhancer protein 3, chloroplastic / Oxygen-evolving enhancer protein 1, chloroplastic / Photosystem II reaction center protein K / Photosystem II reaction center protein H / Photosystem II reaction center protein L / Photosystem II CP47 reaction center protein / Photosystem II reaction center protein T / Cytochrome b559 subunit alpha / Photosystem II reaction center protein Psb30 / Photosystem II reaction center protein I / Photosystem II reaction center protein Z / Photosystem II reaction center protein M / Cytochrome b559 subunit beta / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein CP29 / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic / Photosystem II reaction center W protein, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Sheng, X. / Li, A.J. / Song, D.F. / Liu, Z.F.
資金援助 中国, 5件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (China)2017YFA0503702 中国
Chinese Academy of SciencesXDB27020106 中国
Chinese Academy of SciencesXDB08020302 中国
Chinese Academy of SciencesQYZDB-SSW-SMC005 中国
National Natural Science Foundation of China31670749 中国
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2019
タイトル: Structural insight into light harvesting for photosystem II in green algae.
著者: Xin Sheng / Akimasa Watanabe / Anjie Li / Eunchul Kim / Chihong Song / Kazuyoshi Murata / Danfeng Song / Jun Minagawa / Zhenfeng Liu /
要旨: Green algae and plants rely on light-harvesting complex II (LHCII) to collect photon energy for oxygenic photosynthesis. In Chlamydomonas reinhardtii, LHCII molecules associate with photosystem II ...Green algae and plants rely on light-harvesting complex II (LHCII) to collect photon energy for oxygenic photosynthesis. In Chlamydomonas reinhardtii, LHCII molecules associate with photosystem II (PSII) to form various supercomplexes, including the CSML type, which is the largest PSII-LHCII supercomplex in algae and plants that is presently known. Here, we report high-resolution cryo-electron microscopy (cryo-EM) maps and structural models of the CSML and CS supercomplexes from C. reinhardtii. The CS supercomplex contains an LhcbM1-LhcbM2/7-LhcbM3 heterotrimer in the strongly associated LHCII, and the LhcbM1 subunit assembles with CP43 through two interfacial galactolipid molecules. The loosely and moderately associated LHCII trimers interact closely with the minor antenna complex CP29 to form an intricate subcomplex bound to CP47 in the CSML supercomplex. A notable direct pathway is established for energy transfer from the loosely associated LHCII to the PSII reaction centre, as well as several indirect routes. Structure-based computational analysis on the excitation energy transfer within the two supercomplexes provides detailed mechanistic insights into the light-harvesting process in green algae.
履歴
登録2019年6月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02019年10月23日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02019年10月23日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02019年10月23日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02019年10月23日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02019年10月23日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02019年10月23日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02019年10月23日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02019年10月23日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02019年10月23日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月20日Group: Advisory / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
改定 1.22019年12月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32019年12月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02025年4月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_chiral / struct_conn / struct_conn_type
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._chem_comp.formula / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.12025年4月9日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata
Group: Database references / Experimental summary / Structure summary
Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: database_2 / em_admin
Data content type: EM metadata / EM metadata ...EM metadata / EM metadata / EM metadata / EM metadata
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-9955
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Photosystem II protein D1
B: Photosystem II CP47 reaction center protein
V: Photosystem II reaction center protein Ycf12
C: Photosystem II CP43 reaction center protein
D: Photosystem II D2 protein
E: Cytochrome b559 subunit alpha
F: Cytochrome b559 subunit beta
H: Photosystem II reaction center protein H
I: Photosystem II reaction center protein I
J: Photosystem II reaction center protein J
K: Photosystem II reaction center protein K
L: Photosystem II reaction center protein L
M: Photosystem II reaction center protein M
O: Oxygen-evolving enhancer protein 1, chloroplastic
P: Oxygen-evolving enhancer protein 2, chloroplastic
Q: Oxygen-evolving enhancer protein 3, chloroplastic
T: Photosystem II reaction center protein T
W: Photosystem II reaction center W protein, chloroplastic
X: 4.1 kDa photosystem II subunit
Z: Photosystem II reaction center protein Z
N: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
G: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
R: Chlorophyll a-b binding protein CP29
S: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
Y: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
U: Predicted protein
1: 10 kDa photosystem II polypeptide PsbR (potential)
4: Unindentified Stromal Protein (USP)
a: Photosystem II protein D1
b: Photosystem II CP47 reaction center protein
v: Photosystem II reaction center protein Ycf12
c: Photosystem II CP43 reaction center protein
d: Photosystem II D2 protein
e: Cytochrome b559 subunit alpha
f: Cytochrome b559 subunit beta
h: Photosystem II reaction center protein H
i: Photosystem II reaction center protein I
j: Photosystem II reaction center protein J
k: Photosystem II reaction center protein K
l: Photosystem II reaction center protein L
m: Photosystem II reaction center protein M
o: Oxygen-evolving enhancer protein 1, chloroplastic
p: Oxygen-evolving enhancer protein 2, chloroplastic
q: Oxygen-evolving enhancer protein 3, chloroplastic
t: Photosystem II reaction center protein T
w: Photosystem II reaction center W protein, chloroplastic
x: 4.1 kDa photosystem II subunit
z: Photosystem II reaction center protein Z
n: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
g: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
r: Chlorophyll a-b binding protein CP29
s: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
y: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
u: Predicted protein
0: 10 kDa photosystem II polypeptide PsbR (potential)
3: Unindentified Stromal Protein (USP)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,273,107374
ポリマ－1,020,94856
非ポリマー252,159318
水10,719595
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
Photosystem II ... , 14種, 28分子 AaBbVvCcDdHhIiJjKkLlMmTtWwZz

