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- PDB-6jd6: An ankyrin-repeat protein complex guides cargos from inner envelo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jd6
タイトルAn ankyrin-repeat protein complex guides cargos from inner envelope to thylakoid Tat pathway
要素
  • Ankyrin repeat domain-containing protein EMB506, chloroplastic
  • Ankyrin repeat domain-containing protein, chloroplastic
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ankyrin-repea / envelope / thylakoid
機能・相同性
機能・相同性情報


Domain of unknown function DUF3447 / Ankyrin repeat-containing domain / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat ...Domain of unknown function DUF3447 / Ankyrin repeat-containing domain / Ankyrin repeat / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Ankyrin repeat domain-containing protein, chloroplastic / Ankyrin repeat domain-containing protein EMB506, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Ouyang, M. / Zhang, L.X.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: An ankyrin-repeat protein complex guides cargos from inner envelope to thylakoid Tat pathway
著者: Ouyang, M. / Zhang, L.X.
履歴
登録2019年1月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ankyrin repeat domain-containing protein EMB506, chloroplastic
B: Ankyrin repeat domain-containing protein, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,15312
ポリマ－76,1922
非ポリマー96110
水5,260292
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8690 Å2
ΔGint-177 kcal/mol
Surface area16540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)216.816, 216.816, 216.816
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number214
Space group name H-MI4132
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-456-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Ankyrin repeat domain-containing protein EMB506, chloroplastic / Protein EMBRYO DEFECTIVE 506


分子量: 31227.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: EMB506, At5g40160, MSN9.60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9SQK3
#2: タンパク質 Ankyrin repeat domain-containing protein, chloroplastic / AKRP / Protein EMBRYO DEFECTIVE 2036


分子量: 44964.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: AKRP, AKR, EMB2036, At5g66055, K2A18.13 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q05753
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 292 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.87 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 100mM Hepes pH 7.0, 0.2mM (NH4)2SO4, 25% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 44172 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.8 % / Biso Wilson estimate: 40.74 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.08 / Χ2: 0.544 / Net I/σ(I): 5.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique obsCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRmerge(I) obsRrim(I) all
2.2-2.249.721640.7550.3540.444100
2.24-2.289.821770.7750.3020.6381000.9050.956
2.28-2.329.421700.8510.2310.4441000.6770.716
2.32-2.371021780.9070.1990.4371000.6060.638
2.37-2.4210.221720.9240.1720.4491000.5260.554
2.42-2.4810.121890.9430.1490.441000.4540.479
2.48-2.549.921930.9630.120.4541000.3630.383
2.54-2.619.721760.9690.1010.4531000.3020.319
2.61-2.699.322010.980.0850.5051000.2470.262
2.69-2.779.921510.9860.0660.471000.20.211
2.77-2.879.421980.9910.0550.4731000.1610.171
2.87-2.9910.222070.9930.0450.4891000.1370.145
2.99-3.1210.121810.9950.0380.4941000.1160.122
3.12-3.291022140.9970.0280.5251000.0860.091
3.29-3.499.422140.9980.0240.6351000.070.074
3.49-3.769.722270.9980.0190.7241000.0580.061
3.76-4.1410.122260.9990.0150.7711000.0470.05
4.14-4.749.822490.9990.0130.7599.90.040.042
4.74-5.979.322820.9990.0130.661000.0380.04
5.97-509.224030.9990.010.61399.50.0310.032

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.2 Å48.48 Å
Translation3.2 Å48.48 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4hb5

4hb5


解像度: 2.2→48.482 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.62
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1865 2221 5.04 %
Rwork0.166 --
obs0.167 44071 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 136.24 Å2 / Biso mean: 46.5 Å2 / Biso min: 25.19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→48.482 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3089 0 50 292 3431
Biso mean--97.08 56.16 -
残基数----391
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043185
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8114317
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058501
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004543
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3181200
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 16 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.2003-2.24810.25591550.236725762731
2.2481-2.30040.22071310.226225682699
2.3004-2.3580.22831310.196725862717
2.358-2.42170.19651320.19325802712
2.4217-2.4930.20231280.180625952723
2.493-2.57340.21781230.176525802703
2.5734-2.66540.1821160.169926132729
2.6654-2.77210.18291310.16725962727
2.7721-2.89830.20241380.171326082746
2.8983-3.0510.20851440.180625972741
3.051-3.24220.2181460.178625942740
3.2422-3.49240.18411470.15526112758
3.4924-3.84380.16721530.15226222775
3.8438-4.39960.16741530.137126322785
4.3996-5.54180.14671370.152726822819
5.5418-48.49330.20171560.174328102966
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -11.3632 Å / Origin y: 28.5078 Å / Origin z: 13.8626 Å
111213212223313233
T0.2995 Å20.0886 Å2-0.0452 Å2-0.2182 Å2-0.0235 Å2--0.2614 Å2
L1.1509 °2-0.5959 °20.6233 °2-2.351 °2-1.3141 °2--2.1233 °2
S0.0496 Å °0.0138 Å °-0.1149 Å °0.0221 Å °0.0485 Å °0.0781 Å °0.0409 Å °-0.0571 Å °-0.0841 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA32 - 230
2X-RAY DIFFRACTION1allB59 - 250
3X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 10
4X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 407

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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