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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6jl7 | ||||||
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タイトル | crystal structure of TBC1D23 N terminal domain | ||||||
![]() | TBC1 domain family member 23 | ||||||
![]() | PROTEIN TRANSPORT / Vesicle transport / bridging factor | ||||||
機能・相同性 | ![]() vesicle tethering to Golgi / embryonic brain development / retrograde transport, endosome to Golgi / vesicle-mediated transport / trans-Golgi network / brain development / neuron projection development / cytoplasmic vesicle / Golgi apparatus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Sun, Q. / Hu, W. / Jia, D. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of TBC1D23 N-terminus reveals a novel role for rhodanese domain. 著者: Liu, D. / Yang, F. / Liu, Z. / Wang, J. / Huang, W. / Meng, W. / Billadeau, D.D. / Sun, Q. / Mo, X. / Jia, D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 99.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 78.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 427.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 432.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 50487.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.59 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.2 M MES pH6.5, 0.5 M Ammonium nitrate, 25% polyethylene glycol 400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月1日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9785 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 17980 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.1 % / Rmerge(I) obs: 0.158 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.159 / Χ2: 0.859 / Net I/σ(I): 3.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 164.75 Å2 / Biso mean: 84.57 Å2 / Biso min: 43.33 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.5→49.72 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.503→2.568 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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