PDB-6jim: Viral helicase protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6jim

タイトル

Viral helicase protein

要素

RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP)-3')
helicase

キーワード

VIRAL PROTEIN/RNA / helicase / VIRAL PROTEIN-RNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell filopodium / mRNA methyltransferase activity / polynucleotide 5'-phosphatase activity / poly(A) RNA polymerase activity / mRNA modification / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / 7-methylguanosine mRNA capping / cysteine-type peptidase activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / host cell cytoplasmic vesicle membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Law, Y.S.

資金援助

シンガポール, 2件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Structural insights into RNA recognition by the Chikungunya virus nsP2 helicase.
著者: Law, Y.S. / Utt, A. / Tan, Y.B. / Zheng, J. / Wang, S. / Chen, M.W. / Griffin, P.R. / Merits, A. / Luo, D.

履歴

登録	2019年2月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年4月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年4月17日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_DOI
改定 1.2	2019年5月1日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.3	2019年5月22日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.4	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6jim.cif.gz	392.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6jim.ent.gz	318.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6jim.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6jim_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6jim_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	6jim_validation.xml.gz	40.2 KB	表示
CIF形式データ	6jim_validation.cif.gz	56.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ji/6jim ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ji/6jim	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3pw7-1 3t5j-d 2jeg-d 4rzr-1 6go6-d 2of7-1 1ukc-1 3uxp-1 2r8g-d 2w9a-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: helicase

B: helicase

C: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP)-3')

D: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP)-3')

ヘテロ分子

111 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: helicase

C: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP)-3')

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
55.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: helicase

D: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP)-3')

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.888, 53.905, 100.718
Angle α, β, γ (deg.)	96.93, 94.07, 97.04
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

-
タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	helicase 分子量: 51910.309 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chikungunya virus (チクングニヤウイルス) プラスミド: chikungunya virus / 細胞株 (発現宿主): Rosetta / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A076V769*PLUS
#2: RNA鎖	RNA (5'-R(PUPUPUPUPUP)-3') 分子量: 2450.449 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ*: 合成由来: (合成) Chikungunya virus (チクングニヤウイルス)

-
非ポリマー , 7種, 387分子

#3: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物	ChemComp-AL / ALUMINUM ION 分子量: 26.982 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Al
#6: 化合物	ChemComp-F / FLUORIDE ION / フルオリド分子量: 18.998 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: F
#7: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 352 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.05 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 100 mM HEPES pH 7.5, 20 % PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→35.324 Å / Num. obs: 73699 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 4 % / CC_1/2: 0.995 / R_sym value: 0.0469 / Net I/σ(I): 1
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / Num. measured obs: 29255 / Num. unique obs: 7327 / CC_1/2: 0.344 / R_sym value: 0.805

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→35.32 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 23.15

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.215	3671	5 %
R_work	0.177	-	-
obs	0.179	73427	97.7 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→35.32 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7026	296	167	352	7841

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	7654
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.895	10444
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.794	6230
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	1210
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1273

