PDB-6k5l: The crystal structure of isocitrate dehydrogenase kinase/phosphat...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6k5l

タイトル

The crystal structure of isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase wtih two Mn2+ from E. coli

要素

Isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase

キーワード

HYDROLASE / kinase / phosphatase

機能・相同性

機能・相同性情報

[isocitrate dehydrogenase (NADP+)] kinase / [isocitrate dehydrogenase (NADP+)] kinase activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / glyoxylate cycle / AMP binding / protein serine/threonine phosphatase activity / phosphoprotein phosphatase activity / tricarboxylic acid cycle / glucose metabolic process / manganese ion binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli O157 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.55 Å

データ登録者

Zhang, X. / Lei, Z. / Zheng, J. / Jia, Z.

資金援助

中国,

カナダ, 2件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Characterization of metal binding of bifunctional kinase/phosphatase AceK and implication in activity modulation.
著者: Zhang, X. / Shen, Q. / Lei, Z. / Wang, Q. / Zheng, J. / Jia, Z.

履歴

登録	2019年5月29日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年7月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年3月24日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / citation_author / struct_conn Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6k5l.cif.gz	673.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6k5l.ent.gz	567.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6k5l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6k5l_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6k5l_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	6k5l_validation.xml.gz	42.8 KB	表示
CIF形式データ	6k5l_validation.cif.gz	58.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k5/6k5l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k5/6k5l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3lcbS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3eps-d 3ifr-d 4o7p-d 5jjc-d 1g1y-d 4o7o-d 7429 5jis-d 3f70-d 2gp4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (4) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #24 - 2001年12月グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (4)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#24 - 2001年12月
グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase)
類似性 (1)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase

B: Isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase

ヘテロ分子

137 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	124.484, 124.484, 266.824
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4 #3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4 #4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4 #5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4 #6: -x,-y,z+1/2 #7: y,x,-z #8: -y,-x,-z+1/2

#1: タンパク質	Isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase / IDHK/P 分子量: 67823.555 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O157 (大腸菌) / 遺伝子: aceK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A1Z3UWE5, UniProt: P11071*PLUS, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP 分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₇P / コメント: AMP*YM
#3: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.72 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M MES pH 6.5, 4% PEG8000, 15% Glycerol, 2mM DTT

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.55→30 Å / Num. obs: 100893 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 7.2 % / R_merge(I) obs: 0.09514 / R_rim(I) all: 0.1018 / Net I/σ(I): 23
反射シェル	解像度: 2.55→2.59 Å / Num. unique obs: 4784 / CC_1/2: 0.598 / R_pim(I) all: 0.559

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3LCB

3lcb

解像度: 2.55→29.476 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.13
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I_MINUS AND I_PLUS COLUMNS.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.221	3045	3.02 %
R_work	0.1917	-	-
obs	0.1926	69363	77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.55→29.476 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9251	0	104	172	9527

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	9609
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.047	13038
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.44	5698
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	1378
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1679

