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万見
- PDB-6juv: Crytsal structure of ScpB derived from Pyrococcus yayanosii -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6juv
タイトルCrytsal structure of ScpB derived from Pyrococcus yayanosii
要素Segregation and condensation protein B
キーワードCELL CYCLE / cytosolic protein / condensin / kite
機能・相同性Chromosome segregation/condensation protein ScpB / Segregation and condensation complex subunit ScpB / chromosome separation / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / cell division / Segregation and condensation protein B
機能・相同性情報
生物種Pyrococcus yayanosii CH1 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.043 Å
データ登録者Jeon, J.-H. / Lee, H. / Oh, B.-H.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (Korea)NRF-2018R1A2B3004764 韓国
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2020
タイトル: Archaeal Smc-based condensin lacking kite subunits
著者: Jeon, J.-H. / Lee, H.-S. / Shin, H.-C. / Kwak, M.-J. / Kim, Y.-K. / Gruber, S. / Oh, B.-H.
履歴
登録2019年4月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Segregation and condensation protein B
B: Segregation and condensation protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6893
ポリマ－45,6542
非ポリマー351
水1629
1
A: Segregation and condensation protein B

A: Segregation and condensation protein B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6542
ポリマ－45,6542
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_554y,x,-z-1/41
Buried area3490 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area21370 Å2
手法PISA
2
B: Segregation and condensation protein B
ヘテロ分子

B: Segregation and condensation protein B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7254
ポリマ－45,6542
非ポリマー712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_455-x-1,y,-z1
Buried area3620 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area18800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.300, 92.300, 111.817
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number91
Space group name H-MP4122

-
要素

#1: タンパク質 Segregation and condensation protein B


分子量: 22826.873 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus yayanosii CH1 (古細菌) / 遺伝子: PYCH_12850 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: F8AFC4
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.2 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 35% (v/v) pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH), 0.1M MES (pH 5.5), 0.4M sodium chloride

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
11001N
21001N
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPAL/PLS 5C (4A)10.9794
シンクロトロンPAL/PLS 11C20.9794
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 315r1CCD2018年7月24日
DECTRIS PILATUS3 6M2PIXEL2018年10月22日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97941
20.97941
反射解像度: 3.04→92.3 Å / Num. obs: 9802 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 113.1 % / Biso Wilson estimate: 67.01 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.171 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.172 / Χ2: 0.91 / Net I/av σ(I): 34.3 / Net I/σ(I): 34.3
反射 シェル解像度: 3.04→3.25 Å / 冗長度: 118.9 % / Rmerge(I) obs: 0.386 / Mean I/σ(I) obs: 20.2 / Num. unique obs: 1721 / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.387 / Χ2: 0.71 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
MOSFLMデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHENIX1.10.1_2155位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.043→92.3 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.87
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2649 978 10.01 %
Rwork0.2357 --
obs0.2387 9775 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 154.05 Å2 / Biso mean: 58.3248 Å2 / Biso min: 13.72 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.043→92.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2956 0 1 9 2966
Biso mean--68.96 36.91 -
残基数----379
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023004
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4954051
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.035469
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003508
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8751865
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
3.0434-3.20380.37131360.310212221358
3.2038-3.40460.34891350.283512201355
3.4046-3.66740.29931380.261812371375
3.6674-4.03650.25491370.231412351372
4.0365-4.62060.2471380.214412501388
4.6206-5.82130.25181420.22112681410
5.8213-92.34230.23131520.219313651517

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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