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万見
- PDB-6k8g: H/D exchanged Hen egg-white lysozyme -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6k8g
タイトルH/D exchanged Hen egg-white lysozyme
要素Lysozyme C
キーワードHYDROLASE / H/D exchanged protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / extracellular space / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily ...Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / 中性子回折 / NUCLEAR REACTOR / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Kita, A. / Morimoto, Y.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan) 日本
Other privateThe Research Development Program of Kyoto University 日本
Other privateThe Towa Foundation for Food Science & Research 日本
引用ジャーナル: J.Appl.Crystallogr. / 年: 2020
タイトル: Hydrogen/deuterium exchange behavior in tetragonal hen egg-white lysozyme crystals affected by solution state.
著者: Kita, A. / Morimoto, Y.
履歴
登録2019年6月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年4月3日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysozyme C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,3903
ポリマ－14,3311
非ポリマー582
水1,56787
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area240 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area6650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.094, 79.094, 37.828
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-333-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C / Allergen Gal d IV


分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験
手法使用した結晶の数
X線回折1
中性子回折1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: NaCl, sodium acetate-d3, acetic acid-d4, 100% D2O

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
12931N
22931N
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長 (Å)
回転陽極RIGAKU11.54
NUCLEAR REACTORORNL High Flux Isotope Reactor CG4D22.8-4.5
検出器
タイプID検出器日付
RIGAKU1IMAGE PLATE2018年2月13日
MAATEL IMAGINE2IMAGE PLATE2018年9月20日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1CuKaSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2LAUELneutron2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.541
22.81
34.51
反射

Entry-ID: 6K8G

解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)冗長度 (%)Biso Wilson estimate (Å2)Rmerge(I) obsRpim(I) allRrim(I) allDiffraction-IDNet I/σ(I)
2-100805193.325.223.640.0580.0110.059163.5
2-34.12733887.86.40.1630.0590.17425.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allDiffraction-ID% possible all
2-2.07220.11526.25500.0240.118165.7
2-2.115.10.293.19470.1190.315279.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17_3644精密化
PHENIX1.17_3644精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化

SU ML: 0.1571 / R Free selection details: 1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 構造決定の手法: 分子置換 / 位相誤差: 18.7301 / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 開始モデル: 193L

193l

解像度 (Å)Refine-IDBiso mean (Å2)Rfactor RfreeRfactor RworkRfactor obsNum. reflection RfreeNum. reflection obs% reflection Rfree (%)% reflection obs (%)Diffraction-IDσ(F)
2-34.13X-RAY DIFFRACTION23.260.17980.13190.134239780264.9593.4611.44
2-34.12NEUTRON DIFFRACTION0.25540.22516477338587.72
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→34.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数997 0 2 87 1086
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01322388
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.32014071
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1031144
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0152468
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.6318627
NEUTRON DIFFRACTIONf_bond_d0.01322388
NEUTRON DIFFRACTIONf_angle_d1.32014071
NEUTRON DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1031144
NEUTRON DIFFRACTIONf_plane_restr0.0152468
NEUTRON DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.6318627
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.280.16621170.10962263X-RAY DIFFRACTION85.4
2.29-2.880.17341230.14832595X-RAY DIFFRACTION96.14
2.88-34.130.18611570.13032771X-RAY DIFFRACTION98.49

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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