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- PDB-6jkw: Seleno-methionine PNGM-1 from deep-sea sediment metagenome -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jkw
タイトルSeleno-methionine PNGM-1 from deep-sea sediment metagenome
要素Metallo-beta-lactamases PNGM-1
キーワードTRANSFERASE / MBLs / Zinc binding motif / antibiotic resistance / metagenome / Structural Genomics / PSI-Biology
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.29 Å
データ登録者Hong, M.K. / Park, K.S. / Jeon, J.H. / Lee, J.H. / Park, Y.S. / Lee, S.H. / Kang, L.W.
引用ジャーナル: Journal of Global Antimicrobial Resistance / 年: 2018
タイトル: PNGM 1 a novel subclass B3 metallo beta lactamase from a deep sea sediment metagenome
著者: Kang, L.W. / Lee, S.H.
履歴
登録2019年3月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metallo-beta-lactamases PNGM-1
B: Metallo-beta-lactamases PNGM-1
C: Metallo-beta-lactamases PNGM-1
D: Metallo-beta-lactamases PNGM-1
E: Metallo-beta-lactamases PNGM-1
F: Metallo-beta-lactamases PNGM-1
G: Metallo-beta-lactamases PNGM-1
H: Metallo-beta-lactamases PNGM-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)341,03624
ポリマ－339,9908
非ポリマー1,04716
水7,746430
1
A: Metallo-beta-lactamases PNGM-1
D: Metallo-beta-lactamases PNGM-1
F: Metallo-beta-lactamases PNGM-1
G: Metallo-beta-lactamases PNGM-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,51812
ポリマ－169,9954
非ポリマー5238
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area28900 Å2
ΔGint-463 kcal/mol
Surface area47440 Å2
手法PISA
2
B: Metallo-beta-lactamases PNGM-1
C: Metallo-beta-lactamases PNGM-1
E: Metallo-beta-lactamases PNGM-1
H: Metallo-beta-lactamases PNGM-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,51812
ポリマ－169,9954
非ポリマー5238
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area28910 Å2
ΔGint-466 kcal/mol
Surface area47430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.857, 83.124, 162.833
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.180, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Metallo-beta-lactamases PNGM-1


分子量: 42498.727 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 430 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.97 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7 / 詳細: 0.1M Tris-HCl, 0.2M MgCl2 and 10% PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.29→34.93 Å / Num. obs: 137843 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.8 % / Net I/σ(I): 4.7
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.29→34.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.925 / SU B: 7.994 / SU ML: 0.196 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.423 / ESU R Free: 0.278
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2742 6795 5 %RANDOM
Rwork0.2111 ---
obs0.2143 128348 97.44 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 128.57 Å2 / Biso mean: 32.866 Å2 / Biso min: 7.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å2-0.07 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.29→34.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23464 0 16 430 23910
Biso mean--31.36 26.16 -
残基数----2976
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.01924152
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0221648
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7251.93632920
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.874349664
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.47852968
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.3223.81200
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.156153208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.70415152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.23400
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02128048
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.025960
LS精密化 シェル解像度: 2.285→2.344 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.352 423 -
Rwork0.274 7949 -
all-8372 -
obs--82.18 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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