+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6jhh | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of mutant D350A of Pullulanase from Paenibacillus barengoltzii complexed with maltotriose | ||||||||||||
要素 | Pulullanase | ||||||||||||
キーワード | HYDROLASE / GH13 / Pullulanase / maltotriose | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Paenibacillus barengoltzii (バクテリア) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.025 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Wu, S.W. / Yang, S.Q. / Qin, Z. / You, X. / Huang, P. / Jiang, Z.Q. | ||||||||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of mutant D350A of Pullulanase from Paenibacillus barengoltzii complexed with maltotriose 著者: Wu, S.W. / Yang, S.Q. / Qin, Z. / You, X. / Huang, P. / Jiang, Z.Q. | ||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6jhh.cif.gz | 159.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6jhh.ent.gz | 121.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6jhh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6jhh_validation.pdf.gz | 2.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 6jhh_full_validation.pdf.gz | 2.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6jhh_validation.xml.gz | 29.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6jhh_validation.cif.gz | 45.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jh/6jhh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jh/6jhh | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 2e8yS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 75139.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: Residues 1-13 (MLSVQKEFHGTID) and 638-657 (GASGEAAAAAPAAAGGPPAG) had low-level electron density and were not included in the model. 由来: (組換発現) Paenibacillus barengoltzii (バクテリア) 株: CAU940 / プラスミド: pET-28a(+) 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0C5GWS2, pullulanase | ||||
---|---|---|---|---|---|
#2: 多糖 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.63 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.08M calcium chloride, 0.1M MES, 22% PEG 3350, 0.7% beta-OG, pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: 90-100 / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97776 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年9月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97776 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.025→50 Å / Num. obs: 40754 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 16.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.025→2.07 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.499 / Mean I/σ(I) obs: 3.33 / Num. unique obs: 2298 / % possible all: 98.3 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2E8Y 解像度: 2.025→46.802 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.26 詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.025→46.802 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|