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- PDB-6k5u: Crystal structure of the myb domain of S. pombe Tbf1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6k5u
タイトルCrystal structure of the myb domain of S. pombe Tbf1
要素Telomeric DNA-binding factor trf1
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Telomere binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


chromosome, telomeric repeat region / telomere maintenance via telomere lengthening / double-stranded telomeric DNA binding / telomere maintenance / chromatin / protein homodimerization activity / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Telomere repeat-binding factor, dimerisation domain / Telomere repeat binding factor (TRF) / Myb-type HTH DNA-binding domain profile. / Myb domain / Myb-like DNA-binding domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Telomeric DNA-binding factor trf1
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.079 Å
データ登録者Zhou, Y.Z. / Wang, N.N. / Zhao, Y.C. / Zeng, Z.X.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the myb domain of S. pombe Tbf1
著者: Zhou, Y.Z. / Wang, N.N. / Zhao, Y.C. / Zeng, Z.X.
履歴
登録2019年5月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Telomeric DNA-binding factor trf1
B: Telomeric DNA-binding factor trf1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2322
ポリマ－18,2322
非ポリマー00
水2,144119
1
A: Telomeric DNA-binding factor trf1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,1161
ポリマ－9,1161
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Telomeric DNA-binding factor trf1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,1161
ポリマ－9,1161
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)105.393, 105.393, 41.302
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-546-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Telomeric DNA-binding factor trf1


分子量: 9116.227 Da / 分子数: 2 / 変異: L420M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: trf1, SPBC19G7.13 / Variant: 972 / ATCC 24843 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6E434
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 119 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細L420M is mutated and MET is modified to MSE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.14 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 16% PEG 8000, 40mM Potassium phosphate dibasic, 20% Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97778 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97778 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.079→40 Å / Num. obs: 14514 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 24.7 % / Biso Wilson estimate: 26.39 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.185 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.189 / Χ2: 1.368 / Net I/σ(I): 32.455
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 23.4 % / Rmerge(I) obs: 0.873 / Num. unique obs: 696 / CC1/2: 0.964 / Rpim(I) all: 0.183 / Rrim(I) all: 0.893 / Χ2: 0.494 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.13_2998精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASES位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.079→37.262 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 23.07
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2221 737 5.09 %
Rwork0.1894 --
obs0.1912 14482 99.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 63.07 Å2 / Biso mean: 29.0306 Å2 / Biso min: 13.44 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.079→37.262 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1246 0 0 119 1365
Biso mean---34.29 -
残基数----156
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.079-2.23950.23561260.18192651277798
2.2395-2.46480.23441440.183727072851100
2.4648-2.82130.25651650.203927042869100
2.8213-3.55410.22721380.19827762914100
3.5541-37.2680.20171640.182429073071100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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