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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6k5g | ||||||
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タイトル | Structural and catalytic analysis of two diverse uridine phosphorylases in the oomycete Phytophthora capsici | ||||||
![]() | Uridine phosphorylase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Phytophthora capsici / uridine phosphorylases / Uridine | ||||||
機能・相同性 | uridine catabolic process / uridine phosphorylase / uridine phosphorylase activity / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily / cytosol / Uridine phosphorylase![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yang, C.C. / Zhang, X.G. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural and catalytic analysis of two diverse uridine phosphorylases in Phytophthora capsici. 著者: Yang, C. / Li, J. / Huang, Z. / Zhang, X. / Gao, X. / Zhu, C. / Morris, P.F. / Zhang, X. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 260.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 207.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33151.461 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: LT1534 / 遺伝子: up / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.34 % |
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結晶化 | 温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 MES monohydrate PH 6.0, 22% PEG 400 / PH範囲: 5.6-6.4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.57→50 Å / Num. obs: 144078 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.4 % / Net I/σ(I): 6.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.57→1.6 Å / Num. unique obs: 5837 / % possible all: 98.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 58.87 Å2 / Biso mean: 18.7019 Å2 / Biso min: 3.9 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.574→47.509 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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