PDB-6jml: Re-refined structure of R-state L-lactate dehydrogenase fromLacto...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6jml

タイトル

Re-refined structure of R-state L-lactate dehydrogenase fromLactobacillus casei

要素

L-lactate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / ROSSMANN FOLD / GLYCOLYSIS

機能・相同性

機能・相同性情報

L-lactate dehydrogenase / L-lactate dehydrogenase (NAD+) activity / lactate metabolic process / glycolytic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Lactobacillus casei (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Arai, K. / Miyanaga, A. / Uchikoba, H. / Fushinobu, S. / Taguchi, H.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of penta mutant of L-lactate dehydrogenase from Lactobacillus casei
著者: Arai, K. / Miyanaga, A. / Uchikoba, H. / Fushinobu, S. / Taguchi, H.

履歴

登録	2019年3月12日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年5月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6jml.cif.gz	713.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6jml.ent.gz	597.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6jml.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6jml_validation.pdf.gz	490.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6jml_full_validation.pdf.gz	508.3 KB	表示
XML形式データ	6jml_validation.xml.gz	63.1 KB	表示
CIF形式データ	6jml_validation.cif.gz	88.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jm/6jml ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jm/6jml	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6j9sC 6j9tC 6j9uC 2zqzS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6j9s-2 6j9t-1 6j9u-1 2zqz-1 6j9u-2 1u5a-1 7by8-d 6jt9-d 6bb1-2 5hs4-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (10) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (6) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (10)

登録構造単位

A: L-lactate dehydrogenase

B: L-lactate dehydrogenase

C: L-lactate dehydrogenase

D: L-lactate dehydrogenase

E: L-lactate dehydrogenase

F: L-lactate dehydrogenase

ヘテロ分子

215 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: L-lactate dehydrogenase

B: L-lactate dehydrogenase

ヘテロ分子

A: L-lactate dehydrogenase

B: L-lactate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
143 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: L-lactate dehydrogenase

D: L-lactate dehydrogenase

E: L-lactate dehydrogenase

F: L-lactate dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
143 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	164.382, 82.893, 179.771
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.21, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ILE / Beg label comp-ID: ILE / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	PHE	PHE	A	A	4 - 317	4 - 317
2	1	PHE	PHE	B	B	4 - 317	4 - 317
1	2	LEU	LEU	A	A	4 - 313	4 - 313
2	2	LEU	LEU	C	C	4 - 313	4 - 313
1	3	ALA	ALA	A	A	4 - 316	4 - 316
2	3	ALA	ALA	D	D	4 - 316	4 - 316
1	4	PHE	PHE	A	A	4 - 317	4 - 317
2	4	PHE	PHE	E	E	4 - 317	4 - 317
1	5	PHE	PHE	A	A	4 - 317	4 - 317
2	5	PHE	PHE	F	F	4 - 317	4 - 317
1	6	LEU	LEU	B	B	4 - 313	4 - 313
2	6	LEU	LEU	C	C	4 - 313	4 - 313
1	7	ALA	ALA	B	B	4 - 316	4 - 316
2	7	ALA	ALA	D	D	4 - 316	4 - 316
1	8	ALA	ALA	B	B	4 - 316	4 - 316
2	8	ALA	ALA	E	E	4 - 316	4 - 316
1	9	ALA	ALA	B	B	4 - 318	4 - 318
2	9	ALA	ALA	F	F	4 - 318	4 - 318
1	10	LEU	LEU	C	C	4 - 313	4 - 313
2	10	LEU	LEU	D	D	4 - 313	4 - 313
1	11	LEU	LEU	C	C	4 - 313	4 - 313
2	11	LEU	LEU	E	E	4 - 313	4 - 313
1	12	LEU	LEU	C	C	4 - 313	4 - 313
2	12	LEU	LEU	F	F	4 - 313	4 - 313
1	13	ALA	ALA	D	D	4 - 316	4 - 316
2	13	ALA	ALA	E	E	4 - 316	4 - 316
1	14	ALA	ALA	D	D	4 - 316	4 - 316
2	14	ALA	ALA	F	F	4 - 316	4 - 316
1	15	ALA	ALA	E	E	4 - 316	4 - 316
2	15	ALA	ALA	F	F	4 - 316	4 - 316

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: タンパク質	L-lactate dehydrogenase / L-LDH 分子量: 35570.449 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lactobacillus casei (バクテリア) 遺伝子: ldh / プラスミド: PLCEX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): MV1184 / 参照: UniProt: P00343, L-lactate dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 263 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.02 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.4 詳細: ammonium sulfate, sodium citrate, potassium sodium tartrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-6A / 波長: 0.978 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年5月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→34.1 Å / Num. obs: 168255 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 2.6 % / B_iso Wilson estimate: 36.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 7.1
反射シェル	解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.509 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique obs: 7480 / % possible all: 93.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2ZQZ

