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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6k0v | |||||||||
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タイトル | Catalytic domain of GH87 alpha-1,3-glucanase D1069A in complex with tetrasaccharides | |||||||||
![]() | Alpha-1,3-glucanase | |||||||||
![]() | HYDROLASE / GH87 alpha-1 / 3-glucanase / catalytic domain | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Itoh, T. / Intuy, R. / Suyotha, W. / Hayashi, J. / Yano, S. / Makabe, K. / Wakayama, M. / Hibi, T. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural insights into substrate recognition and catalysis by glycoside hydrolase family 87 alpha-1,3-glucanase from Paenibacillus glycanilyticus FH11. 著者: Itoh, T. / Intuy, R. / Suyotha, W. / Hayashi, J. / Yano, S. / Makabe, K. / Wakayama, M. / Hibi, T. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 452.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 366.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.7 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 82.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 116.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 61935.047 Da / 分子数: 4 / 断片: Catalytic domain / 変異: D1069A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: agl / 発現宿主: ![]() |
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-糖 , 3種, 7分子
#2: 多糖 | alpha-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D-glucopyranose #3: 多糖 | alpha-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose | #4: 多糖 | alpha-D-glucopyranose-(1-3)-alpha-D-glucopyranose / alpha-nigerose | |
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-非ポリマー , 3種, 628分子 ![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: 化合物 | ChemComp-SO4 / #6: 化合物 | ChemComp-CA / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.02 % 解説: The entry contains friedel pairs in F_plus/minus columns and I_plus/minus columns |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.5 M (NH4)2SO4, 25% (v/v) glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX225-HS / 検出器: CCD / 日付: 2019年1月31日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.504→46.905 Å / Num. obs: 88523 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.133 / Net I/σ(I): 6.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.504→2.55 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.682 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 4522 / % possible all: 98.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6K0M 解像度: 2.504→46.905 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.99 詳細: The entry contains friedel pairs in F_plus/minus columns and I_plus/minus columns
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 103.8 Å2 / Biso mean: 35.9061 Å2 / Biso min: 13.93 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.504→46.905 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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