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- PDB-6jsj: Structural analysis of a trimeric assembly of the mitochondrial d... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jsj
タイトルStructural analysis of a trimeric assembly of the mitochondrial dynamin-like GTPase Mgm1
要素Dynamin-like GTPase MGM1, mitochondrial
キーワードHYDROLASE / Mitochondria / Fusion / Mgm1
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial inner boundary membrane / Regulation of Apoptosis / mitochondrial outer membrane fusion / membrane bending / mitochondrion inheritance / mitochondrial inner membrane fusion / membrane tubulation / membrane bending activity / GTPase-dependent fusogenic activity / heme transport ...mitochondrial inner boundary membrane / Regulation of Apoptosis / mitochondrial outer membrane fusion / membrane bending / mitochondrion inheritance / mitochondrial inner membrane fusion / membrane tubulation / membrane bending activity / GTPase-dependent fusogenic activity / heme transport / dynamin GTPase / cristae formation / phosphatidic acid binding / : / cardiolipin binding / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding / mitochondrial membrane organization / mitochondrial fusion / phosphatidylserine binding / mitochondrial crista / mitochondrion organization / receptor internalization / mitochondrial intermembrane space / microtubule binding / mitochondrial outer membrane / microtubule / mitochondrial inner membrane / GTPase activity / GTP binding / mitochondrion / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Dynamin-like GTPase MGM1-like, lipid interacting stalk / Dynamin, GTPase region, conserved site / Dynamin-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / GTPase effector domain / GED domain profile. / Dynamin, GTPase domain / Dynamin, GTPase / Dynamin / Dynamin-type guanine nucleotide-binding (G) domain ...: / Dynamin-like GTPase MGM1-like, lipid interacting stalk / Dynamin, GTPase region, conserved site / Dynamin-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / GTPase effector domain / GED domain profile. / Dynamin, GTPase domain / Dynamin, GTPase / Dynamin / Dynamin-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Dynamin-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Dynamin, N-terminal / Dynamin family / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / IODIDE ION / Dynamin-like GTPase MGM1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Yan, L. / Li, L.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2017YFC0840302 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31700659 中国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Structural analysis of a trimeric assembly of the mitochondrial dynamin-like GTPase Mgm1.
著者: Yan, L. / Qi, Y. / Ricketson, D. / Li, L. / Subramanian, K. / Zhao, J. / Yu, C. / Wu, L. / Sarsam, R. / Wong, M. / Lou, Z. / Rao, Z. / Nunnari, J. / Hu, J.
履歴
登録2019年4月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年3月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dynamin-like GTPase MGM1, mitochondrial
B: Dynamin-like GTPase MGM1, mitochondrial
C: Dynamin-like GTPase MGM1, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)241,70431
ポリマ－237,2023
非ポリマー4,50228
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15360 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area89590 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)152.940, 152.940, 236.150
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Dynamin-like GTPase MGM1, mitochondrial / Mitochondrial genome maintenance protein 1


分子量: 79067.180 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 遺伝子: MGM1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32266
#2: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物...
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.74 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100mM potassium iodide, 8% PEG3350, 250mM NaCl, 10mM Tris (pH 8.0), 2mM magnesium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 46877 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 18 % / Biso Wilson estimate: 125.97 Å2 / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 18.07
反射 シェル解像度: 3.2→3.32 Å / Num. unique obs: 3404 / CC1/2: 0.815

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXv1.0精密化
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.2→49.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.877 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.541
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.306 2292 4.89 %RANDOM
Rwork0.243 ---
obs0.246 46876 100 %-
原子変位パラメータBiso max: 300 Å2 / Biso mean: 135.73 Å2 / Biso min: 20 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--13.6426 Å20 Å20 Å2
2---13.6426 Å20 Å2
3---27.2852 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.54 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.2→49.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14973 0 109 0 15082
Biso mean--179.91 --
残基数----1868
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.28 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2723 155 4.56 %
Rwork0.2476 3245 -
all0.2487 3400 -
obs--99.91 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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