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万見
- PDB-6k9c: The apo structure of NrS-1 C terminal region (305-718) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6k9c
タイトルThe apo structure of NrS-1 C terminal region (305-718)
要素Primase
キーワードTRANSFERASE / primase / helicase / ssDNA-binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


viral DNA genome replication / helicase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / transferase activity / DNA helicase / DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / hydrolase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
NrS-1 polymerase-like head domain / NrS-1 polymerase-like, tail domain / NrS-1 polymerase HBD domain / Domain of unknown function DUF5906 / Family of unknown function (DUF5906) / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA Primase-polymerase
類似検索 - 構成要素
生物種Nitratiruptor phage NrS-1 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.406 Å
データ登録者Chen, X. / Gan, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31870721 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Structural studies reveal a ring-shaped architecture of deep-sea vent phage NrS-1 polymerase.
著者: Chen, X. / Su, S. / Chen, Y. / Gao, Y. / Li, Y. / Shao, Z. / Zhang, Y. / Shao, Q. / Liu, H. / Li, J. / Ma, J. / Gan, J.
履歴
登録2019年6月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Primase
B: Primase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,5979
ポリマ－96,7162
非ポリマー8817
水1,36976
1
A: Primase
B: Primase
ヘテロ分子

A: Primase
B: Primase
ヘテロ分子

A: Primase
B: Primase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)292,79227
ポリマ－290,1476
非ポリマー2,64421
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_665-z+3/2,-x+1,y+1/21
crystal symmetry operation10_646-y+1,z-1/2,-x+3/21
Buried area30600 Å2
ΔGint-503 kcal/mol
Surface area98740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)161.130, 161.130, 161.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213

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要素

#1: タンパク質 Primase


分子量: 48357.855 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nitratiruptor phage NrS-1 (ファージ)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: M5AAG8
#2: 化合物 ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.97 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 1.6 M NaH2PO4/0.4 M K2HPO4, 0.1 M phosphate-citrate pH 4.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2018年1月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 54069 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 12.5 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rrim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 21.3
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.492 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 2622 / Rrim(I) all: 0.545 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL2Map位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.406→29.921 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.5 / 位相誤差: 22.63
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2408 2433 4.9 %
Rwork0.1929 --
obs0.1952 49645 91.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.406→29.921 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6709 0 27 76 6812
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0066865
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8469306
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.0114138
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0551058
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071161
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4057-2.45480.3854470.35751123X-RAY DIFFRACTION37
2.4548-2.50820.3366940.3031725X-RAY DIFFRACTION58
2.5082-2.56650.35461670.29322273X-RAY DIFFRACTION77
2.5665-2.63060.36341310.28332748X-RAY DIFFRACTION91
2.6306-2.70170.3081490.27572890X-RAY DIFFRACTION96
2.7017-2.78110.29341390.2573008X-RAY DIFFRACTION99
2.7811-2.87080.30941590.25322912X-RAY DIFFRACTION99
2.8708-2.97340.27251360.23653055X-RAY DIFFRACTION100
2.9734-3.09230.30611540.21653002X-RAY DIFFRACTION100
3.0923-3.23290.24941790.20922995X-RAY DIFFRACTION100
3.2329-3.40310.25181710.20063044X-RAY DIFFRACTION100
3.4031-3.6160.23551560.17433021X-RAY DIFFRACTION100
3.616-3.89460.23061180.15923055X-RAY DIFFRACTION100
3.8946-4.28550.20321390.14673065X-RAY DIFFRACTION100
4.2855-4.90330.181580.12893057X-RAY DIFFRACTION100
4.9033-6.16880.19851710.16013066X-RAY DIFFRACTION100
6.1688-29.92340.16481650.15443173X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.6767-0.1631-0.42293.71250.92561.4839-0.03940.19750.0128-0.04390.0143-0.0972-0.06990.10330.00230.22580.0050.04760.22740.06670.2444132.000251.653498.2223
21.9331-0.1531-0.73511.2659-0.31861.6130.017-0.1232-0.10650.06350.08160.10710.0735-0.1551-0.11510.2021-0.04170.02280.21210.09290.1487109.441973.5009109.0548
33.12180.28160.05552.40160.0563.1634-0.1140.03940.5974-0.00810.0276-0.1237-0.47640.03540.05890.2474-0.0187-0.05230.13840.01030.1834104.487593.6057147.7708
41.57820.8557-0.72612.93362.23843.19210.05230.09980.34350.10480.1651-0.6081-0.070.4015-0.19990.29230.0503-0.06580.29990.05260.4782146.753748.6005117.2983
51.86070.1052-0.06712.12060.57381.67010.14990.0403-0.0724-0.1988-0.0495-0.159-0.2046-0.0497-0.11130.26190.0198-0.02570.29240.09510.2117132.747974.583132.3453
62.14440.19370.00372.74670.66331.62210.0302-0.12980.05410.0481-0.01080.0486-0.04510.0560.00910.1432-0.0008-0.07150.2254-0.03840.1081109.747877.3167168.646
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resseq 303:391)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resseq 392:617)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resseq 618:718)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain B and resseq 305:391)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resseq 392:617)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resseq 618:718)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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