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- PDB-6k4f: SiaC of Pseudomonas aeruginosa -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6k4f
タイトルSiaC of Pseudomonas aeruginosa
要素DUF1987 domain-containing protein
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / SiaC / Biofilm
機能・相同性SiaC family regulatory phosphoprotein / SiaC family regulatory phosphoprotein / Biofilm formation regulator SiaD modulator protein SiaC / Uncharacterized protein PA14_02130
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.735 Å
データ登録者Lin, J.Q. / Lescar, J.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2020
タイトル: The SiaABC threonine phosphorylation pathway controls biofilm formation in response to carbon availability in Pseudomonas aeruginosa.
著者: Poh, W.H. / Lin, J. / Colley, B. / Muller, N. / Goh, B.C. / Schleheck, D. / El Sahili, A. / Marquardt, A. / Liang, Y. / Kjelleberg, S. / Lescar, J. / Rice, S.A. / Klebensberger, J.
履歴
登録2019年5月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年11月3日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / database_2
Item: _audit_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
U: DUF1987 domain-containing protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7861
ポリマ－14,7861
非ポリマー00
水97354
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)35.400, 72.800, 95.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11U-227-

HOH

21U-252-

HOH

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要素

#1: タンパク質 DUF1987 domain-containing protein


分子量: 14786.435 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SF file contains Friedel pairs. / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: ALP65_03379, CGU42_29970, DT376_26170, DY979_27175, DZ962_26905, EB236_19545, ECC04_17625, EFK27_14525, EFK68_31140, EGJ96_17530, EQH76_15975, IPC24_23845, IPC3_18980, PA34_000955, PAMH19_0166
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A072ZHB4, UniProt: Q02UQ8*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.94 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M phosphate/citrate, PH4.2, 40% (v/v) PEG 300

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.735→57.96 Å / Num. obs: 13113 / % possible obs: 98.94 % / 冗長度: 8.9 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.09846 / Rpim(I) all: 0.03468 / Net I/σ(I): 12.05
反射 シェル解像度: 1.735→1.797 Å / Rmerge(I) obs: 1.129 / Num. unique obs: 1176 / CC1/2: 0.62 / Rpim(I) all: 0.4561

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_3386: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.735→57.96 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.44
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2348 1228 5.03 %
Rwork0.1972 --
obs0.1991 13099 98.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.735→57.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数971 0 0 54 1025
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008993
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8841345
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d7.986592
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049141
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005179
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7351-1.80450.41831200.39262274X-RAY DIFFRACTION87
1.8045-1.88670.33981370.33482627X-RAY DIFFRACTION100
1.8867-1.98620.35591400.30812587X-RAY DIFFRACTION100
1.9862-2.11060.23971430.22362613X-RAY DIFFRACTION100
2.1106-2.27360.22781350.20322601X-RAY DIFFRACTION100
2.2736-2.50240.22471430.19922658X-RAY DIFFRACTION100
2.5024-2.86450.24991380.1942592X-RAY DIFFRACTION100
2.8645-3.60880.23261350.18012599X-RAY DIFFRACTION100
3.6088-57.99530.20461370.17182628X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 14.7126 Å / Origin y: 16.1319 Å / Origin z: 14.027 Å
111213212223313233
T0.2629 Å2-0.0122 Å20.0155 Å2-0.2613 Å2-0.0062 Å2--0.2538 Å2
L1.6725 °2-0.3333 °2-1.105 °2-0.6598 °20.5282 °2--1.0749 °2
S0.1875 Å °-0.3218 Å °-0.0412 Å °-0.0853 Å °0.009 Å °0.0164 Å °-0.1782 Å °0.0611 Å °-0.0049 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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