2zqz

解像度: 2.3→34.1 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 14.79 / SU ML: 0.157 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.261 / ESU R Free: 0.196 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22166	5411	5 %	RANDOM
R_work	0.19396	-	-	-
obs	0.19535	102055	99.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.718 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.93 Å²	0 Å²	0.48 Å²
2-	-	0.83 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.3→34.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14212	0	60	263	14535

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	14513
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	13788
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.747	1.629	19692
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.429	1.58	32011
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.472	5	1843
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.293	24.343	647
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.729	15	2511
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.715	15	47
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	1992
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	16080
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2745
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.952	2.493	7402
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.95	2.493	7401
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.902	3.728	9235
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.902	3.728	9236
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.543	2.809	7111
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.541	2.809	7104
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.927	4.083	10446
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.072	29.761	16053
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.066	29.755	16044
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	10068	0.05
1	2	B	10068	0.05
2	1	A	9669	0.05
2	2	C	9669	0.05
3	1	A	9895	0.05
3	2	D	9895	0.05
4	1	A	10045	0.05
4	2	E	10045	0.05
5	1	A	10100	0.05
5	2	F	10100	0.05
6	1	B	9613	0.06
6	2	C	9613	0.06
7	1	B	9835	0.05
7	2	D	9835	0.05
8	1	B	10164	0.06
8	2	E	10164	0.06
9	1	B	10285	0.05
9	2	F	10285	0.05
10	1	C	9459	0.06
10	2	D	9459	0.06
11	1	C	9620	0.06
11	2	E	9620	0.06
12	1	C	9632	0.06
12	2	F	9632	0.06
13	1	D	9817	0.06
13	2	E	9817	0.06
14	1	D	9846	0.05
14	2	F	9846	0.05
15	1	E	10162	0.06
15	2	F	10162	0.06

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.326	386	-
R_work	0.264	7493	-
obs	-	-	99.99 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0725	0.0107	-0.5365	0.3228	-0.1976	1.2629	-0.0625	-0.2638	0.2847	-0.0273	0.07	-0.0518	-0.0661	0.3676	-0.0076	0.2632	-0.0218	-0.0321	0.2044	-0.0599	0.1231	20.576	10.832	3.671
2	1.1968	-0.2514	-0.6799	0.5241	-0.2624	1.4963	-0.3078	0.2286	-0.0369	-0.091	0.1035	-0.0616	0.3571	-0.1676	0.2043	0.4227	-0.1391	0.0703	0.1688	-0.0176	0.0344	5.351	-8.75	-20.495
3	0.8646	-0.1248	-0.3533	0.4489	0.2694	1.271	0.0141	-0.1123	-0.0594	0.0733	0.0312	0.0159	0.503	-0.1481	-0.0453	0.4975	-0.0971	-0.0286	0.1836	0.0473	0.0144	38.259	-9.523	125.068
4	0.6689	-0.0123	0.3538	1.0268	0.0815	1.4035	0.0258	-0.0324	0.2093	-0.1054	0.0992	-0.2379	-0.0458	0.3291	-0.125	0.202	-0.0278	0.0645	0.2175	-0.0687	0.1654	62.913	22.281	117.43
5	0.4993	-0.1207	0.2859	0.6316	0.239	1.3633	0.0993	-0.0283	0.0991	-0.1719	-0.0742	0.0532	0.088	-0.1895	-0.0251	0.3034	0.0018	-0.0223	0.195	0.047	0.0578	32.227	12.782	99.854
6	0.6814	0.0872	0.2684	0.6386	0.3706	1.3849	0.0276	-0.3298	0.2486	0.0448	-0.0557	0.0182	0.0894	-0.2839	0.0281	0.2018	-0.0133	0.0399	0.3687	-0.1133	0.1004	37.45	22.603	140.849

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 317
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	401 - 402
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	501 - 544
4	X-RAY DIFFRACTION	1	B	548
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	4 - 318
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	401 - 402
7	X-RAY DIFFRACTION	3	C	4 - 313
8	X-RAY DIFFRACTION	3	C	401 - 402
9	X-RAY DIFFRACTION	3	C	501 - 539
10	X-RAY DIFFRACTION	3	D	532
11	X-RAY DIFFRACTION	3	E	529 - 545
12	X-RAY DIFFRACTION	3	F	540
13	X-RAY DIFFRACTION	4	D	4 - 316
14	X-RAY DIFFRACTION	4	D	401 - 402
15	X-RAY DIFFRACTION	4	F	511
16	X-RAY DIFFRACTION	5	E	4 - 317
17	X-RAY DIFFRACTION	5	E	401 - 402
18	X-RAY DIFFRACTION	5	F	517
19	X-RAY DIFFRACTION	6	F	4 - 318
20	X-RAY DIFFRACTION	6	F	401 - 402
21	X-RAY DIFFRACTION	6	D	536

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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