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- PDB-6jle: Crystal structure of MORN4/Myo3a complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jle
タイトルCrystal structure of MORN4/Myo3a complex
要素
  • MORN repeat-containing protein 4
  • Myosin-IIIa
キーワードMOTOR PROTEIN / PROTEIN BINDING / PROTEIN TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of actin filament length / plus-end directed microfilament motor activity / stereocilium tip / filopodium tip / cochlea morphogenesis / myosin complex / Sensory processing of sound by outer hair cells of the cochlea / positive regulation of filopodium assembly / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / microfilament motor activity ...regulation of actin filament length / plus-end directed microfilament motor activity / stereocilium tip / filopodium tip / cochlea morphogenesis / myosin complex / Sensory processing of sound by outer hair cells of the cochlea / positive regulation of filopodium assembly / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / microfilament motor activity / filamentous actin / response to axon injury / photoreceptor inner segment / visual perception / cell projection / filopodium / sensory perception of sound / ADP binding / actin binding / protein autophosphorylation / calmodulin binding / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Class III myosin, motor domain / : / Possible plasma membrane-binding motif in junctophilins, PIP-5-kinases and protein kinases. / MORN motif / MORN repeat / IQ calmodulin-binding motif / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / IQ motif, EF-hand binding site / Myosin head, motor domain ...: / Class III myosin, motor domain / : / Possible plasma membrane-binding motif in junctophilins, PIP-5-kinases and protein kinases. / MORN motif / MORN repeat / IQ calmodulin-binding motif / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / IQ motif, EF-hand binding site / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / IQ motif profile. / Kinesin motor domain superfamily / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / MORN repeat-containing protein 4 / Myosin-IIIa
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Li, J. / Liu, H. / Raval, M.H. / Wan, J. / Yengo, C.M. / Liu, W. / Zhang, M.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号
National Natural Science Foundation of China31700673 中国
引用ジャーナル: Structure / : 2019
タイトル: Structure of the MORN4/Myo3a Tail Complex Reveals MORN Repeats as Protein Binding Modules.
著者: Li, J. / Liu, H. / Raval, M.H. / Wan, J. / Yengo, C.M. / Liu, W. / Zhang, M.
履歴
登録2019年3月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MORN repeat-containing protein 4
E: Myosin-IIIa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5327
ポリマ-21,8712
非ポリマー6615
2,396133
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4520 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area9700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.735, 73.735, 48.270
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 MORN repeat-containing protein 4


分子量: 16226.919 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Morn4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6PGF2
#2: タンパク質・ペプチド Myosin-IIIa


分子量: 5644.433 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MYO3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8NEV4, non-specific serine/threonine protein kinase
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C6H8O7
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.6
詳細: 0.5 M ammonium sulfate, 1.0 M lithium sulfate, 0.1 M sodium citrate tribasic pH 5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.989 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.989 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 37810 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 20.14 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.075 / Χ2: 1.616 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.55-1.587.21.13819140.6580.4551.2261.268100
1.58-1.617.21.11418670.6630.4451.2011.301100
1.61-1.647.20.9418630.7250.3741.0121.334100
1.64-1.677.30.82118720.8120.3270.8841.296100
1.67-1.717.30.65218700.8540.2580.7011.322100
1.71-1.757.30.5718520.8920.2250.6141.344100
1.75-1.797.30.50119380.910.1980.541.332100
1.79-1.847.30.37418520.950.1480.4021.362100
1.84-1.897.40.30718880.9650.1210.331.378100
1.89-1.957.40.2318990.9810.0910.2471.496100
1.95-2.027.40.18718660.9870.0740.2011.705100
2.02-2.17.40.15218940.9870.060.1631.905100
2.1-2.27.30.12918970.9910.0510.1382.03100
2.2-2.327.20.1118810.9930.0440.1192.283100
2.32-2.467.20.10119020.9940.040.1092.483100
2.46-2.657.30.07918920.9960.0310.0852.121100
2.65-2.9270.05318710.9980.0220.0571.62999.9
2.92-3.347.50.04119070.9990.0160.0441.558100
3.34-4.217.60.03519350.9990.0140.0371.627100
4.21-507.30.03419500.9990.0140.0361.52598.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.55→32.975 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 17.42
Rfactor反射数%反射
Rfree0.186 1961 5.19 %
Rwork0.1608 --
obs0.1621 37784 99.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 54.26 Å2 / Biso mean: 25.6637 Å2 / Biso min: 12.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.55→32.975 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1506 0 44 133 1683
Biso mean--34.83 32.95 -
残基数----194
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071629
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9312189
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058216
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005294
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.398972
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5499-1.58860.2391410.209625572698100
1.5886-1.63160.25371440.193825402684100
1.6316-1.67960.21611420.175925162658100
1.6796-1.73380.23081660.164225292695100
1.7338-1.79580.17641450.161925492694100
1.7958-1.86770.23171010.14925812682100
1.8677-1.95270.17211580.142725472705100
1.9527-2.05560.18261410.134925232664100
2.0556-2.18430.17891500.14625232673100
2.1843-2.3530.17641570.146825642721100
2.353-2.58970.18041070.159325982705100
2.5897-2.96420.19011350.171325832718100
2.9642-3.73370.17561460.169725772723100
3.7337-32.98270.18091280.16022636276499

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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