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.0263	0.3463	154	0.3093	2630	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0263-2.0541	0.3421	148	0.2982	2683	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0541-2.0834	0.3265	162	0.2936	2638	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0834-2.1145	0.3494	129	0.2723	2621	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1145-2.1475	0.3015	131	0.2662	2739	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1475-2.1828	0.2699	122	0.2554	2668	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1828-2.2204	0.2866	149	0.2329	2654	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2204-2.2608	0.2866	141	0.2188	2692	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2608-2.3042	0.2272	147	0.2213	2672	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3042-2.3513	0.2391	146	0.2079	2689	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3513-2.4024	0.2552	143	0.2082	2615	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4024-2.4582	0.2578	139	0.2075	2755	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4582-2.5197	0.2525	129	0.1945	2638	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5197-2.5878	0.2427	170	0.196	2668	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5878-2.6639	0.2047	131	0.1852	2694	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6639-2.7499	0.2231	146	0.1784	2683	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7499-2.8481	0.2416	131	0.1847	2767	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8481-2.9621	0.2131	105	0.1809	2691	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9621-3.0968	0.2204	133	0.174	2725	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0968-3.26	0.2194	149	0.1645	2685	X-RAY DIFFRACTION	98
3.26-3.4641	0.2203	171	0.1658	2676	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4641-3.7313	0.1772	135	0.1543	2687	X-RAY DIFFRACTION	98
3.7313-4.1063	0.1634	142	0.139	2702	X-RAY DIFFRACTION	98
4.1063-4.6993	0.1665	139	0.1402	2697	X-RAY DIFFRACTION	98
4.6993-5.9161	0.1967	174	0.1664	2681	X-RAY DIFFRACTION	98
5.9161-35.3	0.2116	105	0.1693	2706	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9371	0.3156	-0.0727	0.7478	-0.2831	0.5447	-0.0536	0.364	0.39	-0.6824	0.0882	0.3433	-0.0503	-0.3516	-0.063	0.4656	0.0243	-0.0005	0.4527	0.1205	0.3367	19.6968	2.0186	36.5305
2	1.0235	0.0409	-0.8645	0.8302	-0.4175	0.9282	-0.4094	0.4172	-0.2214	-0.5771	0.4056	-0.1662	0.0922	-0.1315	0.0002	0.4052	-0.1	0.0325	0.4879	-0.0714	0.3169	20.2745	-22.5894	35.3911
3	0.1948	0.1006	-0.0083	1.0218	0.1049	1.1523	0.0625	-0.0864	-0.0532	0.1772	-0.0153	0.0199	0.0892	-0.1938	0.0002	0.2219	-0.0217	0.0133	0.3431	-0.0272	0.2607	27.328	-13.131	60.5772
4	0.3642	-0.1419	0.0233	1.0121	-0.2784	0.8531	0.0614	-0.0009	0.1342	-0.0683	0.0093	-0.1591	-0.122	-0.002	-0	0.2396	-0.0068	0.015	0.3042	-0.0217	0.3039	34.3611	-6.5657	54.2689
5	1.5542	-0.5931	-0.6594	1.2526	0.4301	1.2149	-0.0213	0.0249	-0.1604	0.0728	0.0226	-0.2704	0.0673	0.1872	-0.0167	0.1892	0.0033	0.0218	0.3212	-0.0278	0.383	49.3837	-22.2385	53.7198
6	0.6432	-0.2061	-0.3017	0.1805	-0.1142	0.368	0.1288	-0.3647	0.0658	0.5893	0.1061	0.3299	-0.6318	-0.2814	0.0252	0.6804	0.1205	0.1336	0.4676	0.0749	0.3403	24.7196	13.443	16.4961
7	1.0514	-0.2537	-0.0477	0.8432	-0.095	0.6284	0.163	-0.0845	0.053	0.5032	-0.0343	-0.1398	-0.141	0.0321	0.0419	0.5899	-0.0311	-0.1123	0.3106	0.037	0.277	48.7431	15.6401	17.1412
8	0.4647	-0.0361	0.1987	0.3957	-0.0325	1.1495	-0.0319	0.187	0.0082	0.0455	0.0893	-0.1211	-0.242	-0.0245	-0.0012	0.3669	-0.0071	-0.0167	0.2589	0.0101	0.2671	41.3676	7.318	-6.5134
9	0.6187	-0.3506	-0.6564	0.1958	0.3039	0.7502	-0.0353	0.0527	-0.1968	0.0689	0.0997	0.0824	0.1103	-0.1685	0.0003	0.3395	0.002	-0.0064	0.2814	0.0265	0.3104	34.7166	-0.4949	-1.5091
10	1.3916	-0.2213	0.2443	1.4603	-0.7244	1.5442	0.0185	-0.0017	-0.2528	0.0017	-0.063	-0.1959	0.2406	0.1221	-0	0.3543	0.0182	0.0001	0.2332	0.0211	0.3558	52.1076	-13.5264	-0.8764
11	0.1451	0.0998	-0.0967	0.2283	-0.1993	0.1184	-0.1591	0.2109	0.1569	0.1548	0.3718	-0.5855	1.0698	0.0297	0.0001	0.4331	0.0102	-0.0498	0.6737	-0.0782	0.5329	30.1802	-23.2147	45.9552
12	0.1516	0.1367	-0.0624	0.1322	-0.0874	0.0459	0.1971	0.0555	-0.1997	0.2523	0.0032	-0.1785	-0.0868	0.8004	0.0001	0.682	0.0282	-0.0875	0.4806	-0.0642	0.5001	50.7297	5.4045	6.842

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN 'A' AND (RESID 1 THROUGH 78 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN 'A' AND (RESID 79 THROUGH 160 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN 'A' AND (RESID 161 THROUGH 247 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN 'A' AND (RESID 248 THROUGH 314 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN 'A' AND (RESID 315 THROUGH 463 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN 'B' AND (RESID 1 THROUGH 78 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN 'B' AND (RESID 79 THROUGH 153 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN 'B' AND (RESID 154 THROUGH 247 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN 'B' AND (RESID 248 THROUGH 314 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN 'B' AND (RESID 315 THROUGH 464 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN 'C' AND (RESID 2 THROUGH 9 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN 'D' AND (RESID 2 THROUGH 9 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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