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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6k87 | ||||||
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タイトル | The closed state of RGLG1 VWA domain with MIDAS is occupied by water | ||||||
要素 | E3 ubiquitin-protein ligase RGLG1 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / RGLG1 VWA closed | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of response to water deprivation / positive regulation of abscisic acid-activated signaling pathway / abscisic acid-activated signaling pathway / protein K63-linked ubiquitination / RING-type E3 ubiquitin transferase / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / metal ion binding / 細胞核 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.502 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, Q. / Wu, Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: The closed state of RGLG1 VWA domain with MIDAS is occupied by water 著者: Wang, Q. / Wu, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6k87.cif.gz | 78 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6k87.ent.gz | 55.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6k87.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k8/6k87 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k8/6k87 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33107.102 Da / 分子数: 1 / 変異: E378A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: RGLG1, At3g01650, F4P13.19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9SS90, RING-type E3 ubiquitin transferase |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.94 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 50 mM LiSO4, 50 mM NaSO4, 0.1 M Mes ph 6.5, 30%PEG8k |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: AichiSR / ビームライン: BL2S1 / 波長: 0.978897 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2018年9月21日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.978897 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 39569 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 7.9 % / Biso Wilson estimate: 19.98 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.189 / Rpim(I) all: 0.067 / Rrim(I) all: 0.201 / Χ2: 1.674 / Net I/σ(I): 3.5 / Num. measured all: 313357 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.502→37.978 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.17 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 61.86 Å2 / Biso mean: 23.4102 Å2 / Biso min: 12.26 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.502→37.978 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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