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万見
- PDB-6jls: Crystal Structure of FMN-dependent Cysteine Decarboxylases TvaF f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jls
タイトルCrystal Structure of FMN-dependent Cysteine Decarboxylases TvaF from Thioviridamide Biosynthesis
要素Putative flavoprotein decarboxylase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / FMN-dependent
機能・相同性phosphopantothenoylcysteine decarboxylase complex / phosphopantothenoylcysteine decarboxylase activity / Flavoprotein / Flavin prenyltransferase-like / Flavoprotein / coenzyme A biosynthetic process / FMN binding / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Phosphopantothenoylcysteine decarboxylase
機能・相同性情報
生物種Streptomyces olivoviridis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.24 Å
データ登録者Li, J. / Lu, J. / Wang, H. / Zhu, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (China) 中国
引用ジャーナル: Org.Lett. / 年: 2019
タイトル: Characterization of the FMN-Dependent Cysteine Decarboxylase from Thioviridamide Biosynthesis.
著者: Lu, J. / Li, J. / Wu, Y. / Fang, X. / Zhu, J. / Wang, H.
履歴
登録2019年3月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年6月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative flavoprotein decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8612
ポリマ－20,4041
非ポリマー4561
水1,11762
1
A: Putative flavoprotein decarboxylase
ヘテロ分子
x 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)250,32624
ポリマ－244,85012
非ポリマー5,47612
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation27_555-x+1/2,y,-z+1/21
crystal symmetry operation32_555-z+1/2,x,-y+1/21
crystal symmetry operation34_555-y+1/2,z,-x+1/21
crystal symmetry operation50_555-x+1/2,-y+1/2,z1
crystal symmetry operation55_555-z+1/2,-x+1/2,y1
crystal symmetry operation60_555-y+1/2,-z+1/2,x1
crystal symmetry operation76_555x,-y+1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation78_555z,-x+1/2,-y+1/21
crystal symmetry operation83_555y,-z+1/2,-x+1/21
Buried area34000 Å2
ΔGint-268 kcal/mol
Surface area64220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)216.915, 216.915, 216.915
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number210
Space group name H-MF4132
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-602-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Putative flavoprotein decarboxylase


分子量: 20404.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces olivoviridis (バクテリア)
遺伝子: tvaF / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: T2HUM4
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 62 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.51 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Two micro liters of protein solution containing 7 mg/ml Tvaf in 20 mM Tris, pH 8.0, 50 mM NaCl, was mixed with 2 micro liters of well solution containing 0.1 M Sodium chloride, 0.1M Bicine pH ...詳細: Two micro liters of protein solution containing 7 mg/ml Tvaf in 20 mM Tris, pH 8.0, 50 mM NaCl, was mixed with 2 micro liters of well solution containing 0.1 M Sodium chloride, 0.1M Bicine pH 9.0, and 30% PEG 500 MME (vol/vol). The crystallization drop was incubated against 100 micro liters of well solution.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.24→76.691 Å / Num. obs: 21611 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 29.8 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 2.24→2.31 Å / Num. unique obs: 1937 / CC1/2: 0.395

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3235: ???)精密化
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1G63

1g63


解像度: 2.24→76.691 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 23.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2315 1124 5.21 %
Rwork0.2158 --
obs0.2166 21582 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.24→76.691 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1190 0 0 62 1252
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071212
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.891662
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.521718
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056205
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006208
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2402-2.34210.37261310.38562495X-RAY DIFFRACTION100
2.3421-2.46560.33781470.32152476X-RAY DIFFRACTION100
2.4656-2.62010.34331470.29882504X-RAY DIFFRACTION100
2.6201-2.82240.26381300.24662532X-RAY DIFFRACTION100
2.8224-3.10640.23961500.21912513X-RAY DIFFRACTION100
3.1064-3.5560.20171320.18532568X-RAY DIFFRACTION100
3.556-4.48010.16141470.15912582X-RAY DIFFRACTION100
4.4801-76.7360.20941400.18562788X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 83.5922 Å / Origin y: 69.3499 Å / Origin z: 49.3223 Å
111213212223313233
T0.2941 Å2-0.0624 Å20.0262 Å2-0.314 Å20.106 Å2--0.2696 Å2
L0.6986 °20.0586 °20.4458 °2-2.2527 °2-0.9515 °2--1.7952 °2
S-0.0261 Å °-0.1029 Å °0.1233 Å °0.245 Å °-0.0127 Å °-0.1791 Å °-0.1207 Å °0.2289 Å °0.048 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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