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- PDB-6jof: Crystal structure of TrmD from Mycobacterium tuberculosis in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jof
タイトルCrystal structure of TrmD from Mycobacterium tuberculosis in complex with active-site inhibitor
要素tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE/INHIBITOR / tRNA methyltransferase / TRANSFERASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA N1-guanine methylation / tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase / tRNA (guanine(37)-N1)-methyltransferase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
tRNA(m1g37)methyltransferase, domain 2 / Trp Operon Repressor; Chain A / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, bacteria / tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase, C-terminal domain superfamily / tRNA methyltransferase TRMD/TRM10-type domain / tRNA (Guanine-1)-methyltransferase / SPOUT methyltransferase, trefoil knot domain / Alpha/beta knot / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal / Alpha/beta knot methyltransferases ...tRNA(m1g37)methyltransferase, domain 2 / Trp Operon Repressor; Chain A / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, bacteria / tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase, C-terminal domain superfamily / tRNA methyltransferase TRMD/TRM10-type domain / tRNA (Guanine-1)-methyltransferase / SPOUT methyltransferase, trefoil knot domain / Alpha/beta knot / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal / Alpha/beta knot methyltransferases / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BWR / tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Zhong, W. / Pasunooti, K.K. / Balamkundu, S. / Wong, Y.W. / Nah, Q. / Liu, C.F. / Lescar, J. / Dedon, P.C.
資金援助 シンガポール, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (Singapore) シンガポール
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2019
タイトル: Thienopyrimidinone Derivatives That Inhibit Bacterial tRNA (Guanine37-N1)-Methyltransferase (TrmD) by Restructuring the Active Site with a Tyrosine-Flipping Mechanism.
著者: Zhong, W. / Pasunooti, K.K. / Balamkundu, S. / Wong, Y.H. / Nah, Q. / Gadi, V. / Gnanakalai, S. / Chionh, Y.H. / McBee, M.E. / Gopal, P. / Lim, S.H. / Olivier, N. / Buurman, E.T. / Dick, T. / ...著者: Zhong, W. / Pasunooti, K.K. / Balamkundu, S. / Wong, Y.H. / Nah, Q. / Gadi, V. / Gnanakalai, S. / Chionh, Y.H. / McBee, M.E. / Gopal, P. / Lim, S.H. / Olivier, N. / Buurman, E.T. / Dick, T. / Liu, C.F. / Lescar, J. / Dedon, P.C.
履歴
登録2019年3月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年9月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5682
ポリマ－26,1701
非ポリマー3971
水1,45981
1
A: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase
ヘテロ分子

A: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,1364
ポリマ－52,3412
非ポリマー7952
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area7220 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area18290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.070, 51.380, 57.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.19, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase


分子量: 26170.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: trmD / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P9WFY7, tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-BWR / ~{N}-[[4-[(4-azanylpiperidin-1-yl)methyl]phenyl]methyl]-4-oxidanylidene-3~{H}-thieno[2,3-d]pyrimidine-5-carboxamide


分子量: 397.494 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H23N5O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM Bis-Tris at pH 6.5, 20% (w/v) PEG3350, 0.1 M ammonium acetate, the crystal was soaked with 1mM inhibitor.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2018年10月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→42.03 Å / Num. obs: 10831 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 29.69 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rrim(I) all: 0.065 / Net I/σ(I): 18.9
反射 シェル解像度: 2.2→2.27 Å / Rmerge(I) obs: 0.17 / Mean I/σ(I) obs: 6.7 / Num. unique obs: 917 / CC1/2: 0.945 / Rrim(I) all: 0.229 / % possible all: 94.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5ZHJ

5zhj


解像度: 2.2→42.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.861 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.833 / SU R Cruickshank DPI: 0.318 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.323 / SU Rfree Blow DPI: 0.229 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.231
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 482 4.46 %RANDOM
Rwork0.218 ---
obs0.22 10818 97.8 %-
原子変位パラメータBiso mean: 27.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.5343 Å20 Å27.6884 Å2
2--2.2229 Å20 Å2
3---3.3114 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.35 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.2→42.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1597 0 28 81 1706
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011677HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.042286HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d576SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes35HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes250HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1677HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.71
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion18.58
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion211SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1960SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.46 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 146 4.81 %
Rwork0.217 2892 -
all0.22 3038 -
obs--97.28 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.98410.1587-0.25610.8614-0.15660.84370.01090.01230.0637-0.0107-0.0686-0.0336-0.09740.00970.0577-0.09320.00670.1373-0.00420.0162-0.027512.591124.0057-3.9856
22.1436-0.5195-0.9471.36350.2595-0.0063-0.03950.0178-0.09360.10840.0995-0.08660.0346-0.0158-0.0599-0.07540.01460.16230.03980.0449-0.0392-13.87659.262519.7937
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|1 - A|158 }A1 - 158
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|179 - A|226 }A179 - 226

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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