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- PDB-6jwp: crystal structure of EGOC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jwp
タイトルcrystal structure of EGOC
要素
  • (GTP-binding protein ...) x 2
  • Ego2
  • Protein MEH1
  • Protein SLM4
キーワードPROTEIN TRANSPORT / EGOC / roadblock domain / Gtr1 / TORC1
機能・相同性
機能・相同性情報


MTOR signalling / Gtr1-Gtr2 GTPase complex / Ragulator complex / microautophagy / protein localization to vacuolar membrane / protein localization to vacuole / Amino acids regulate mTORC1 / phosphate ion transport / TORC1 signaling / endocytic recycling ...MTOR signalling / Gtr1-Gtr2 GTPase complex / Ragulator complex / microautophagy / protein localization to vacuolar membrane / protein localization to vacuole / Amino acids regulate mTORC1 / phosphate ion transport / TORC1 signaling / endocytic recycling / vacuolar acidification / fungal-type vacuole membrane / cellular response to nitrogen starvation / regulation of receptor recycling / positive regulation of TOR signaling / transcription by RNA polymerase III / subtelomeric heterochromatin formation / transcription by RNA polymerase I / positive regulation of TORC1 signaling / negative regulation of autophagy / cellular response to starvation / cellular response to amino acid stimulus / late endosome membrane / late endosome / protein transport / cellular response to oxidative stress / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / chromosome, telomeric region / positive regulation of MAPK cascade / membrane raft / GTPase activity / chromatin / GTP binding / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Profilin-like / YNR034W-A-like / YNR034W-A/EGO2 / YNR034W-A/EGO2 superfamily / YNR034W-A-like / GSE/EGO complex subunit Slm4 / Protein SLM4 / Beta-Lactamase - #190 / LAMTOR1/MEH1 / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator ...Profilin-like / YNR034W-A-like / YNR034W-A/EGO2 / YNR034W-A/EGO2 superfamily / YNR034W-A-like / GSE/EGO complex subunit Slm4 / Protein SLM4 / Beta-Lactamase - #190 / LAMTOR1/MEH1 / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator / Late endosomal/lysosomal adaptor and MAPK and MTOR activator / RagA/B / Gtr1/RagA G protein / RagC/D / Gtr1/RagA G protein conserved region / Beta-Lactamase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Protein SLM4 / GTP-binding protein GTR2 / GTP-binding protein GTR1 / Protein MEH1 / Protein EGO2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Zhang, T. / Ding, J.
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2019
タイトル: Structural insights into the EGO-TC-mediated membrane tethering of the TORC1-regulatory Rag GTPases.
著者: Zhang, T. / Peli-Gulli, M.P. / Zhang, Z. / Tang, X. / Ye, J. / De Virgilio, C. / Ding, J.
履歴
登録2019年4月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GTP-binding protein GTR1
B: GTP-binding protein GTR2
C: Protein MEH1
D: Ego2
E: Protein SLM4
F: GTP-binding protein GTR1
G: GTP-binding protein GTR2
H: Protein MEH1
I: Ego2
J: Protein SLM4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)233,95616
ポリマ－232,31610
非ポリマー1,6406
水00
1
A: GTP-binding protein GTR1
B: GTP-binding protein GTR2
C: Protein MEH1
D: Ego2
E: Protein SLM4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)117,2519
ポリマ－116,1585
非ポリマー1,0934
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15200 Å2
ΔGint-128 kcal/mol
Surface area39330 Å2
手法PISA
2
F: GTP-binding protein GTR1
G: GTP-binding protein GTR2
H: Protein MEH1
I: Ego2
J: Protein SLM4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,7057
ポリマ－116,1585
非ポリマー5472
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14470 Å2
ΔGint-112 kcal/mol
Surface area36650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.675, 120.547, 323.274
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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GTP-binding protein ... , 2種, 4分子 AFBG

#1: タンパク質 GTP-binding protein GTR1


分子量: 36117.691 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 遺伝子: GTR1 / プラスミド: pETDuet / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q00582
#2: タンパク質 GTP-binding protein GTR2


分子量: 39092.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 遺伝子: GTR2 / プラスミド: pACYCDuet / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P53290

-
タンパク質 , 3種, 6分子 CHDIEJ

#3: タンパク質 Protein MEH1 / EGO complex subunit 1 / GSE complex subunit 2


分子量: 14471.137 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / プラスミド: pACYCDuet / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q02205
#4: タンパク質 Ego2


