[日本語] English
万見
- PDB-6ka2: Crystal structure of a Thebaine synthase from Papaver somniferum ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ka2
タイトルCrystal structure of a Thebaine synthase from Papaver somniferum in complex with TBN
要素Thebaine synthase 2
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / synthase / crystallization
機能・相同性
機能・相同性情報


thebaine synthase / carbon-oxygen lyase activity / alkaloid metabolic process / defense response / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
: / Pathogenesis-related protein Bet v I family / Bet v I/Major latex protein / Pathogenesis-related protein Bet v 1 family / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-D4R / Thebaine synthase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Papaver somniferum (ケシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Xue, J. / Yu, X.J. / Huang, J.W. / Liu, W.D. / Chen, C.C. / Guo, R.T.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2020
タイトル: Structural insights into thebaine synthase 2 catalysis.
著者: Chen, C.C. / Xue, J. / Peng, W. / Wang, B. / Zhang, L. / Liu, W. / Ko, T.P. / Huang, J.W. / Zhou, S. / Min, J. / Ma, L. / Dai, L. / Guo, R.T. / Yu, X.
履歴
登録2019年6月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Thebaine synthase 2
B: Thebaine synthase 2
C: Thebaine synthase 2
D: Thebaine synthase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,2997
ポリマ－72,3654
非ポリマー9343
水3,891216
1
A: Thebaine synthase 2
B: Thebaine synthase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8054
ポリマ－36,1832
非ポリマー6232
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1700 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area13830 Å2
手法PISA
2
C: Thebaine synthase 2
D: Thebaine synthase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4943
ポリマ－36,1832
非ポリマー3111
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1720 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area13780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)155.080, 43.460, 118.803
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 129.400, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
Thebaine synthase 2


分子量: 18091.283 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Papaver somniferum (ケシ) / 遺伝子: THS2 / プラスミド: pET-46EK/LIC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2U9GGW3, thebaine synthase
#2: 化合物 ChemComp-D4R / (4R,7aR,12bS)-7,9-dimethoxy-3-methyl-2,4,7a,13-tetrahydro-1H-4,12-methanobenzofuro[3,2-e]isoquinoline / Thebaine / テバイン


分子量: 311.375 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H21NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: alkaloid*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 216 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.46 % / Mosaicity: 0.598 °
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2.4M ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris, 8.0% v/v Acetone

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2018年10月11日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→25 Å / Num. obs: 27891 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.082 / Χ2: 1.572 / Net I/σ(I): 12.6 / Num. measured all: 112428
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.29-2.374.10.627380.8420.3410.6921.289100
2.37-2.474.10.527450.8550.2840.5761.301100
2.47-2.584.10.39327820.8870.2230.4521.319100
2.58-2.714.10.27827590.9460.1580.321.417100
2.71-2.884.10.21727960.9650.1230.251.409100
2.88-3.114.10.1527750.9820.0850.1731.507100
3.11-3.424.10.07227660.9950.0410.0831.57100
3.42-3.9140.05328010.9970.030.0612.052100
3.91-4.923.90.03728230.9980.0210.0432.119100
4.92-253.80.0329060.9990.0170.0351.76999.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4REJ

4rej


解像度: 2.35→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 9.239 / SU ML: 0.209 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.505 / ESU R Free: 0.263 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2425 1243 4.8 %RANDOM
Rwork0.1964 ---
obs0.1985 24699 99.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 132.75 Å2 / Biso mean: 51.749 Å2 / Biso min: 21.44 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.7 Å2-0 Å20.52 Å2
2---4.54 Å2-0 Å2
3---0.42 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.35→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4769 0 69 216 5054
Biso mean--73.75 52.61 -
残基数----598
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0134940
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0184488
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6821.6786684
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3061.61910501
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.7155593
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.62424.241257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.16815896
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6291520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2647
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.025442
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02942
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.41 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.369 78 -
Rwork0.304 1802 -
all-1880 -
obs--100 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る