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- PDB-6k5p: Structure of mosquito-larvicidal Binary toxin receptor, Cqm1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6k5p
タイトルStructure of mosquito-larvicidal Binary toxin receptor, Cqm1
要素Binary toxin receptor protein
キーワードPROTEIN BINDING / Amylomaltase / GH13_17 subfamily / Receptor for BinAB toxin / Cqm1
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-glucosidase / carbohydrate metabolic process / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Oligo-1,6-glucosidase, domain 2 / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / : / : / alpha-glucosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Culex quinquefasciatus (カ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.805 Å
データ登録者Kumar, V. / Sharma, M.
引用
ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of BinAB toxin receptor (Cqm1) protein and molecular dynamics simulations reveal the role of unique Ca(II) ion.
著者: Sharma, M. / Kumar, V.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2018
タイトル: Mosquito-larvicidal binary toxin receptor protein (Cqm1): crystallization and X-ray crystallographic analysis.
著者: Sharma, M. / Lakshmi, A. / Gupta, G.D. / Kumar, V.
#2: ジャーナル: Insect Biochem. Mol. Biol. / 年: 2018
タイトル: Receptor protein of Lysinibacillus sphaericus mosquito-larvicidal toxin displays amylomaltase activity.
著者: Sharma, M. / Gupta, G.D. / Kumar, V.
履歴
登録2019年5月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / software / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _software.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Binary toxin receptor protein
B: Binary toxin receptor protein
C: Binary toxin receptor protein
D: Binary toxin receptor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)261,22433
ポリマ－258,9804
非ポリマー2,24429
水41,5072304
1
A: Binary toxin receptor protein
B: Binary toxin receptor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,74817
ポリマ－129,4902
非ポリマー1,25915
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Binary toxin receptor protein
D: Binary toxin receptor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,47616
ポリマ－129,4902
非ポリマー98614
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10150 Å2
ΔGint-197 kcal/mol
Surface area74330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.181, 191.486, 205.332
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細Authors state that the protein 6K5P does not exist as tetramer,

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Binary toxin receptor protein


分子量: 64744.902 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Culex quinquefasciatus (カ) / 遺伝子: Cqm1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): Star (D3) / 参照: UniProt: B0X223*PLUS

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非ポリマー , 6種, 2333分子

#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Cd
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2304 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT ...THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT THE TIME OF DEPOSITION. AUTHORS STATE THAT THE GENEBANK ACCESSION NUMBER IS VTO94530.1.1 FOR THE PROTEIN. DNA/PROTEIN SEQUENCE HAS BEEN DEPOSITED THROUGH ENA PROJECT (LR58805.1)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.18 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 5mM CoCl2, 5mM CdCl2, 5mM MgCl2, 5mM NiCl2, 0.1mM HEPES pH 7.5, 12% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2018年10月3日
放射モノクロメーター: Double Crystal Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.805→39.23 Å / Num. obs: 201511 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 7.1 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 1.805→1.9 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.532 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 31009 / CC1/2: 0.929 / Rpim(I) all: 0.318 / Rrim(I) all: 0.621 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータスケーリング
PHASERPHASER-EP位相決定
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3WY1

3wy1


解像度: 1.805→29.828 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.38
詳細: Metal-ligand distance were not restrained. SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS. Data at 1.9A was used for obtaining initial phases by MRSAD method. High ...詳細: Metal-ligand distance were not restrained. SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS. Data at 1.9A was used for obtaining initial phases by MRSAD method. High resolution data acquired at 0.9795A was used for structure refinement.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.227 9858 4.91 %Random Selelction
Rwork0.183 ---
obs0.1851 200966 93.69 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.805→29.828 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17178 0 44 2304 19526
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond0.00617703
X-RAY DIFFRACTIONf_angle0.82124066
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0726389
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0532469
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0063163
LS精密化 シェル解像度: 1.805→1.823 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.95 403 -
Rwork0.1797 --
obs0.1459 6917 1 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -17.6037 Å / Origin y: -1.0327 Å / Origin z: 74.8901 Å
111213212223313233
T0.1267 Å20.0071 Å2-0.0162 Å2-0.1878 Å20.0049 Å2--0.1841 Å2
L0.0588 °20.0008 °2-0.0427 °2-0.2145 °20.1537 °2--0.2722 °2
S-0.0097 Å °-0.0021 Å °-0.0057 Å °0.0399 Å °0.0188 Å °-0.0276 Å °0.0567 Å °-0.0194 Å °-0.0088 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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