ソフトウェア 名称 バージョン 分類 REFMAC5.8.0238精密化 iMOSFLMデータ削減 SCALAデータスケーリング MOLREP位相決定
精密化 構造決定の手法 : 分子置換開始モデル : 1GR0解像度 : 2.5→47.18 Å / Cor.coef. Fo :Fc : 0.914 / Cor.coef. Fo :Fc free : 0.872 / SU B : 23.556 / SU ML : 0.229 / 交差検証法 : THROUGHOUT / σ(F) : 0 / ESU R : 0.324 / ESU R Free : 0.268 / 立体化学のターゲット値 : MAXIMUM LIKELIHOOD詳細 : U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONSRfactor 反射数 %反射 Selection details Rfree 0.2804 2061 5 % RANDOM Rwork 0.2263 - - - obs 0.229 38772 96.98 % -
溶媒の処理 イオンプローブ半径 : 0.8 Å / 減衰半径 : 0.8 Å / VDWプローブ半径 : 1.2 Å / 溶媒モデル : MASK原子変位パラメータ Biso max : 92.32 Å2 / Biso mean : 42.74 Å2 / Biso min : 18.49 Å2 Baniso -1 Baniso -2 Baniso -3 1- -0.72 Å2 -0.36 Å2 0 Å2 2- - -0.72 Å2 0 Å2 3- - - 2.33 Å2
精密化ステップ サイクル : final / 解像度 : 2.5→47.18 Åタンパク質 核酸 リガンド 溶媒 全体 原子数 5048 0 108 209 5365 Biso mean - - 35.36 36.88 - 残基数 - - - - 676
拘束条件 Refine-ID タイプ Dev ideal Dev ideal target 数 X-RAY DIFFRACTION r_bond_refined_d0.013 0.013 5258 X-RAY DIFFRACTION r_bond_other_d0.009 0.017 4978 X-RAY DIFFRACTION r_angle_refined_deg1.928 1.634 7141 X-RAY DIFFRACTION r_angle_other_deg1.421 1.573 11505 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_1_deg7.743 5 671 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_2_deg37.623 21.807 249 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_3_deg21.316 15 820 X-RAY DIFFRACTION r_dihedral_angle_4_deg20.843 15 37 X-RAY DIFFRACTION r_chiral_restr0.083 0.2 687 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_refined0.009 0.02 5921 X-RAY DIFFRACTION r_gen_planes_other0.003 0.02 1064
Refine LS restraints NCS Ens-ID : 1 / 数 : 9618 / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION / タイプ : interatomic distance / Rms dev position : 0.13 Å / Weight position : 0.05
LS精密化 シェル 解像度 : 2.5→2.565 Å / Rfactor Rfree error : 0 / Total num. of bins used : 20 Rfactor 反射数 %反射 Rfree 0.407 139 - Rwork 0.302 2762 - all - 2901 - obs - - 95.84 %
精密化 TLS 手法 : refined / Refine-ID : X-RAY DIFFRACTION
大きな表を表示 (25 x 2) 大きな表を隠す ID L11 (°2 )L12 (°2 )L13 (°2 )L22 (°2 )L23 (°2 )L33 (°2 )S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2 )T12 (Å2 )T13 (Å2 )T22 (Å2 )T23 (Å2 )T33 (Å2 )Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)1 0.5134 0.257 0.1652 0.4306 0.3605 0.5568 0.0419 0.0282 -0.0282 0.0055 -0.0706 -0.0156 -0.0159 -0.2134 0.0287 0.25 0.049 -0.0694 0.4377 -0.1342 0.0566 27.354 -35.82 16.977 2 0.689 0.2116 -0.0847 0.5464 -0.2296 0.5771 0.0966 0.0184 0.0452 -0.0947 -0.0341 -0.0565 0.0217 0.132 -0.0625 0.2461 0.0548 0.0095 0.3593 -0.1482 0.0839 76.115 -25.396 16.17
精密化 TLSグループ ID Refine-ID Refine TLS-ID Auth asym-ID Auth seq-ID 1 X-RAY DIFFRACTION 1 A3 - 355 2 X-RAY DIFFRACTION 1 A400 - 403 3 X-RAY DIFFRACTION 1 A501 - 616 4 X-RAY DIFFRACTION 2 B3 - 354 5 X-RAY DIFFRACTION 2 B400 - 402 6 X-RAY DIFFRACTION 2 B501 - 593