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万見
- PDB-6jy6: Structure of dark-state marine bacterial chloride importer, NM-R3... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jy6
タイトルStructure of dark-state marine bacterial chloride importer, NM-R3, with Pulse laser (ND-1%) at 95K.
要素Chloride pumping rhodopsin
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Photo-excitation / Chloride pump / Retinal
機能・相同性
機能・相同性情報


Bacteriorhodopsin-like protein / Archaeal/bacterial/fungal rhodopsins / Bacteriorhodopsin-like protein / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
OLEIC ACID / RETINAL / Chloride pumping rhodopsin
類似検索 - 構成要素
生物種Nonlabens marinus S1-08 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Yun, J.H. / Ohki, M. / Park, S.Y. / Lee, W.
資金援助 韓国, 2件
組織認可番号国
National Research Foundation (Korea)NRF-2017R1A2B2008483 韓国
National Research Foundation (Korea)NRF-2016R1A6A3A04010213 韓国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2020
タイトル: Pumping mechanism of NM-R3, a light-driven bacterial chloride importer in the rhodopsin family.
著者: Yun, J.H. / Ohki, M. / Park, J.H. / Ishimoto, N. / Sato-Tomita, A. / Lee, W. / Jin, Z. / Tame, J.R.H. / Shibayama, N. / Park, S.Y. / Lee, W.
履歴
登録2019年4月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chloride pumping rhodopsin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,37615
ポリマ－32,9131
非ポリマー3,46214
水1,67593
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4310 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area12260 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)102.584, 48.930, 69.170
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.03, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Chloride pumping rhodopsin


分子量: 32913.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nonlabens marinus S1-08 (バクテリア)
株: S1-08 / 遺伝子: ClR, NMS_1267 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: W8VZW3
#2: 化合物 ChemComp-RET / RETINAL / (7Z,9Z,11Z,13Z)-レチナ-ル


分子量: 284.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.36 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 30% polyethylene glycol dimethyl ether 500, 0.15 M sodium chloride, 0.15M calcium chloride, and 0.1 M MES (pH 6.0) buffer

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→33.9 Å / Num. obs: 28518 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 5.2 % / Net I/σ(I): 18.5
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1839精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ZTK

5ztk


解像度: 1.8→33.875 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.49 / 位相誤差: 18.98
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1999 1459 5.07 %
Rwork0.1672 --
obs0.1689 28518 95.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→33.875 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2072 0 150 93 2315
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042262
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8263036
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.823818
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.029342
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004362
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7962-1.86040.29041410.23982476X-RAY DIFFRACTION87
1.8604-1.93480.22271310.20482623X-RAY DIFFRACTION92
1.9348-2.02290.24471320.18882705X-RAY DIFFRACTION93
2.0229-2.12950.21221620.16042695X-RAY DIFFRACTION95
2.1295-2.26290.19671510.14782735X-RAY DIFFRACTION96
2.2629-2.43760.19231550.15242740X-RAY DIFFRACTION96
2.4376-2.68280.20311620.15152767X-RAY DIFFRACTION97
2.6828-3.07080.2131430.15552818X-RAY DIFFRACTION98
3.0708-3.8680.16431230.16342865X-RAY DIFFRACTION98
3.868-33.88070.18361590.17142920X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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