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- PDB-6k8h: Crystal structure of an omega-transaminase from Sphaerobacter the... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6k8h
タイトルCrystal structure of an omega-transaminase from Sphaerobacter thermophilus
要素Aminotransferase class-III
キーワードTRANSFERASE / Transaminase / Thermostability / Transamination
機能・相同性
機能・相同性情報


transaminase activity / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex ...Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PLR / Aminotransferase class-III
類似検索 - 構成要素
生物種Sphaerobacter thermophilus DSM 20745 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Park, H.H. / Kwon, S.
資金援助 韓国, 2件
組織認可番号国
National Research Foundation (Korea)NRF-2017M3A9D8062960 韓国
National Research Foundation (Korea)NRF-2018R1A2B3008541 韓国
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2019
タイトル: Structural insights into the enzyme specificity of a novel omega-transaminase from the thermophilic bacterium Sphaerobacter thermophilus.
著者: Kwon, S. / Lee, J.H. / Kim, C.M. / Ha, H.J. / Lee, S.H. / Lee, C.S. / Jeon, J.H. / So, I. / Park, H.H.
履歴
登録2019年6月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2019年10月9日ID: 5D95
改定 1.02019年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.journal_volume / _citation_author.name
改定 1.22020年3月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aminotransferase class-III
B: Aminotransferase class-III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,8384
ポリマ－97,3722
非ポリマー4662
水18,5731031
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10460 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area28220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.064, 61.246, 185.389
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Aminotransferase class-III / omega-transaminase


分子量: 48685.766 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sphaerobacter thermophilus DSM 20745 (バクテリア)
株: DSM 20745 / S 6022 / 遺伝子: Sthe_0848 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: D1C218
#2: 化合物 ChemComp-PLR / (5-HYDROXY-4,6-DIMETHYLPYRIDIN-3-YL)METHYL DIHYDROGEN PHOSPHATE / 4'-DEOXYPYRIDOXINE PHOSPHATE


分子量: 233.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H12NO5P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1031 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.59 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M sodium acetate (pH 4.8), 1.2 M K2HPO4, 0.9 M NaH2PO4, 40% 2,5-hexanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 63258 / % possible obs: 85.2 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 26.1
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / Rmerge(I) obs: 0.621 / Num. unique obs: 3017

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4AO9

4ao9


解像度: 1.9→29.849 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.5 / 位相誤差: 16.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1938 3133 5.06 %
Rwork0.1556 --
obs0.1576 61941 83.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.849 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6605 0 30 1031 7666
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076783
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9439235
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.452467
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0591021
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071243
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.92970.26371300.22012389X-RAY DIFFRACTION76
1.9297-1.96130.27751300.20282492X-RAY DIFFRACTION78
1.9613-1.99510.26181240.18952479X-RAY DIFFRACTION78
1.9951-2.03140.21641450.17922485X-RAY DIFFRACTION79
2.0314-2.07040.21321350.1722515X-RAY DIFFRACTION79
2.0704-2.11270.18841430.16242490X-RAY DIFFRACTION78
2.1127-2.15860.19521280.1542535X-RAY DIFFRACTION80
2.1586-2.20880.19311300.15012493X-RAY DIFFRACTION79
2.2088-2.2640.20771310.14962501X-RAY DIFFRACTION78
2.264-2.32520.20351180.14792528X-RAY DIFFRACTION79
2.3252-2.39360.20031390.15312504X-RAY DIFFRACTION79
2.3936-2.47090.21051210.15682528X-RAY DIFFRACTION78
2.4709-2.55910.22591340.15852501X-RAY DIFFRACTION78
2.5591-2.66150.20491300.15612531X-RAY DIFFRACTION79
2.6615-2.78260.2191490.16382587X-RAY DIFFRACTION80
2.7826-2.92910.19951470.16372659X-RAY DIFFRACTION83
2.9291-3.11250.17421620.16022800X-RAY DIFFRACTION87
3.1125-3.35250.1911480.15272954X-RAY DIFFRACTION91
3.3525-3.68930.17181600.14143045X-RAY DIFFRACTION93
3.6893-4.22190.16911570.13213143X-RAY DIFFRACTION96
4.2219-5.31430.14621860.13553214X-RAY DIFFRACTION98
5.3143-29.85230.19941860.16483435X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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