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- PDB-6jc9: Crystal structure of aminotransferase CrmG from Actinoalloteichus... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6jc9
タイトルCrystal structure of aminotransferase CrmG from Actinoalloteichus sp. WH1-2216-6 in complex with amino donor L-Gln
要素CrmG
キーワードTRANSFERASE / aminotransferase / CrmG / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


transaminase activity / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
: / Aminotransferase class-III / Aminotransferase class-III / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / GLUTAMINE / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / CrmG
類似検索 - 構成要素
生物種Actinoalloteichus sp. WH1-2216-6 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Xu, J. / Liu, J.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31500638 中国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2020
タイトル: Structural studies reveal flexible roof of active site responsible for omega-transaminase CrmG overcoming by-product inhibition.
著者: Xu, J. / Tang, X. / Zhu, Y. / Yu, Z. / Su, K. / Zhang, Y. / Dong, Y. / Zhu, W. / Zhang, C. / Wu, R. / Liu, J.
履歴
登録2019年1月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CrmG
B: CrmG
C: CrmG
D: CrmG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)230,16511
ポリマ－228,8784
非ポリマー1,2877
水7,440413
1
A: CrmG
B: CrmG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,9935
ポリマ－114,4392
非ポリマー5543
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10410 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area36960 Å2
手法PISA
2
C: CrmG
D: CrmG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,1726
ポリマ－114,4392
非ポリマー7334
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11050 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area36440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.039, 83.879, 88.410
Angle α, β, γ (deg.)106.480, 109.170, 94.980
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 6 - 522 / Label seq-ID: 6 - 522

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14BB
24CC
15BB
25DD
16CC
26DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

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要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
CrmG


分子量: 57219.520 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Actinoalloteichus sp. WH1-2216-6 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: H8Y6N2

-
非ポリマー , 5種, 420分子

#2: 化合物
ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10NO6P
#3: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-GLN / GLUTAMINE / グルタミン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 146.144 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H10N2O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 413 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.11 % / Mosaicity: 0.76 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M Sodium acetate, 0.1M TRIS pH 8.5, 32% PEG 3350, 2% glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→50.59 Å / Num. obs: 81461 / % possible obs: 91.2 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.113 / Net I/σ(I): 9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.35-2.393.20.49334610.750.3170.58972.4
12.44-50.583.10.0525560.9860.0360.06393

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.21データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
iMOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5DDS

5dds


解像度: 2.35→50.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 7.009 / SU ML: 0.162 / SU R Cruickshank DPI: 0.4874 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.487 / ESU R Free: 0.234
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2075 3991 4.9 %RANDOM
Rwork0.1717 ---
obs0.1734 77461 91.23 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 117.08 Å2 / Biso mean: 33.385 Å2 / Biso min: 11.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.2 Å20.18 Å2-0 Å2
2---0.5 Å2-0.63 Å2
3---1.41 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.35→50.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15804 0 80 413 16297
Biso mean--37.8 28.34 -
残基数----2044
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01316151
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01715239
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5221.6421876
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2791.57435053
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.68452034
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.61920.422948
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.392152692
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.40815180
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.22101
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0218378
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023594
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.06 Å / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数
11A16209
12B16209
21A16241
22C16241
31A16087
32D16087
41B16295
42C16295
51B16103
52D16103
61C16076
62D16076
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.411 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 233 -
Rwork0.229 4772 -
all-5005 -
obs--76.04 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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