#1: タンパク質 Photosystem II protein D1 / PSII D1 protein / 32 kDa thylakoid membrane protein / Photosystem II Q(B) protein


分子量: 39066.340 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P07753, photosystem II
#2: タンパク質 Photosystem II CP47 reaction center protein / PSII 47 kDa protein / Protein CP-47


分子量: 56159.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P37255
#3: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein Ycf12


分子量: 3333.058 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P50370*PLUS
#4: タンパク質 Photosystem II CP43 reaction center protein / PSII 43 kDa protein / Protein CP-43 / Protein P6


分子量: 50680.738 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P10898
#5: タンパク質 Photosystem II D2 protein / PSII D2 protein / Photosystem Q(A) protein


分子量: 39474.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P06007, photosystem II
#8: タンパク質 Photosystem II reaction center protein H / PSII-H / Photosystem II 8 kDa phosphoprotein


分子量: 9445.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P22666
#9: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein I / PSII-I / PSII 4.8 kDa protein


分子量: 4245.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P59763
#10: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein J / PSII-J


分子量: 4291.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: O19930
#11: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein K / PSII-K


分子量: 5062.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P18263
#12: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein L / PSII-L


分子量: 4431.229 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P32974
#13: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein M / PSII-M


分子量: 3762.433 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P92277
#17: タンパク質・ペプチド Photosystem II reaction center protein T / PSII-T


分子量: 3639.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P37256
#18: タンパク質 Photosystem II reaction center W protein, chloroplastic / PSII 6.1 kDa protein


分子量: 12155.054 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q9SPI9
#20: タンパク質 Photosystem II reaction center protein Z / PSII-Z


分子量: 6565.863 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P92276

-
Cytochrome b559 subunit ... , 2種, 4分子 EeFf

#6: タンパク質 Cytochrome b559 subunit alpha / PSII reaction center subunit V


分子量: 9312.598 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P48268
#7: タンパク質・ペプチド Cytochrome b559 subunit beta / PSII reaction center subunit VI


分子量: 4986.013 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q08363

-
Oxygen-evolving enhancer protein ... , 3種, 6分子 OoPpQq

#14: タンパク質 Oxygen-evolving enhancer protein 1, chloroplastic / OEE1


分子量: 30557.697 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P12853
#15: タンパク質 Oxygen-evolving enhancer protein 2, chloroplastic / OEE2


