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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6jjs | ||||||
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タイトル | Crystal structure of an enzyme from Penicillium herquei in condition2 | ||||||
![]() | PhnH | ||||||
![]() | TRANSFERASE / prenyltransferase | ||||||
機能・相同性 | 付加脱離酵素(リアーゼ) / lyase activity / ACETATE ION / Hydroalkoxylation enzyme phnH![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fen, Y. / Huang, J.W. / Liu, W.D. / Chen, C.C. / Guo, R.T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure and proposed mechanism of an enantioselective hydroalkoxylation enzyme from Penicillium herquei. 著者: Feng, Y. / Yu, X. / Huang, J.W. / Liu, W. / Li, Q. / Hu, Y. / Yang, Y. / Chen, Y. / Jin, J. / Li, H. / Chen, C.C. / Guo, R.T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 45.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 29.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16045.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-ACT / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.91 % / Mosaicity: 0.431 ° |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: PEG4000, 0.1 M Imidazole pH 8.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月26日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.62→25 Å / Num. obs: 23321 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 20 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rpim(I) all: 0.011 / Rrim(I) all: 0.05 / Χ2: 1.124 / Net I/σ(I): 19.7 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3C5O 解像度: 1.62→24.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 1.565 / SU ML: 0.053 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.08 / ESU R Free: 0.077 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 34.539 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.62→24.44 Å
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拘束条件 |
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