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万見
- PDB-6jgr: Crystal structure of barley exohydrolaseI W434Y in complex with 4... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jgr
タイトルCrystal structure of barley exohydrolaseI W434Y in complex with 4'-nitrophenyl thiolaminaribioside
要素BETA-D-GLUCAN GLUCOHYDROLASE ISOENZYME EXO1
キーワードHYDROLASE / Barley exohydrolaseI / enzyme function
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-glucosidase / membrane => GO:0016020 / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 3 C-terminal domain / Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain superfamily / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 3 N terminal domain / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-LAM / Uncharacterized protein / beta-glucosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Hordeum vulgare subsp. vulgare (オオムギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Luang, S. / Streltsov, V.A. / Hrmova, M.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: The evolutionary advantage of an aromatic clamp in plant family 3 glycoside exo-hydrolases.
著者: Luang, S. / Fernandez-Luengo, X. / Nin-Hill, A. / Streltsov, V.A. / Schwerdt, J.G. / Alonso-Gil, S. / Ketudat Cairns, J.R. / Pradeau, S. / Fort, S. / Marechal, J.D. / Masgrau, L. / Rovira, C. / Hrmova, M.
履歴
登録2019年2月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Experimental preparation / Refinement description
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / diffrn_detector / diffrn_radiation / diffrn_source / exptl_crystal_grow / software
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_detector.details / _diffrn_detector.pdbx_collection_date / _diffrn_detector.type / _diffrn_radiation.monochromator / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _diffrn_source.type / _exptl_crystal_grow.pH / _software.name
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-D-GLUCAN GLUCOHYDROLASE ISOENZYME EXO1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,46326
ポリマ－65,8711
非ポリマー3,59225
水5,567309
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)100.471, 100.471, 179.807
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 BETA-D-GLUCAN GLUCOHYDROLASE ISOENZYME EXO1


分子量: 65871.031 Da / 分子数: 1 / 変異: W434Y / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Hordeum vulgare subsp. vulgare (オオムギ)
発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: A0A287SCR5, UniProt: Q9XEI3*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 334分子

#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-LAM / 4'-NITROPHENYL-S-(BETA-D-GLUCOPYRANOSYL)-(1-3)-(3-THIO-BETA-D-GLUCOPYRANOSYL)-(1-3)-BETA-D-GLUCOPYRANOSIDE / 4'-NITROPHENYL-3I-THIOLAMINARITRIOSIDE


分子量: 641.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H35NO17S
#4: 化合物
ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 309 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY
配列の詳細Lys320 is confirmed by DNA sequencing result. However, the electron density map is not clear, ...Lys320 is confirmed by DNA sequencing result. However, the electron density map is not clear, probably side chain of this residue is flexible.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.29 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.7 M ammonium sulfate, 75 mM HEPES-NaOH buffer, pH 7, containing 7.5 mM sodium acetate and 1.2% (w/v) PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月22日 / 詳細: COLLIMATING MIRROR
放射モノクロメーター: DOUBLE-CRYSTAL SI(111) MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→87.71 Å / Num. obs: 42365 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 29 % / Rmerge(I) obs: 0.158 / Net I/σ(I): 26.4
反射 シェル解像度: 2.25→2.3 Å / Rmerge(I) obs: 0.875 / Num. unique obs: 111351

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3WLI

3wli


解像度: 2.25→45.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 8.289 / SU ML: 0.108 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.178 / ESU R Free: 0.164 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20751 2248 5 %RANDOM
Rwork0.1627 ---
obs0.16495 42365 99.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 32.965 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.16 Å2-0 Å20 Å2
2--0.16 Å2-0 Å2
3----0.33 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.25→45.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4569 0 172 309 5050
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0194842
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024682
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.991.9886525
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4443.00110780
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.915602
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.72424.124194
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.34315774
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.361528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1140.2732
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0215394
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021034
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.246→2.304 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.293 171 -
Rwork0.197 2994 -
obs--97.15 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5303-0.0957-0.33830.1360.15390.3671-0.0847-0.0031-0.06290.02990.02990.0230.0270.04240.05490.03810.01450.01580.09590.03730.021724.98316.611629.3901
22.5882-2.2792-1.18532.45761.26462.02180.02620.2555-0.1575-0.1254-0.04230.1363-0.1306-0.13360.01620.0267-0.03570.00060.14940.0050.019111.725420.778516.091
30.5415-0.3002-0.35370.17780.15520.4548-0.0285-0.03490.04780.01980.0137-0.02540.01740.04990.01480.03120.00190.01330.0863-0.00470.03912.918531.540151.1024
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 357
2X-RAY DIFFRACTION2A358 - 373
3X-RAY DIFFRACTION3A374 - 602

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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