PDB-6k4w: smart chimeric peptide SCP-A6

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6k4w

タイトル

smart chimeric peptide SCP-A6

要素

SCP-A6

キーワード

ANTIBIOTIC / chimeric peptide / lipopolysaccharide / LBP14 / Antibacterial activity / Anti-inflammatory activity / N6

生物種

Arenicola marina (無脊椎動物)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Wang, J.H. / Liu, X.H.

資金援助

中国, 6件

組織	認可番号	国
National Natural Science Foundation of China	31570061	中国
National Natural Science Foundation of China	31772640	中国
National Natural Science Foundation of China	31572444	中国
National Natural Science Foundation of China	31372346	中国
National Natural Science Foundation of China	31672467	中国
National Natural Science Foundation of China	31572445	中国

引用

ジャーナル: Commun Biol / 年: 2020
タイトル: Development of chimeric peptides to facilitate the neutralisation of lipopolysaccharides during bactericidal targeting of multidrug-resistant Escherichia coli.
著者: Wang, Z. / Liu, X. / Mao, R. / Hao, Y. / Yang, N. / Wang, X. / Li, Z. / Wang, X. / Wang, J.

履歴

登録	2019年5月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年6月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年6月14日	Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.3	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6k4w.cif.gz	287.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6k4w.ent.gz	239.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6k4w.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6k4w_validation.pdf.gz	538.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6k4w_full_validation.pdf.gz	762.9 KB	表示
XML形式データ	6k4w_validation.xml.gz	40.5 KB	表示
CIF形式データ	6k4w_validation.cif.gz	41.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k4/6k4w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/k4/6k4w	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6k4vC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1zto-d 6yjl-d 1hn3-d 2klz-d 6zss-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)
その他のデータベース	BMRB: 36255smart chimeric peptide SCP-A6

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: SCP-A6

5.18 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: タンパク質・ペプチド	SCP-A6 分子量: 5178.021 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Arenicola marina (無脊椎動物)

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	2D 1H-1H NOESY
1	2	1	isotropic	1	2D 1H-15N HSQC
1	3	1	isotropic	1	2D 1H-13C HSQC
1	4	1	isotropic	1	2D 1H-1H TOCSY

-
試料調製

詳細	タイプ: solution / 内容: 1.96 mM SCP-A6, 90% H2O/10% D2O / Label: scp-A6 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 1.96 mM / 構成要素: SCP-A6 / Isotopic labeling: natural abundance
試料状態	イオン強度: 0 mM / Label: condition_1 / pH: 3 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Agilent DD2 / 製造業者: Agilent / モデル: DD2 / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
NMRPipe	Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax	解析
CcpNmr Analysis	CCPN	chemical shift assignment
CNS	Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read	structure calculation
ARIA	Linge, O'Donoghue and Nilges	structure calculation

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 3

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-NMR測定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)