分子量: 25930.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P11471
#16: タンパク質 Oxygen-evolving enhancer protein 3, chloroplastic / OEE3


分子量: 21860.053 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: P12852

-
タンパク質 , 3種, 6分子 XxRrUu

#19: タンパク質 4.1 kDa photosystem II subunit


分子量: 9894.716 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8I846
#23: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein CP29 / Lhcbm4


分子量: 29970.846 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q93WD2
#26: タンパク質 Predicted protein


分子量: 19116.842 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: A8I5A0

-
Chlorophyll a-b binding protein, ... , 4種, 8分子 NnGgSsYy

#21: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 27405.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q93WL4
#22: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 26675.350 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q93WE0
#24: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 30742.830 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q9FEK6
#25: タンパク質 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic


分子量: 27591.336 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
参照: UniProt: Q93VE0

-
タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 1043

#27: タンパク質・ペプチド 10 kDa photosystem II polypeptide PsbR (potential)


分子量: 1738.856 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
#28: タンパク質・ペプチド Unindentified Stromal Protein (USP)


分子量: 2380.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)

-
糖 , 2種, 16分子

#37: 糖
ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15
#42: 糖
ChemComp-LMU / DODECYL-ALPHA-D-MALTOSIDE


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM

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非ポリマー , 17種, 897分子

#29: 化合物 ChemComp-OEX / CA-MN4-O5 CLUSTER


分子量: 339.827 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CaMn4O5
#30: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#31: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#32: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A


分子量: 893.489 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#33: 化合物
ChemComp-PHO / PHEOPHYTIN A / 132α-(メトキシカルボニル)-31,32-ジデヒ(以下略)


分子量: 871.200 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74N4O5
#34: 化合物
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / 9,13-cis-β-カロテン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56
#35: 化合物
ChemComp-SQD / 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル


分子量: 795.116 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78O12S
#36: 化合物
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10
#38: 化合物
ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル


分子量: 722.970 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / コメント: リン脂質*YM
#39: 化合物 ChemComp-BCT / BICARBONATE ION / オキシラトぎ酸


分子量: 61.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CHO3
#40: 化合物 ChemComp-PL9 / 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE / PLASTOQUINONE 9


分子量: 749.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C53H80O2
#41: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#43: 化合物...
ChemComp-CHL / CHLOROPHYLL B


分子量: 907.472 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H70MgN4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#44: 化合物
ChemComp-LUT / (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / (3R,3'R)-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / LUTEIN


分子量: 568.871 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O2
#45: 化合物
ChemComp-XAT / (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL / VIOLAXANTHIN / 13-cis-ビオラキサンチン


分子量: 600.870 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O4
#46: 化合物
ChemComp-NEX / (1R,3R)-6-{(3E,5E,7E,9E,11E,13E,15E,17E)-18-[(1S,4R,6R)-4-HYDROXY-2,2,6-TRIMETHYL-7-OXABICYCLO[4.1.0]HEPT-1-YL]-3,7,12,16-TETRAMETHYLOCTADECA-1,3,5,7,9,11,13,15,17-NONAENYLIDENE}-1,5,5-TRIMETHYLCYCLOHEXANE-1,3-DIOL / (3S,5R,6R,3'S,5'R,6'S)-5',6'-EPOXY-6,7-DIDEHYDRO- 5,6,5',6'-TETRAHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,5,3'-TRIOL / 9'-CIS-NEOXANTHIN


分子量: 600.870 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56O4
#47: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 595 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: The C2S2-type PSII-LHCII supercomplex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#28 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
緩衝液pH: 6.5
試料濃度: 3.6 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
撮影電子線照射量: 1.875 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
画像スキャン動画フレーム数/画像: 32

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.13_2998: / 分類: 精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
4RELION3CTF補正
7UCSF Chimera1.9モデルフィッティング
9RELION3初期オイラー角割当
10RELION3最終オイラー角割当
12RELION3３次元再構成
13PHENIX1.13モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 358312
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 258242 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: BACKBONE TRACE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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