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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6jg2 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of barley exohydrolaseI wildtype in complex with 4'-nitrophenyl thiolaminaribioside | ||||||
![]() | Barley exohydrolase I | ||||||
![]() | HYDROLASE / Barley exohydrolaseI / enzyme function | ||||||
機能・相同性 | ![]() glucan catabolic process / beta-glucosidase / beta-glucosidase activity / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / membrane => GO:0016020 / carbohydrate metabolic process / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Luang, S. / Streltsov, V.A. / Hrmova, M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The evolutionary advantage of an aromatic clamp in plant family 3 glycoside exo-hydrolases. 著者: Luang, S. / Fernandez-Luengo, X. / Nin-Hill, A. / Streltsov, V.A. / Schwerdt, J.G. / Alonso-Gil, S. / Ketudat Cairns, J.R. / Pradeau, S. / Fort, S. / Marechal, J.D. / Masgrau, L. / Rovira, C. / Hrmova, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 248.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 195.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 27.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 41 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6jg1C ![]() 6jg6C ![]() 6jg7C ![]() 6jgaC ![]() 6jgbC ![]() 6jgcC ![]() 6jgdC ![]() 6jgeC ![]() 6jggC ![]() 6jgkC ![]() 6jglC ![]() 6jgnC ![]() 6jgoC ![]() 6jgpC ![]() 6jgqC ![]() 6jgrC ![]() 6jgsC ![]() 6jgtC ![]() 6k6vC ![]() 6kufC ![]() 6l1jC ![]() 6lbbC ![]() 6lbvC ![]() 6lc5C ![]() 3wliS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 A![](data/chem/img/NAG.gif)
![](data/chem/img/NAG.gif)
#1: タンパク質 | 分子量: 65894.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() |
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#2: 糖 |
-非ポリマー , 5種, 350分子 ![](data/chem/img/BV6.gif)
![](data/chem/img/1PE.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/1PE.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-BV6 / ( | ||||||
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#4: 化合物 | ChemComp-1PE / #5: 化合物 | ChemComp-SO4 / #6: 化合物 | ChemComp-GOL / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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配列の詳細 | Lys320 is confirmed by DNA sequencing result. However, the electron density map is not clear, ...Lys320 is confirmed by DNA sequencing result. However, the electron density map is not clear, probably side chain of this residue is flexible. |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.6 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 1.7 M ammonium sulfate, 75 mM HEPES-NaOH buffer, pH 7, containing 7.5 mM sodium acetate and 1.2% (w/v) PEG 400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年10月16日 / 詳細: Osmic VariMax |
放射 | モノクロメーター: Cu / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→87.82 Å / Num. obs: 58669 / % possible obs: 97.23 % / 冗長度: 24 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 27.5 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.05 Å / Rmerge(I) obs: 0.835 / Num. unique obs: 4122 |
-
解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3WLI 解像度: 2→41.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 8.341 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.137 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 114.01 Å2 / Biso mean: 42.362 Å2 / Biso min: 26.08 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2→41.56 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.051 Å / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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