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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6jyw | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the transcription regulator CadR N81M mutant from P. putida in complex with Cadmium(II) and DNA | ||||||
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![]() | TRANSCRIPTION/DNA / CadR / MerR family / cadmium regulator / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Liu, X.C. / Chen, H. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of the transcription regulator CadR N81M mutant from P. putida in complex with Cadmium(II) and DNA 著者: Liu, X.C. / Chen, H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 94.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 67.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6jgxS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 135 / Label seq-ID: 1 - 135
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16688.799 Da / 分子数: 2 / 変異: N81M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: DNA鎖 | | 分子量: 6776.392 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() #3: DNA鎖 | | 分子量: 6727.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() #4: 化合物 | ChemComp-CD / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.35 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: HEPES, sodium citrate tribasic dihydrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.95→30 Å / Num. obs: 17117 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.3 % / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 20.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.95→3.06 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 99.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6JGX 解像度: 2.95→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 14.192 / SU ML: 0.257 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.475 / ESU R Free: 0.32 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 90.174 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.95→30 Å
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拘束条件 |
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