分子量: 8104.935 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 遺伝子: Gtr2 / プラスミド: pETDuet / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q3E830
#5: タンパク質 Protein SLM4 / EGO complex subunit 3 / GSE complex subunit 1


分子量: 18371.877 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 遺伝子: EGO3 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P38247

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非ポリマー , 2種, 6分子

#6: 化合物 ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p


分子量: 522.196 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.09 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100mM HEPES (pH 7.5), 200mM NaCl, and 12%(w/v) PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→49.24 Å / Num. obs: 36895 / % possible obs: 68.9 % / 冗長度: 7.7 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.173 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 3.2→3.38 Å / Rmerge(I) obs: 1.679 / Num. unique obs: 1853 / CC1/2: 0.461

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3R7W

3r7w


解像度: 3.2→49.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.901 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.841 / SU B: 70.207 / SU ML: 0.498 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.645 / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2854 1863 5.1 %RANDOM
Rwork0.2301 ---
obs0.2329 35028 68.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 195.98 Å2 / Biso mean: 70.248 Å2 / Biso min: 23.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.94 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.44 Å20 Å2
3---1.38 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.2→49.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13043 0 99 0 13142
Biso mean--73.08 --
残基数----1671
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0030.01213330
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0441.62517996
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2151635
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.59724.475619
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg22.15152418
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4481542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.21837
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.029702
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.291313255
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.283 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.565 40 -
Rwork0.41 725 -
all-765 -
obs--19.52 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0734-0.0120.0350.09270.08010.09880.0148-0.0067-0.00540.0318-0.01390.00790.0405-0.0156-0.00090.052-0.0070.00410.02550.00330.009633.658121.26527.708
20.03990.0131-0.02360.0072-0.00860.0144-0.0074-0.0077-0.0085-0.00120.0033-0.00020.00530.00490.00410.0454-0.00070.00310.0327-0.0040.008964.247142.19221.897
30.0709-0.0445-0.00330.04210.0490.1650.00760.00870.0267-0.00360.0031-0.0174-0.00510.029-0.01070.036-0.0007-0.00010.0310.00830.019459.912153.7769.458
40.11480.0663-0.00070.0867-0.11890.2937-0.00870.0012-0.0005-0.00360.00750.0024-0.01510.00120.00120.03620.0001-0.00230.03080.00040.013155.823156.94794.175
50.032-0.02520.03110.0543-0.05920.06560.00670.00840.001-0.0151-0.0030.00380.01270.0046-0.00370.0414-0.00170.00210.0329-0.00020.008948.984143.04570.892
60.00970.02540.01940.0990.1070.1504-0.00620.00040.0075-0.0099-0.00960.0273-0.0111-0.01320.01580.0384-0.00090.00190.0343-0.00390.018618.425118.354-21.91
70.35670.15340.01810.25470.08560.03330.0183-0.0244-0.01280.04780.0013-0.05340.01570.0005-0.01960.04350.0036-0.00630.0340.00120.01947.321105.141-38.702
80.08960.02120.06470.01120.01450.04690.00270.0203-0.0002-0.0104-0.0022-0.00440.00430.0158-0.00050.03560.00410.00050.03170.00090.010432.72884.579-66.066
90.04870.0225-0.09820.03250.00430.3170.01060.0079-0.00780.00550.0101-0.0175-0.00630.0104-0.02070.03280.0149-0.00690.0342-0.01930.016517.37272.773-86.275
100.05490.05380.02070.05960.02420.01140.00040.0063-0.00340.0096-0.00220.00420.00530.00440.00180.0380.0021-0.00010.0356-0.00840.011218.69890.248-64.444
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A8 - 309
2X-RAY DIFFRACTION1A401 - 402
3X-RAY DIFFRACTION2B10 - 325
4X-RAY DIFFRACTION2B401 - 402
5X-RAY DIFFRACTION3C43 - 184
6X-RAY DIFFRACTION4D8 - 74
7X-RAY DIFFRACTION5E2 - 162
8X-RAY DIFFRACTION6F4 - 309
9X-RAY DIFFRACTION6F401 - 402
10X-RAY DIFFRACTION7G6 - 327
11X-RAY DIFFRACTION8H43 - 184
12X-RAY DIFFRACTION9I10 - 74
13X-RAY DIFFRACTION10J2 - 162

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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