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- PDB-6k0b: cryo-EM structure of archaeal Ribonuclease P with mature tRNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6k0b
タイトルcryo-EM structure of archaeal Ribonuclease P with mature tRNA
要素
  • (Ribonuclease P protein component ...) x 4
  • 50S ribosomal protein L7Ae
  • RPR
  • tRNA
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / Ribonuclease P / RNA-protein complex / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease MRP complex / ribonuclease P RNA binding / ribonuclease P complex / ribonuclease P / box C/D sno(s)RNA binding / box C/D methylation guide snoRNP complex / ribonuclease P activity / box C/D snoRNP assembly / tRNA 5'-leader removal / ribosome biogenesis ...ribonuclease MRP complex / ribonuclease P RNA binding / ribonuclease P complex / ribonuclease P / box C/D sno(s)RNA binding / box C/D methylation guide snoRNP complex / ribonuclease P activity / box C/D snoRNP assembly / tRNA 5'-leader removal / ribosome biogenesis / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribonuclease P protein subunit Rnp2, archaea / Ribonuclease P subunit RNP4 / Ribonuclease P, protein component 3, archaeal / Ribonuclease P protein subunit RNP1 / RNase P subunit Pop5/Rpp14/Rnp2-like / RNase P subunit Pop5/Rpp14/Rnp2-like domain superfamily / Rpp14/Pop5 family / RNase P subunit p30 / Ribonuclease P subunit, Rpr2/Snm1/Rpp21 / Ribonuclease P/MRP subunit Rpp29 ...Ribonuclease P protein subunit Rnp2, archaea / Ribonuclease P subunit RNP4 / Ribonuclease P, protein component 3, archaeal / Ribonuclease P protein subunit RNP1 / RNase P subunit Pop5/Rpp14/Rnp2-like / RNase P subunit Pop5/Rpp14/Rnp2-like domain superfamily / Rpp14/Pop5 family / RNase P subunit p30 / Ribonuclease P subunit, Rpr2/Snm1/Rpp21 / Ribonuclease P/MRP subunit Rpp29 / RNase P subunit p30 / RNAse P Rpr2/Rpp21/SNM1 subunit domain / Ribonuclease P protein subunit Rpp29/RNP1 / Ribonuclease P/MRP subunit Rpp29 superfamily / Ribonuclease P/MRP, subunit p29 / A domain found in a protein subunit of human RNase MRP and RNase P ribonucleoprotein complexes and archaeal proteins. / Rof/RNase P-like / Polymerase/histidinol phosphatase-like / Ribosomal protein L7Ae, archaea / Ribosomal protein L7Ae conserved site / Ribosomal protein L7Ae signature. / Ribosomal protein L7Ae/L8/Nhp2 family / : / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / 50S ribosomal protein L30e-like
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Large ribosomal subunit protein eL8 / Ribonuclease P protein component 1 / Ribonuclease P protein component 2 / Ribonuclease P protein component 4 / Ribonuclease P protein component 3
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Wan, F. / Lan, P. / Wu, J. / Lei, M.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Cryo-electron microscopy structure of an archaeal ribonuclease P holoenzyme.
著者: Futang Wan / Qianmin Wang / Jing Tan / Ming Tan / Juan Chen / Shaohua Shi / Pengfei Lan / Jian Wu / Ming Lei /
要旨: Ribonuclease P (RNase P) is an essential ribozyme responsible for tRNA 5' maturation. Here we report the cryo-EM structures of Methanocaldococcus jannaschii (Mja) RNase P holoenzyme alone and in ...Ribonuclease P (RNase P) is an essential ribozyme responsible for tRNA 5' maturation. Here we report the cryo-EM structures of Methanocaldococcus jannaschii (Mja) RNase P holoenzyme alone and in complex with a tRNA substrate at resolutions of 4.6 Å and 4.3 Å, respectively. The structures reveal that the subunits of MjaRNase P are strung together to organize the holoenzyme in a dimeric conformation required for efficient catalysis. The structures also show that archaeal RNase P is a functional chimera of bacterial and eukaryal RNase Ps that possesses bacterial-like two RNA-based anchors and a eukaryal-like protein-aided stabilization mechanism. The 3'-RCCA sequence of tRNA, which is a key recognition element for bacterial RNase P, is dispensable for tRNA recognition by MjaRNase P. The overall organization of MjaRNase P, particularly within the active site, is similar to those of bacterial and eukaryal RNase Ps, suggesting a universal catalytic mechanism for all RNase Ps.
履歴
登録2019年5月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年6月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.name
改定 1.22019年11月6日Group: Data collection / Other / カテゴリ: cell / Item: _cell.Z_PDB
改定 1.32024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
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  • マップデータ: EMDB-9900
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribonuclease P protein component 2
C: Ribonuclease P protein component 3
E: Ribonuclease P protein component 1
G: Ribonuclease P protein component 4
I: 50S ribosomal protein L7Ae
U: tRNA
X: RPR
B: Ribonuclease P protein component 2
D: Ribonuclease P protein component 3
F: Ribonuclease P protein component 1
H: Ribonuclease P protein component 4
J: 50S ribosomal protein L7Ae
V: tRNA
Y: RPR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)385,70416
ポリマ－385,57314
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area46130 Å2
ΔGint-363 kcal/mol
Surface area162150 Å2

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要素

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Ribonuclease P protein component ... , 4種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質 Ribonuclease P protein component 2 / RNase P component 2 / Pop5


分子量: 15972.156 Da / 分子数: 2 / 断片: Pop5 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440) (メタン生成菌)
株: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440
遺伝子: rnp2, MJ0494
Variant: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440
プラスミド: pETDuet / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q57917, ribonuclease P
#2: タンパク質 Ribonuclease P protein component 3 / RNase P component 3 / Rpp30


分子量: 27394.783 Da / 分子数: 2 / 断片: Rpp30 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440) (メタン生成菌)
株: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440
遺伝子: rnp3, MJ1139
Variant: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440
プラスミド: pETDuet / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q58539, ribonuclease P
#3: タンパク質 Ribonuclease P protein component 1 / RNase P component 1 / Rpp29


分子量: 10910.179 Da / 分子数: 2 / 断片: Rpp29 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440) (メタン生成菌)
株: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440
遺伝子: rnp1, MJ0464
Variant: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440
プラスミド: pETDuet / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q57903, ribonuclease P
#4: タンパク質 Ribonuclease P protein component 4 / RNase P component 4 / Rpp21


分子量: 15610.048 Da / 分子数: 2 / 断片: Rpp21 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440) (メタン生成菌)
株: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440
遺伝子: rnp4, MJ0962
Variant: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440
プラスミド: pETDuet / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q58372, ribonuclease P

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RNA鎖 , 2種, 4分子 UVXY

#6: RNA鎖 tRNA


分子量: 26613.838 Da / 分子数: 2 / 断片: tRNA / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: in vitro transcription / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#7: RNA鎖 RPR


分子量: 83581.586 Da / 分子数: 2 / 断片: RPR / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: in vitro transcription
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 4分子 IJ

#5: タンパク質 50S ribosomal protein L7Ae / Ribosomal protein L8e


分子量: 12703.843 Da / 分子数: 2 / 断片: L7Ae / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440) (メタン生成菌)
株: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440
遺伝子: rpl7ae, MJ1203
Variant: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440
プラスミド: pET28A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P54066
#8: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: cryo-EM structure of archaeal Ribonuclease P with mature tRNA
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#7 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 1.32 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 150000 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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