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5469-2.5867	0.2846	42	0.2733	1335	X-RAY DIFFRACTION	23
2.5867-2.629	0.3112	73	0.2898	2375	X-RAY DIFFRACTION	41
2.629-2.6743	0.3224	88	0.2947	2837	X-RAY DIFFRACTION	49
2.6743-2.7229	0.3494	91	0.2768	2943	X-RAY DIFFRACTION	51
2.7229-2.7753	0.3035	93	0.2755	3016	X-RAY DIFFRACTION	52
2.7753-2.8319	0.3456	96	0.277	3061	X-RAY DIFFRACTION	53
2.8319-2.8934	0.2557	92	0.2721	3086	X-RAY DIFFRACTION	54
2.8934-2.9607	0.3113	100	0.2619	3267	X-RAY DIFFRACTION	56
2.9607-3.0346	0.235	112	0.2374	3624	X-RAY DIFFRACTION	63
3.0346-3.1166	0.2647	133	0.2187	4177	X-RAY DIFFRACTION	73
3.1166-3.2082	0.2696	159	0.2231	4963	X-RAY DIFFRACTION	86
3.2082-3.3116	0.2893	172	0.2248	5512	X-RAY DIFFRACTION	97
3.3116-3.4298	0.2272	186	0.2029	5773	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4298-3.5669	0.2112	178	0.1918	5819	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5669-3.7289	0.1871	183	0.1811	5746	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7289-3.9251	0.2305	183	0.172	5791	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9251-4.1704	0.2095	175	0.166	5756	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1704-4.4914	0.1609	178	0.1427	5752	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4914-4.9414	0.1602	176	0.1488	5797	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9414-5.6521	0.2281	174	0.1701	5778	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6521-7.1045	0.2174	175	0.2056	5761	X-RAY DIFFRACTION	100
7.1045-29.4779	0.191	186	0.1795	5679	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1937	0.1607	-0.0674	0.1753	-0.1312	0.1448	0.1858	0.0011	0.0698	0.1035	-0.0164	-0.0399	-0.1352	-0.0465	0.2062	0.3185	0.0186	0.0543	0.2745	0.0778	0.2397	51.6572	5.3053	7.6878
2	0.3336	0.2311	0.3193	0.2102	0.1735	0.35	0.1611	0.0996	0.0261	-0.0432	0.0408	0.0343	0.0786	-0.0842	0.2755	0.3269	0.0444	0.0545	0.3254	0.1359	0.1557	38.4044	6.3435	-2.7687
3	0.2878	0.1839	-0.2835	0.3973	-0.3457	0.3341	-0.042	0.1017	-0.0403	-0.2488	-0.0744	-0.1433	0.1088	-0.0383	-0.052	0.3233	0.0646	0.0479	0.2208	0.0185	0.2763	58.8917	-16.5833	3.142
4	0.3775	0.0378	-0.0325	0.6064	-0.3261	0.4168	0.0404	0.0972	-0.0305	0.1561	0.1399	0.0723	0.0011	-0.0024	0.4887	0.2514	-0.0421	-0.0199	0.133	0.0589	0.1998	37.1591	-16.6916	21.4374
5	0.4337	-0.0314	-0.0698	0.0084	0.0078	0.0111	-0.0898	-0.136	-0.2193	0.0975	0.2968	0.0178	-0.0673	0.0435	-0.0385	0.5509	-0.1291	-0.1705	0.3952	0.0936	0.3107	45.8755	-22.2852	44.4617
6	0.0827	-0.0188	-0.0671	0.0358	-0.0224	0.0916	0.1079	-0.2533	-0.1474	0.2024	-0.1625	-0.3483	0.1844	0.3389	-0.0003	0.4713	-0.0264	-0.1378	0.3296	0.0668	0.4244	60.8168	-23.8833	29.0767
7	0.7101	-0.0101	0.3741	0.5791	-0.4243	0.4128	-0.2466	-0.1406	0.0369	0.036	0.184	-0.1745	-0.0941	-0.0771	0.0452	0.3562	-0.0072	-0.0171	0.241	0.0409	0.3017	52.6984	8.8816	61.4442
8	0.5741	-0.1617	-0.0407	0.6765	-0.0028	0.4194	-0.0542	-0.3296	-0.0782	-0.1906	0.1737	-0.0069	-0.0593	-0.0611	0.3096	0.2683	0.0492	0.0251	0.1877	0.1158	0.2991	29.0376	12.6156	49.0713
9	0.1456	0.1193	0.0202	0.1084	-0.0483	0.1953	0.0928	0.0625	0.0253	-0.1182	-0.0428	-0.1906	-0.1135	0.0083	0.0376	0.375	0.0546	0.1229	0.1589	0.0625	0.3452	41.8974	15.9894	31.5519

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 69 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 70 through 110 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 111 through 307 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 308 through 484 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 485 through 528 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 529 through 574 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 4 through 307 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 308 through 451 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 452 through 574 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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