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- PDB-6k16: Crystal Structure of Sesquisabinene B Synthase 1 from Santalum album -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6k16
タイトルCrystal Structure of Sesquisabinene B Synthase 1 from Santalum album
要素Sesquisabinene B synthase 1
キーワードLYASE / Terpene synthase / Santalum album / sandalwood oil / Farnesyl Pyrophosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


diterpenoid biosynthetic process / terpene synthase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Terpene cyclase-like 1, C-terminal domain / Terpene cyclases, class 1, plant / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpene synthase, metal-binding domain / Terpene synthase family, metal binding domain / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpene synthase, N-terminal domain superfamily / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Farnesyl Diphosphate Synthase ...Terpene cyclase-like 1, C-terminal domain / Terpene cyclases, class 1, plant / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpene synthase, metal-binding domain / Terpene synthase family, metal binding domain / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpene synthase, N-terminal domain superfamily / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Sesquisabinene B synthase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Santalum album (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Singh, S. / Thulasiram, H.V. / Kulkarni, K.A.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Council of Scientific & Industrial ResearchBSC0124 インド
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2021
タイトル: Dynamic coupling analysis on plant sesquiterpene synthases provides leads for the identification of product specificity determinants
著者: Singh, S. / Thulasiram, H.V. / Sengupta, D. / Kulkarni, K.
履歴
登録2019年5月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sesquisabinene B synthase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,2443
ポリマ－64,1961
非ポリマー492
水86548
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area120 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area21790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)141.059, 85.821, 53.399
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.56, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-734-

HOH

21A-739-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Sesquisabinene B synthase 1


分子量: 64195.555 Da / 分子数: 1 / 変異: G185K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Santalum album (植物) / プラスミド: pOPINSS / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: A0A0A0RDR2
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.54 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2M Magnesium Formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月14日
詳細: Cylindrical and Toridal mirrors with 50nm Pt-coating
放射モノクロメーター: Double Crystal Si111 with LN2 closed loop cooling
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→45.16 Å / Num. obs: 32042 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 40.586 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.063 / Rrim(I) all: 0.095 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 2.2→2.27 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 2760 / CC1/2: 0.781 / Rpim(I) all: 0.52 / Rrim(I) all: 0.775 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSJun 1,2017データ削減
Aimless0.5.21データスケーリング
PHASER2.6.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3N0F

3n0f


解像度: 2.2→36.572 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.28 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2277 2890 9.03 %
Rwork0.1974 --
obs0.2002 32010 99.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→36.572 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4090 0 2 48 4140
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0214189
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6265680
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3181521
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.152624
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006722
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.23610.3441360.30621386X-RAY DIFFRACTION100
2.2361-2.27460.34721350.28761354X-RAY DIFFRACTION100
2.2746-2.3160.31111440.27461394X-RAY DIFFRACTION100
2.316-2.36050.3371290.27311398X-RAY DIFFRACTION100
2.3605-2.40870.27821280.25211390X-RAY DIFFRACTION100
2.4087-2.46110.2821210.24991392X-RAY DIFFRACTION100
2.4611-2.51830.34361490.26781383X-RAY DIFFRACTION100
2.5183-2.58130.27911390.24041388X-RAY DIFFRACTION100
2.5813-2.6510.29141380.24431367X-RAY DIFFRACTION100
2.651-2.7290.23561380.22781372X-RAY DIFFRACTION100
2.729-2.81710.25141390.22451391X-RAY DIFFRACTION100
2.8171-2.91770.25651380.2091373X-RAY DIFFRACTION100
2.9177-3.03450.25651400.20891382X-RAY DIFFRACTION99
3.0345-3.17250.26561400.22021395X-RAY DIFFRACTION99
3.1725-3.33970.23951380.20941387X-RAY DIFFRACTION100
3.3397-3.54880.23591390.19041379X-RAY DIFFRACTION100
3.5488-3.82250.19451390.17211386X-RAY DIFFRACTION99
3.8225-4.20670.18441370.16091373X-RAY DIFFRACTION100
4.2067-4.81420.20711410.16221413X-RAY DIFFRACTION100
4.8142-6.06090.18231400.19051393X-RAY DIFFRACTION100
6.0609-36.5770.17611420.15571424X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -27.5632 Å / Origin y: -15.0276 Å / Origin z: 13.1112 Å
111213212223313233
T0.2696 Å2-0.0164 Å20.0024 Å2-0.2567 Å20.0503 Å2--0.3944 Å2
L2.8242 °21.3856 °21.5341 °2-2.247 °20.8031 °2--2.0812 °2
S-0.1594 Å °0.0815 Å °-0.003 Å °-0.2083 Å °0.1288 Å °0.3288 Å °0.0643 Å °-0.1515 Å °0.0271 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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