PDB-6jfs: K4U bound crystal structure of class II peptide deformylase from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6jfs

タイトル

K4U bound crystal structure of class II peptide deformylase from methicillin resistant Staphylococcus aureus

要素

Peptide deformylase

キーワード

HYDROLASE / peptide deformylase

機能・相同性

機能・相同性情報

peptide deformylase / peptide deformylase activity / translation / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Lee, I.H. / Ho, T.H. / Kang, L.W.

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: K4U bound crystal structure of class II peptide deformylase from methicillin resistant Staphylococcus aureus
著者: Lee, I.H. / Ho, T.H. / Kang, L.W.

履歴

登録	2019年2月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年2月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6jfs.cif.gz	52.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6jfs.ent.gz	35.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6jfs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6jfs_validation.pdf.gz	451.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6jfs_full_validation.pdf.gz	453.2 KB	表示
XML形式データ	6jfs_validation.xml.gz	9.8 KB	表示
CIF形式データ	6jfs_validation.cif.gz	12.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jf/6jfs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jf/6jfs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1lm4S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6jfq-d 6jfo-d 1lqw-2 1lqw-1 3u7l-d 1q1y-d 3u7n-d 2ai9-2 1lmh-d 4dr8-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Peptide deformylase

ヘテロ分子

20.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.760, 120.396, 47.208
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Peptide deformylase / PDF / Polypeptide deformylase 分子量: 20588.576 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) 遺伝子: def, def1, pdf1 / プラスミド: pET29b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P68826, peptide deformylase
#2: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物	ChemComp-LHY / L-[(N-HYDROXYAMINO)CARBONYL]PHENYLALANINE 分子量: 224.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₂N₂O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 48 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.78 %
結晶化	温度: 287 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8.5 詳細: 0.02M CaCl2, 0.1M MgCl2, 15% (v/v) Glycerol, 25% (w/v) PEG 4K, 0.05M Tris pH 8.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: PAL/PLS

/ ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9796 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年2月26日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9796 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 13206 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.154 / R_pim(I) all: 0.056 / R_rim(I) all: 0.164 / Χ²: 2.884 / Net I/σ(I): 7.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.25-2.29	5	0.501	593	0.567	0.226	0.553	1.02	93.2
2.29-2.33	5.2	0.457	626	0.727	0.2	0.502	1.02	95.4
2.33-2.38	5.3	0.46	642	0.73	0.202	0.505	1.002	97.6
2.38-2.42	5.6	0.447	636	0.735	0.189	0.488	1.103	98.6
2.42-2.48	5.8	0.401	667	0.854	0.168	0.436	1.113	99
2.48-2.53	6.1	0.394	636	0.858	0.164	0.429	1.095	99.4
2.53-2.6	6.2	0.375	660	0.908	0.155	0.407	1.197	99.7
2.6-2.67	6.5	0.337	661	0.918	0.135	0.365	1.263	99.5
2.67-2.75	6.7	0.315	662	0.939	0.124	0.34	1.292	100
2.75-2.83	6.9	0.304	650	0.958	0.119	0.327	1.335	100
2.83-2.94	7.2	0.251	666	0.964	0.094	0.268	1.674	99.6
2.94-3.05	7.6	0.228	655	0.976	0.084	0.244	1.85	99.7
3.05-3.19	7.8	0.203	660	0.983	0.075	0.217	2.125	99.7
3.19-3.36	8.3	0.17	675	0.987	0.06	0.181	2.571	100
3.36-3.57	8.7	0.152	660	0.99	0.052	0.161	2.989	100
3.57-3.85	9.3	0.143	675	0.992	0.048	0.151	4.579	99.9
3.85-4.23	9.1	0.139	669	0.985	0.046	0.147	6.472	99.9
4.23-4.85	9.1	0.114	681	0.993	0.038	0.12	6.316	99.9
4.85-6.1	9	0.101	693	0.994	0.035	0.107	4.414	100
6.1-50	9	0.083	739	0.994	0.029	0.088	4.928	99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
HKL-2000		データスケーリング
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1LM4

1lm4

解像度: 2.25→33.64 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.883 / SU B: 7.6 / SU ML: 0.178 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.231 / ESU R Free: 0.213 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26806	644	4.9 %	RANDOM
R_work	0.20914	-	-	-
obs	0.21195	12557	99 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.135 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.01 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.03 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.25→33.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1443	0	17	48	1508

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	1485
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1404
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.51	1.653	2006
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.245	1.59	3266
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.704	5	182
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.168	23.077	78
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.413	15	270
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.554	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	195
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1649
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	284
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.657	3.576	731
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.655	3.576	730
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.114	5.356	912
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.112	5.356	913
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.428	4.173	754
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.426	4.18	755
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.72	6.046	1095
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.928	42.218	1548
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.927	42.233	1549
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.251→2.309 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.349	42	-
R_work	0.313	851	-
obs	-	-	93.51 %

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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